【计算教程019期】用AL判定SO2在Ni(111)面上的位置

最近有小伙伴留言，问：如何用Adsorption Locator判定SO₂在Ni(111)面上的位置？

本期就为大家提供相应的教程，供大家一起学习。

Adsorption Locator（以下简称AL）可以作为一种初步筛选工具，自动生成吸附构型作为后续DFT研究的出发点，具体操作教程如下：

1. 新建一个project，可以自行命名。

2. 构建一个SO₂。

   新建一个3D Atomistic文件，并绘制SO₂分子，画完clean一下。

画完结构需要用Forcite中COMPASS力场优化一下构型。那此处为何不用Dmol3呢？力场方式再牛也没有实打实的DFT计算精度高啊。（一是，对于这类的小分子，常用力场都能很好描述其结构；二是，AL在接下来的计算过程中使用的是Forcite中COMPASS力场，所以原汤化原食。）

优化步骤：打开Forcite-Calculation，在Setup选项卡上将Task改为 Geometry Optimization，Quality设为Fine。选择Energy选项卡，将Forcefield 改为COMPASS，点击Run按钮。

优化完的结构产生在SO₂ Forcite GeomOpt/SO₂.xsd文件中。

3. 现在建立Ni(111)晶面。  

先导入MS自带的Structures/metals/pure-metals/Ni.msi

这个切面的搭建直接看视频教程就好了。具体参数如下

Cleave plane (h k l)：1 1 1

Fractional Thickness：6.0

然后扩个胞，建立u×v:2×2超晶胞，

然后建立真空层，把体系做成3维的结构，上面空出足够的空间让SO2和Ni作用 并且不会让SO2和因为周期性出现的Ni的下表面。

Vacuum thickness：15.0

4. 设置吸附计算

把Ni(111)置于活动文档位置

打开Adsorption Locator-Calculation

Setup

Quality：Fine

Adsorbat：SO2Forcite GeomOpt/SO2.xsd Loading：1

Energy

Forcefield：COMPASS

Location

选中Surface region defined by atom set

AL的计算必须要指定吸附位置的，现在需要选择原子定义表面区。

选择最顶层Ni原子，原子将以黄色显示。在Location选项卡上，点击Add按钮将选定的原子添加到TargetAtoms Set中，以用于吸附计算。记住，没有选择表面原子的时候，那个Add按钮是点不了的！！！

选中Set maximum adsorption distance复选框，输入数值5.0。

由与选定目标原子的指定最大距离定义的区域将被采样以吸收被吸附物。 值为5.0可使系统发展吸附到Ni表面的SO₂的新结构。 如果最大吸附距离太短，一些结构将无法获得，如果太长则没有新结构来添加。

Properties

Fixed energy window：100 kcal/mol。

与最小结构的不同值小于100 kcal/mol的所有结构将被返回。在这里使用较大的窗口值，可以确保不丢失重要的结构。

Run

5. 分析结果

计算结束后打开Ni (1 1 1) Adsorption Anneal文件夹找到Ni (1 1 1) Fields.xsd并打开。

该文件显示吸附点的域，点的密度较高表明是更可能的吸附部位。

Display Style

Field

Color by field values

Volume

现在较大可能的吸附区用绿色显示，较小可能的用红色显示。

打开表格Ni(1 1 1).std。

该文件包含具有最小能量结构的结构和能量值。

~~教程结束~~

具体操作教程视频，注意下方的获取方式哦~

教

   程   

   获   

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