只需1分钟？生信分析还能这样玩？

课程完结

华大基因多组学数据挖掘系统Dr. Tom在线课程完满收官啦！三大主题课程 —— 疾病研究、微生物基因功能研究、动植物发育调控，内容全覆盖，分析思路、图表绘制干货满满，收获了不少听课老师的好评~ 三节课程均有回放和文字回顾内容，如果您觉得意犹未尽，科技君还准备了1分钟系列教学小视频，赶紧收藏反复观看~

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必须实用，现学现用！

这其中的10个小视频贯穿基因查找、互作网络和venn图绘制、卡方检验和GO富集分析等常见问题，1分钟实用教学，0 生信基础也能轻松驾驭！关于此次课程或系统使用方面，如果您有更多建议欢迎下方扫码填写，为感谢您的支持，更有惊喜好礼相送~

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课程回顾

三节课程均可以查看文字回顾（疾病方向、微生物方向），视频回放点击文末阅读原文查看。以下是动植物方向的课程内容精华，供大家参考。

7月14日晚，资深高通量测序技术支持经理刘国城带来本系列课程最后一课——《复现植物转录组经典案例》，课程介绍了动植物领域前沿实用的全转录组方案设计思路、功能全面的Dr.Tom数据循环挖掘工具，并结合案例呈现了多种图表绘制方法。

课程以经典文章中烟草尼古丁合成通路的non-coding RNA调控网络构建为例，介绍了植物次生代谢产物代谢通路的non-coding RNA调控网络的构建思路（如上图），讲解了从全转录组不同类型RNA的共表达关系数据中获得circRNA-miRNA-mRNA表达模式的操作方法。

该案例中涉及的多种图表正是Dr.Tom数据挖掘系统的专长，Dr. Tom集“项目结果交付”与“自主个性化数据循环挖掘”功能于一身，囊括表格筛选及扩展、图表交互、多组学关联数据库、关系转换、自定义数据上传等5大核心功能，帮助用户快速获取核心数据特征，完成转录组数据自主、高效、个性化的分析挖掘。

课程最后在Dr. Tom系统中重现了经典文献中重要图表的绘制过程，实证了系统高效、无门槛的强大数据挖掘与图表交互功能（部分图表展示如下）。

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课程答疑

1. Dr.Tom系统导出的图表可以标记编辑吗？

可以，从Dr.Tom系统中导出.svg或者.pdf格式的图片为标准的矢量图，可在Adobe Illustrator软件中完成编辑。

2. 课程中介绍的烟草全转录组分析方案，在无参考基因组的物种中，是否适用？

在没有参考基因组的情况下，non-coding RNA的测序获得量有限，会影响不同类型RNA之间的互作关系分析，具体项目需要具体探讨。

3. 差异circRNA、miRNA与差异靶基因互作分析，网络图怎么做?
结合各组学数据与基因之间的靶向关系（如RNAplex分析结果）和共表达信息（如Pearson correlation coefficient分析或者WGCNA分析结果），采用VisNetwork或Cyctoscype展现其互作关系即可。

参考文献：

1.  Chen X, Sun S, Liu F, et al. A transcriptomic profile of topping responsive non-coding RNAs in tobacco roots (Nicotiana tabacum). BMC Genomics. 2019;20(1):856. Published 2019 Nov 14. doi:10.1186/s12864-019-6236-6

2.  Tafer H, Hofacker IL. RNAplex: a fast tool for RNA-RNA interaction search. Bioinformatics. 2008;24(22):2657-2663. doi:10.1093/bioinformatics/btn193

3.  Dai X, Zhuang Z, Zhao PX. psRNATarget: a plant small RNA target analysis server (2017 release). Nucleic Acids Res. 2018;46(W1):W49-W54. doi:10.1093/nar/gky316

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