TCGA三级数据下载攻略
TCGA数据库并入GDC以后，以前的有些链接失效，导致很多战友不知道如何下载TCGA三级数据。有些战友怀疑老美故意借此机会坑害中国科研人员，其实是不可能的，仔细想想这个账划不来。我坚信有链接能够找到三级数据，花了两个小时，找到了链接，还发现这种方法比assembler下载更方便，能用上迅雷。
网速可以得话，三个小时，能够下载所有的TCGA三级数据，结果就是这么任性！其实任何生物信息的网站使用都比较简单，大家耐心的多看看help，多摸索几次，还是很容易上手的。
点击 launch data portal
点击 Analysis
点击Broad Firehose,
大家注意这个页面中在firehose的上面一个按钮，可以进入熟悉的在线分析界面（cBioPortal）；
这个界面可以清楚地看到数据版本是2016年1月28日；
在select cohort下面有很多分析内容，可以直接分析，但我没尝试过。在这一列的右边，我们可以看到很多肿瘤的相关数据，都是三级数据。我们选择宫颈癌为例(CESC)为例下载数据。
点击SELECT COHORT,这时候会出现很多肿瘤的下拉列表，在里面选择你想要的癌症类型(我们选择宫颈癌)：
这时候，我们看到很多宫颈癌的数据，307例临床数据，295例SNP数据，还有甲基化，突变，miRseq，mRNAseq的数据等等。怎么下载了？
非常容易，想下载什么数据，就点击什么数据，例如我们下载临床数据，就点击clinical后面的深蓝色条条，弹出的窗口是
临床数据已经出来了，想下载那个，就选择哪个。我选择合并的数据。点击merge-clinical即可，记住右键点击可以迅雷下载!
我们选择mRNAseq数据下载，点击后面的红色条条，出来的结果是这样的：
结果就出来了，选择自己需要的哪一个就行了。这是我常用的数据类型
illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes (MD5)
至于为什么这个数据类型，其实我不是很懂，我用assembler下载数据的时候，也是用的这个数据类型。这里面有原始数据，和归一化的数据。
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