【12.02-12.04】Python生物信息从入门到进阶研讨会

Python生物信息从入门到进阶研讨会

2022年12月2-4日 腾讯会议网络会议室 

brainnews

课程背景

Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁，具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库，以及生物信息学专用的Biopython，为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习，来处理实验数据、制作图表。

课程特色

1. 本课程覆盖python基础知识，通过atom程序编辑软件进行python程序写作。

2. Deep learning,决策树，支持向量机，神经网络

3. Github程序库介绍，Git使用下载、上传、协作软件编辑，

4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍

5. 本课程手把手，实操性强，有全程屏幕录制视频课后发给学员，组群学员微信群便于学员与讲师互动交流

主讲介绍

专家，博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位，08年获美国东北大学物理化学硕士学位，13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位，13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports，ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。

主要内容

详细内容见课表

Git软件使用、Python编程详解

学习目标

通过学习，让学员掌握：Git、Atom的基本使用、python数据结构；python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug；python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍；通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍，人工智能训练线性及卷积神经网络。

以下为详细日程：

Python学习班课程安排
日期	时间	主要内容	详细内容
备课	19:00-20:30	软件安装	Git、Atom、Python安装
第一天上午	9:00-10:30	计算机语言基本介绍	计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍
程序的组织与写作、Git介绍
基本数学计算、变量、字符、文字
交互式输入与输出、上载与下载文件
10:30-10:45
10:45-12:00	计算机语言数据结构与逻辑教学	交互式输入与输出、上载与下载文件
循环与逻辑
数据结构：序列和字典
	12:00-13:00	午休时间
第一天下午	13:00-15:30	编程基本讲解与Python软件包教学	面向对象编程
模块、类与对象
Python软件包，如何制作并使用
Debugging、自测试
15:30-15:45
15:45-18:00	基本程序写作及网络数据挖掘写作	Python统计计算，均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图
基本网络数据挖掘写作
第二天上午	9:00-10:30	Matplotlin软件包及实操（一）	Matplotlin软件包介绍
现状图、柱形图、散点图、
轮廓图、图像保存
一般图像的输入、输出
10:30-10:45	休息
10:45-12:00	Matplotlin软件包及实操（二）	矩阵基础、数字图像是什么？
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转
Affine转化、图像切割、多图绘制
	12:00-13:00	午休时间
第二天下午及晚上	13:00-15:30	Numpy软件包介绍及实操（一）	Numpy软件包介绍、数组属性
创建数组、数值性质、切片索引
高级索引
15:30-15:45	休息
15:45-18:00	Numpy软件包介绍及实操（二）	广播、数组迭代
数组操作、位运算、字符串函数
数学函数、统计函数、基础统计介绍
矩阵库、线性代数运算
18:00-19:00	晚饭及休息时间
19:00-22:00	mxnet软件包介绍及实操	线性神经网络、softmax回归
图像分类MNIST
多层感知机
深度学习计算，卷积神经网络
第三天上午	9:00-10:30	Pandas软件包介绍及实操	Pandas软件包介绍
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对
10:30-10:45	休息
10:45-12:00	Biophython软件包介绍及实操	基因序列管理、比对
DNA序列转录、翻译
多序列比对、序列输入输出
Nibabel软件包及实操	Nibabel软件包介绍
磁共振MRI数据读取
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归
磁共振MRI数据读取
	12:00-13:00	午休时间
第三天下午	13:00-15:00	Scikit learn软件包及实操	矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归
线性回归
分类、无监督
数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树
15:00-15:15
15:15-17:00	Tensorflow深度学习介绍	卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用
图网络与超图网络介绍
备注：务必自带电脑，要求windows系统，有大于50G可用内存。学习班可提供安装包

01会务时间

2022年12月2-4日，1日晚上有预备课。

02授课方式

腾讯会议线上直播

03主办单位

上海循掘生物科技中心

04会议费用

3800元/人， 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。

优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元

6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）

参加复听的学员，每人只需交600元费用

（可以这次一起向单位多申请600元）

05汇款方式

A：银行转账

账户名称：上海循掘生物科技中心 账户号：1001064709100016561

开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行

B：支付宝转账

收款人：[e-mail] 户  名:金永红

C：公务卡微信支付

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