【启蒙教程】如何使用chargemol计算DDEC电荷

非周期性体系的电荷计算，因为有了国产神器Multiwfn而变得异常简单。

那么周期性体系的电荷计算怎么整？

比如有的同学需要用RASPA做GCMC计算，看手册发现从cif中直接读取电荷数据的方式可以更精确更简便，那么这个带有电荷信息的cif怎么来的？

今天我们聊聊这个事情。获得这样的cif总共分几步呢？

01

通过VASP等工具计算生成电荷密度相关文件

主要是向INCAR文件中加入以下字段

LCHARG = .TURE.

该字段意为是否写入电荷密度信息（针对CHGCAR和CHG文件）

LAECHG = .TURE.

该字段意为是否将全电子的电荷密度写入文件中，该项一旦设为TURE，将会在输出文件中找到以下三个文件：

AECCAR0：contains the frozen core electron density

AECCAR1：the proto-atomic valence density (overlapping atomic charge densities).

AECCAR2：contains the valence electron density

关于全电子密度（"all-electron" density）的描述，并不是字面理解的意思，具体可参考LAECHG关键词的官方教程

 https://www.vasp.at/wiki/index.php/LAECHG

我们会提供一个简单的INCAR模板供大家修改成适合自己课题的。（*注：模板在附件中）

除了上述的计算输出文件以外，还有

CHGCAR：contains the smoothed valence electron density, and spin density（自旋密度仅限磁性材料）

POTCAR：contains information about the number of frozen core electrons

获得 上述文件后，将进入第二步

02

 使用chargemol计算DDEC电荷

此项大家直接按照视频教程操作即可。

我们在本期的附件中给出了无字幕版，有字幕版，以及纯字幕文件。

主要就是将上述文件放到一起，然后定义好job_control.txt文件，然后运行即可。

job_control.txt文件看起来手动构建比较困难，其实需要更改的地方并不多，大家只需要选择软件包中：

chargemolXXX\examples_to_run\VASP5_NaCl_bulk_example\DDEC6_windows 的job_control.txt进行更改就可以。

需要注意的就是正确写上atomic_densities文件夹位置，并设置charge type为DDEC6

计算后得到的文件中有一个叫做：

DDEC6_even_tempered_net_atomic_charges.xyz

打开之后会发现5列信息，分别为：

元素符号， X， Y， Z， charge

03

 将电荷信息写入cif即可

具体的做法就是先在cif中分子坐标的区域，在末尾增加一条字段标记：

_atom_site_charge

注意前面有个下划线，不可忽略。

然后在每个原子的记录的最后面加上计算好的对应的电荷。

该操作在使用UltraEdit等支持列编辑的文本处理器时可以即为省时。

如果你手头的cif文件有1M以上的大小，内部数据即为复杂。

此时可以先用VESTA打开，然后导出为cif就能够将很多对我们意义不大的信息清洗掉。

资源获取：

公众号回复：

20210317

唯理计算小福利：

针对模拟计算我们有专门的沟通群，想进群的小伙伴加微信

17812574221

备注：模拟计算进群

群里可以和老师一起探讨问题，老师也会帮助解答问题的哦~

   推荐阅读：

END

  你“在看”我吗