lncRNA文章解读&实战meta答疑ppt+录音--沙龙留声机

上周六请出了大家熟悉的生信大神赵忻艺老师，为大家在线讲解了一篇高分lncRNA文章套路。（回复lnc0001到后台，获取文献原文。）

除此以外，赵老师还现场解答了上周读者提出的以下方面疑问：genespring操作问题，生信检索问题，lncRNA文献流程相关问题，通路图绘制的入门问题。

猴哥也在现场回答了以下一系列meta循证+代码操作问题。

发送SL003到后台，马上得全套现场课程录音，跟随两位老师的逻辑，开始小白的历练之路吧~

猴哥meta沙龙提问版

问：请教一个问题，谁的meta回归出现过 Adjusted R2为100%的，或看过文章有这种情况的，我的为有一个解释变量可达100%，编辑觉得太高了，不真实

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）:Adjusted R2为100%。meta回归其实质仍是回归，这样或许便于理解结果。校正R2按照左边的解释是“协变量能解释的研究间变异程度”。只是研究间的变异而已，并不能解释研究内的变异。猴哥不清楚您具体的解释，建议您做一下亚组分析，重点阐述一下组间变异。（猴哥个人理解是：变异分组间变异和组内变异。研究间变异属于组间变异）。从回归的角度来说，也就是这个协变量能解释该模型每个观测间变异的程度的大小。残差的I2，按照左侧的解释是“研究间的异质性程度”，从回归的角度来说，可以理解为异质性能解释回归模型残差的多少。上面的 τ2（即结果中tau2）是研究间方差分量的大小，越小说明模型的拟合越好。

下次问问题，最好图文结合，下面举例说明：
Meta回归的 数值的解释

主要是解释残差变异：
对于本例，从输出结果可见，55.83%的残差变异是由于异质性引起，另外的44.17%是研究间的变异程度引起，而这个研究间的变异，duration协变量可以解释其中的55.16%。  55.16%的残差变异由 协变量解释（从前往后说）。

问：做单核氨酸基因多态性时出现这种表，已知IL-10基因819（T-C突变）和592（A-C突变），请问各位老师这个表怎么提？如何提？

答（猴哥）：现场录音解答

问：我有个问题，原始研究是探索snp位点了疾病某个症状的关系的，这种情况能做meta分析吗？我不才，只做过易感性的,最好是能发个别人做好的meta，我想看看别人是怎么做的.

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）:snp最好和某个疾病关联。猴哥snp推文中有讲 MTHFR多态性和脂肪肝，这是一篇很好的范文。建议您模仿一下。

问：问一下，大家有用过PROSPERO这个网站的吗？在这个网站上注册的meta分析，完成了之后必须要提供自己的数据以及发表情况吗？

答（猴哥）：现场录音解答

答：PROSPERO注册比较简单，按照规定只需提交PROTOCOL.

问：老师好

一般我们遇到 差值基线变化 数据的提取是这样的：

基线 Mean±SD

终点 Mean±SD

得 差值 Mean±SD

现在我遇到的数据是

基线 Mean±SD

终点 Least-SquaresMean

差值 Least-SquaresMean±SE

差值怎么换算成 Mean±SD？

问：最小二乘均数 可以 换算成 算数平均值 么

问：这个问题是不是很难解释呀，查来查去 资料好少

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：猴哥建议，个人意见，仅供参考：可以估计一下MEAN= Least-Squares Mean。 SD= √N *SE。

问：请教大家一个问题，如果做一个关于首诊脑部肿瘤的患者颅部CT特征这样一个meta课题，根据那个PICS检索文献的方法，I应该是CT，那么C就没有对吗？的课题可以写成一个meta分析吗?

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：做meta分析之前首先要明确 做meta分析的目的。然后根据PICOS的原则。您可以做一个诊断的meta分析，提取 TP FP FN TN的数据，来说明CT对某脑部肿瘤的诊断价值。

问：看了上周meta沙龙，想请教孙老师一个问题。5种模型全部有统计学意义。
比如，是g>a ，模型结果提示是5个都具有保护作用。那最后结果是怎么说好？我可以说a相对g具有保护作用。还是把5种模型的组合都说一遍 ？5个模型都有意义，而且意义方向一致，我看到有人就说了等位基因模型，要是5个中的其实几个有意义，怎么概括其实的意义性啊？我一直都没搞懂 

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：每个模型只是一种模型呈现方式，或者说是结局指标，共同来说明突变后的基因型 是 危险因素还是保护因素。说明一种就好了，有2种更好。

问：基线，12个月，24个月，连续观察三次，基线采用平行随机对照方法。

α=0.05，β=0.02,1:1对照，失访假设15%，

结局指标是二分类指标。合格/不合格

吸烟：吸烟不合格，不吸烟/戒烟合格；

科学饮酒：≤50ml纯酒精/天，合格；否则不合格；

适度运动：≥150min/周。合格，否则不合格；

健康饮食：≥10分为合格，否则为不合格。具体怎么算样本量，求教。

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：以后我们群里的逍遥君老师会讲样本量的计算。或者GCBI学院也有讲样本量计算的视频和方法，您可以学习一下。我们一般用PASS软件，软件也很简单，您可以自己算算。

回复关键词HDL001获得此问题的文档

问： 加载network出现这种情况,请问怎么解决：

 net fromhttp://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/IW_Stata/

filehttp://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/IW_Stata/stata.toc

 not found

http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/IW_Stata/

 either

  1)  isnot a valid URL, or

  2) could not be contacted, or

  3)  isnot a Stata download site (has no stata.toc file).

current site is stillhttp://www.mtm.uoi.gr/

r(601);

.

