【计算教程007期】MS建模教程第二期——CIF文件的获取
假设打开cif总是报错而你又找不到原因，可以用记事本打开cif文件，用里面提供的信息手动建模。
我按照获取难易程度兼顾资源丰富程度来主观排个序。
直接搜索数据库，你可能会找到一堆的结构信息，如何分辨是不是自己需要的结构信息，需要你提前对自己的做的材料做一个表征，比如XRD。Jade中对照标准谱，然后读取晶胞参数，然后用晶胞参数对照你在数据库中看到的各种结果。
2.1
Materials Studio自带数据库
具体用法：在project名字上面右击然后import，定位到安装路径下\share\Structures
导入后另存为就好。
2.2
Materials Project https://materialsproject.org/
这是个基于第一性原理计算结果的数据库。结构搜索神器，第一性原理计算材料的天堂（刘锦程语）。里面不但有实验结构参数，还有理论计算参数。总之用用你就会收藏的。登陆需要Google账号或者github账号，大家注册一个方便使用。
2.3
晶体学开放数据库：http://www.crystallography.net
简介：CrystallographyOpen Database是一个免费的晶体学数据库，无机、有机晶体数据文件都有，完全免费，可以直接得到cif文件。数据完整度上有所欠缺，一般情况可以解决大部分问题。少部分问题还是需要收费的CCDC和ICSD。
不会使用的同学，留言吧，有必要的话会推一个教程讲怎么操作。
2.4
FindIt软件
一般大家找不是很新的无机晶体可以使用FindIt软件，网上应该可以轻易找到2011版资源，此处大家自己检索互联网，我们不提供此资源。这个软件是ICSD的离线图形化版本（此处如果说错了，请大家批评指正）。简单的使用教程参考
https://wenku.baidu.com/view/01090a747cd184254b35359d.html
2.5
CCDC晶体数据库：http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi
简介：CCDC晶体数据库（The Cambridge Crystallographic Data Centre）是收费的，但是可以从该网站页面直接免费索取94年之后发布的晶体结构文件，CCDC库可以查找有机物。网上有离线版本流出来，善用搜索，自己解决。
2.6
美国矿物学晶体结构数据库：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
这个是卢天老师推荐的数据库，可以获得大量无机晶体的晶体学信息和结构文件。
2.7
沸石结构数据库：http://www.iza-structure.org/databases/
这个也是卢天老师推荐的库，可以获得各种沸石的信息和cif文件。
2.8
ICSD无机晶体数据库：https://icsd.ill.fr/index.html
https://icsd.fiz-karlsruhe.de/index.xhtml
使用demo账户可以免费获取但是你想搜的基本都没包含进去。
ICSD无机晶体数据库（The Inorganic Crystal Structure Database，ICSD）
包括化学名和化学式、矿物名和相名称、晶胞参数、空间群、原子坐标、热参数、位置占位度、R因子及有关文献等各种信息。该数据库从1913年开始出版，至今已包含近10万条化合物目录。每年更新两次，每次更新会增加2000种新化合物，所有的数据都是由专家记录并且经过几次的修正，是国际最权威的无机晶体结构数据库。
数据库是好数据库，可以用极为优秀来评价，就是获取太难，很多学校没买，有需要的同学请抱紧中科大清华同学的大腿。
2.9
用关键词 物质名 CIF 来检索，具体试试就知道，屡试不爽。做钙钛矿啦这类课题的同学可以优先试试这条。
2.10
手工搭建
此方法是我说的下策，能找到现成的绝不自己动手。
手工搭建这里分为两种，一种是根据文中已有的结构信息，自己来搭建。还有一种是常见于COF结构搭建的，你会发现有人能给出COF的cif文件，这是一件很神奇的事情，为何神奇，做COF的同学肯定知道。其实都是根据猜想之类的信息自己搭建的，具体搭建可能使用的是CrystalMaker之类的软件。本文讲的是如何根据文献中信息搭建需要的模型。
接下来是手工搭建教程
首先找到文献，这一步门道挺多，但是图情学相关的内容，这里就不展开了，也许不知道多久之后我会写一些类似于《学校给你买了WOS，为啥你还在用百度学术》之类的文章发布。
这里用DOI:10.1103/PhysRevLett.100.045702中给出的某种SnxOy的数据去构建模型
这部分操作其实在之前第一次的CASTEP教程里面已经教过了，这里再给详细一点，仔细体会每一步的用意。我演示Sn3O4的搭建过程，Sn2O3大家自己练习用。
首先我们先要根据文献给的晶胞参数构建一个晶格。
具体信息如下
这里每个信息都很重要，空间群，abc,αβγ，这里原本想让大家抱紧学过固体物理的同学的，想想还是算了，随便一本讲了晶体结构的书，这部分你都能看得懂。
首先打开MS，新建一个project,然后随便命名成什么
然后右击-New- 3DAtomistic Document
然后在菜单栏build/crystals/buildcrystal
如下面这样的窗口，如果你知道该空间群的代号直接输入就好，不然就下拉菜单慢慢找。可以先在这里确定一下https://www.cryst.ehu.es/cgi-bin/cryst/programs/nph-table?from=kv
然后跳转到下一标签页LatticeParameters。输入以下参数。这里你会发现α和γ是锁死的，那是因为空间群确定了，这两个数值已经确定了。如果你自己在根据文献建模时候发现这里的某些数值锁死，但是和文献中给的不一样，可能是你或者文献搞错了空间群。
这里有个地方要提醒一下，虽然大家一般不会犯这个错误。请注意，长度单位是埃米，有的文献中给出的是纳米，千万别搞错了。
设置完之后点击上面的Build（我这里显示Rebuild是因为我是用已经建好的结构给大家截图演示的）
已经根据文献建立好了晶格，下面就是添加原子。
需要的参数在
在菜单栏build/add atom打开Add Atoms对话框
先注意观察一下上面给的坐标，我们注意到是Atomic fractional coordinates，有的不会明确写出来是分数坐标，你要自己判断。分数坐标有个很明显的特征：没有数字大于1.一定要在Options标签页中选上Fractional
回到Atoms标签页中，先点击Element右边的三个点，会打开元素周期表，然后把Sn选上，然后OK退出。然后如下图这样设置，然后点击Add
此时第一个Sn原子就被加入进了晶格中。
依次添加其他的Sn和O原子。
弄完之后，大概长这个样子
如果觉得O原子伸出去很难看，可以Build/crystal/rebuild crystal点一下rebuild即可去除。
你还可以右击选Label，在label选项框右边选中Element Symbol，然后按Apply，即可在原子上显示原子符号
还可以在MS界面左下角再检查一次晶胞参数等信息
至此，手工搭建三维模型讲完了。真的已经是史上最详细的教程了，没办法再详细了。一维纳米管纳米线建模、二维建模包含简单的异质结建模就下次唠唠吧。
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你“在看”我吗