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[变异毒株] Omicron: 毒王族谱(2023年1月10日第三次更新)
2022年9月22日,本系列第一集时,Omicron大家族(除了BA.1之外)总共298个子分支; 到了2022年10月15日,本系列第二集时,这个数字飙到了464个; 而截止今天(2023年1月10日),Omicron大家族(除了BA.1)一共拥有673个子分支。
BA.2.3.20*亚谱系; BA.2.75*亚谱系; BQ.1*亚谱系; XBB*亚谱系; 两个Deltacron亚谱系(不过严格来说XBC*和XAY*都还算不上谱系); 以及BA.5亚谱系的一些余孽。
上图是巴塞尔大学Richard Neher老师借用演化树的UI做出的变异株树状列表; 其中每一个小圆点并不代表真实的测序记录,而代表了取得了Pango委员会正式命名的子分支; 小圆点的颜色则代表取得正式命名的时间先后,其中越偏红色则越晚近。
CM.10,比原始版BA.2.3.20额外多出刺突蛋白V445A和K478T回复突变,按照Cornelius小哥最先提出的天阶序论(延伸阅读,见这里),算是七阶高手; CM.11,比原始版BA.2.3.20额外多出刺突蛋白R346T和F486S,一举迈入八阶境界(但由于绝对数量还太少,所以增速暂时不明); BA.2.3.22,这个不是BA.2.3.20的子分支,但作为近邻,顺便提一嘴得了……总之这是BA.2亚谱系下最新的一个跃迁突变变异株,拥有11个额外突变,其中8个出现在刺突蛋白,分别是:69/70del, W152L, 211del, L212I, R346T, N417T回复突变, F490A, A942S。BA.2.3.22很可能起源于菲律宾,随后在卡塔尔等地检出,目前在德国流行。
CH.1.1.2,比CH.1.1额外多次S:T883I,当前整个BA.2.75*大家族的增速冠军; CH.1.1.4,各方大佬正在密切关注的一个子分支,这货整个Omicron家族第一个稳定拥有S:P681R突变并能保持适应性的变异株(毕竟大伙儿都还记得当初2021年被P681R支配的恐惧……); CH.3.1,已喜提S:F486P,并且一口气额外获得S:S494P; DS.1,除了CH.1.1.2之外,BA.2.75*大家族另外一个值得留意的最新种子选手。比BN.1.3.1额外多出了刺突蛋白R403K和F486S; BN.1.3.2和BN.1.3.4,双双喜提超强增益突变S:V445A,一同跻身七阶。
BQ.1.1.34和DT.1,这俩通过不同的演化路径获得了趋同的刺突蛋白144del跟S494P突变,并双双名列家族内部增速榜顶端; DP.1,获得了罕见的刺突蛋白A352S突变,同样增速靠前。
XBC.1.2及XBC.1.2.1:靠着ORF1a的增益突变(T3255I)成功进入增速榜第二梯队; XBC.1.1.1:喜提强力增益突变S:G476S,加入趋同演化的列强行列; XAY.1.2和XAY.3:虽然刚刚获得命名,但势头反而不如2022年底就已经冒头的XAY.2……后者正在丹麦打村战呢(详见:《论,村战》)