Gromacs必看！分子模拟课堂上你不知道的那些事

Gromacs 实操课已经结束，最后一期为答疑课

发现大家有很多疑问

唯理计算对大家的提出的问题进行了汇总整理，并进行解答

快来看下你心中的疑问是否在下方得到了解答~

1.生物膜的搭建及模拟中，minim.mdp是如何得来的？模拟完成后，如何获取拟合好生物膜物理性质的一些参数，如单个头基面积随模拟时间的变化关系、膜厚度、头基之间以及头基与水之间的氢键、扩散系数等信息？

Gromacs用到的所有mdp文件，都可以在模板里面改，要添加新的参数在文件末尾添加即可。所有参数的含义在手册里面写得很明了。Gromacs只能做上述氢键和扩散系数，其他性质可以使用vmd软件来做。

2.如果生物膜中需要添加带电的单体，如中长链有机酸根离子作为膜组成部分，创建输入文件中有什么需要注意的地方？

有带电单体，必须和膜的分子单独做itp。把膜做好之后，往体系里面随机加入等量的带电单体，然后让整个系统充分弛豫。

3.构建离子的pdb，想采用OPLS力场。可是用GW画出来后导入ATB网站得到的PDB是gromos力场的，能直接拿来用吗？

pdb没有力场区分之说，pdb仅仅是一个坐标文件，任何力场都可以用       

4.Gromacs默认调用的核数是多少？

默认调用系统能用的最大核。想指定用多少核，可以在mdrun命令后面加  -nt  **   这里**为小于等于最大核数的整数。

5.对有机小分子用genrestr 进行限制和添加冻结项有什么区别？

冻结是把所有原子坐标都固定死，限制是使用一个力从x y z三个方向上去摁住原子。所以这个力假如设置得小了，原子也会有移动。

6.两种报错方式如下：

报这种LINCS错误，一般有两种情况：

1、体系建立不合理，没有充分弛豫。建议重新建立盒子，稍微大一些，再运行。

2、体系中某个分子的itp文件有问题，建议排查itp文件。特别是成键参数。

7.在做甲醇的top.top时，采用MKTOP输入的.pl文件是怎么来的？（因为之后学习需要做其他分子的.top文件）

这个文件是可以在MKTOP官网下载的。下载来记得更改文件里面gromacs的力场路径为自己运行的机子上的路径。

8. 蛋白对接中，加离子处理是提示：.top文件和water.gro文件中的分子链接数不同，麻烦解答如何处理？

Top和gro原子个数不统一，这是新手最爱犯的错误。仔细排查top最后几行的分子个数是否是gro里面放的分子个数一致。

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