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生物标记物(基因)联合诊断模型的stata实现ROC(AUC)

2017-02-10 猴哥 Freescience联盟

大家春节过得好不好?


这几天Google了所有的网页,竟不得《联合诊断模型的stata实现》,这年过的,但这难不倒猴哥。

**数据格式


status    scn3b    trim9    slc35f3    rundc3a
0    52.089    188.512    1.65362    69.452
1    69.6097    106.403    3.97769    33.8104
0    20.3639    8.72739    1.93942    54.3038
0    23.0293    21.59    .719667    19.431
0    30.1494    30.1494    3.54698    151.634
1    6.63477    3.98086    1.32695    5.30782
0    30.216    27.1944    0    3.0216
0    6.28672    51.5511    1.25734    11.3161
0    20.0969    16.3287    12.5605    46.474
0    19.7226    21.6009    0    35.6885
0    19.0801    68.0247    .82957    7.46613
0    6.13364    45.5642    0    1.75247
0    4.69095    3.51821    2.34547    8.20916
0    7.89471    15.7894    .7177    15.0717
0    10.1261    11.1387    0    5.06303


*************截图如下



**数据说明:status 是分类信息,scn3b    trim9    slc35f3    rundc3a分别代表4个gene

*************说明   .XXXX为stata命令项,在stata中输入XXX
sum
****在stata中输入sum,看一下数据情况


//以status为分类变量,分别画ROC曲线

roctab status scn3b ,graph

roctab status trim9 ,graph

roctab status slc35f3 ,graph

roctab status rundc3a ,graph


//对比多条ROC曲线曲线下面积
roccomp status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a


//和标准ROC曲线做对比检验,默认scn3b
rocgold status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a



//单个gene诊断模型roc曲线,联合诊断模型roc曲线分别绘制单个gene诊断roc曲线
roccomp status scn3b trim9 slc35f3 rundc3a ,g  


//经过线性模型拟合,我们绘制出线性模型联合诊断模型roc 0.625



//经过适当代码整理,我们绘制出联合诊断roc曲线,您可以随意调整颜色哦!



//调整为红色



那么问题来了,学习jimmy老师,布置作业,本处不公布全部代码,简短回答下列问题后,在FreescienceMeta群(如下二维码)中公布数据和代码



1 联合诊断roc曲线到底是如何实现的?(全程数据、代码讲解)
2 为什么线性拟合 ROC 只有0.6254,好像最少?
3 线性模型拟合为何不满意,还可以做哪些模型?
4单个基因诊断效能到底如何,60%?70%?
5 如何达到最好的诊断效能,建立最好的模型?

猴哥静静地在那里录制着视频,数据代码先给你!!!



META专栏主编



猴哥:Freescience公众号meta分析栏目现任主编。副主任医师,武汉大学肿瘤学博士,专注于胃肠道肿瘤分子生物学机制、系统评价/Meta分析、数据挖掘、临床统计研究。




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