. net cd meta

filehttp://www.mtm.uoi.gr/meta/stata.toc

 not found

http://www.mtm.uoi.gr/meta/

 either

  1)  isnot a valid URL, or

  2) could not be contacted, or

  3)  isnot a Stata download site (has no stata.toc file).

current site is stillhttp://www.mtm.uoi.gr/

r(601);

.

. net installnetwork.pkg

filehttp://www.mtm.uoi.gr/network.pkg

 not found

could not loadnetwork.pkg from http://www.mtm.uoi.gr/

r(601);

加载network的命令

net fromhttp://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/IW_Stata/

net cd meta

net install network.pkg

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：更换了网址，主要是为了防止盗版。请用STATA 正版软件，或者加载本地程序包。

问：请问下梯型生存曲线图如何用engauge提取HR

答（猴哥）：现场录音解答

问：各位大神，我想请问一下用stata实现网状meta,推荐使用频率法还是贝叶斯法呀？

答（猴哥）：现场录音解答

答：频率法已经做的烂了,想做也可以做。

问：孙老师，你上去视频里介绍你通过疾病找snp的网站（点文字直达）是不是挂了？
我输入几个疾病都说没结果。 

答（猴哥）：现场录音解答

答（猴哥部分文字回答）：请多找几个网站。OMIM只是遗传疾病数据库。

问：搜疾病名称点击ok以后，总是提示connection error:no valid mesh term。想问下这个是怎么回事呀。。谢谢了！

答：在网站没有故障维护的前提下，有这么两种可能：1.本来就没有那个检索词；2.检索方式不对

问：我就是按照上面的步骤一步步来的，可能是在故障维修吧，我搜乳腺癌也没有，按照教程输入糖尿病也没有。那我再等两天看下。

答：据很多人的反馈，是真的网站挂掉…

lncRNA文献解读PPT

回复lnc0001到后台，获取文献原文。

本次课程的主要内容

1.研究背景资料

2.新IncRNA的鉴定

3.新IncRNA表达模式研究

4.肝癌相关IncRNA共表达网络构建

5.部分肝癌相关IncRNA RNAi功能研究

6.研究结论以及启示

1研究背景资料 

2新IncRNA的鉴定 

3新IncRNA表达模式研究 

4肝癌相关IncRNA共表达网络构建 

5部分肝癌相关IncRNA RNAi功能研究

6研究结论

生信沙龙问答版

问：求解genespring 出错，就是运算不了

求解，Illumina HumanHT-12 V4.0 expression beadchip用genespring加载失败指导，已经下载了对应平台文件，矩阵文件也下了。对应芯片技术文件已经update了，对应芯片技术文件已经update了，加载RAW文件还是出错。教程里面的导入cel的方法一直不成功,我下了其他文献的HumanHT-12_V4_0_R2 ,用RAW文件导入也不成功，一直提示“不符合文件规范” ,用“万能法”倒是可以。已经更新了技术HumanHT-12_V4_0_R2_15002873_B，还是不行。

答（赵忻艺）：不了解你的具体操作，猜测以下问题：1软件安装和文件目录是否英文？2文件是否完全解压？

问：还有一个问题，怎么解决“万能法”最后“create interpretation”，在win10系统中报“java”错误的问题 ，就是这一步，在win10下没法成功 ，我在虚拟机中用win7成功了 。

答：genespring的版本可能不是最新的。破解版很多不是最新的，不匹配W10。这个问题周末我们试一试再看。

答（赵忻艺）：不了解你的具体操作，猜测以下问题：1软件安装和文件目录是否英文？2文件是否完全解压？

问：谢谢解答。第一个问题确实是文件夹名称里面有中文的问题，已经解决。
但是第二问题，出现java错误的没有解决

问：请问老师一下，生信类的文章，检索词是什么？初次接触，想先看一下相关文献

答（赵忻艺）：现场录音解答

问：为什么三种算法得到共同lncRNA这样少？

答（赵忻艺）：现场录音解答

问：这里用的是lncrna做GSEA？ 

答（赵忻艺）：现场录音解答

问：我想问一下，要做有双链DNA，还有细胞膜受体图片，方便的软件除了Pathway Builder Tool ，还有没有其他软件比较方便

答（赵忻艺）：现场录音解答

语音里说到的关于文章中具体分析流程的网页链接在这里 

（复制链接到浏览器打开）

https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/

赵老师推荐的本讲相关资料链接在这里

（复制链接到浏览器打开）

TCGA新版甲基化芯片格式
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Methylation_LO_Pipeline/
 

拷贝数分析流程 https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/CNV_Pipeline/

WGCNA-共表达网络（生信菜鸟团）http://www.bio-info-trainee.com/2297.html

富集分析（Tang Boyun）  https://zhuanlan.zhihu.com/p/20901089?from=timeline&isappinstalled=0

富集分析-徐洲更-生信媛（点文字直达）

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1. 是发送后台，而非留言区或其它地方。
2. 请务必发对关键词，否则是收不到的。

生信大数据版主介绍：赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。