南非SARS-CoV-2奥密克戎变异株临床严重程度的早期评估

《柳叶刀》（The Lancet）发表一项针对南非SARS-CoV-2奥密克戎变异株临床严重程度的早期评估。研究提示，与同期诊断的非基因靶标失效（SGTF）感染者相比，SGTF感染者的住院率显著降低；与早期感染德尔塔变异株的个体相比，SGTF感染者发展成重症的概率明显降低；重症概率的降低可能部分由于既往免疫。识别文中二维码或点击文末“阅读原文”，查阅论文原文。

背景2021年11月，南非出现SARS-CoV-2奥密克戎（omicron）关切变异株（variant of concern），这与COVID-19病例数的增加有关。本研究以Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 PCR检测中的S基因靶标失效（SGTF）作为指标，评估omicron变异株感染的临床严重程度。
方法本研究把南非国家的COVID-19病例数据、SARS-CoV-2实验室检测数据、SARS-CoV-2基因组数据，以及COVID-19病例住院数据进行了数据关联。对于经TaqPath PCR检测诊断为感染COVID-19的个体，感染类型分为SGTF和非SGTF。并通过基因组测序检测德尔塔（delta）变异株。使用多元逻辑回归模型，通过比较2021年10月1日至11月30日期间诊断为SGTF与非SGTF感染的个体，评估疾病严重程度和住院情况；通过比较2021年10月1日至11月30日期间诊断为SGTF感染的个体与2021年4月1日至11月9日期间诊断为delta变异株感染的个体，进一步评估疾病严重程度。
结果2021年10月1日（第39周）至2021年12月6日（第49周）期间，南非共报告161,328例COVID-19病例。38,282人通过TaqPath PCR检测被确诊，其中29,721例为SGTF感染和1,412例为非SGTF感染。SGTF感染比例从第39周的2人/63人（3.2%）增加到第48周的21,978人/22,455人（97.9%）。控制住院相关因素后，SGTF感染者的住院率显著低于非SGTF感染者(256人/10,547人,2.4% vs 121人/948人,12.8%; 调整比值比[aOR]为0.2, 95% CI 0.1–0.3）。控制疾病严重性相关因素后，SGTF与非SGTF感染的住院患者重症几率相近（42人/204人,21% vs 45人/113人，40%；调整比值比[aOR]为0.7，95% CI 0.3–1.4。控制疾病严重性相关因素后，与早期德尔塔变异株的感染者相比，SGTF感染者的重症概率显著降低（496人/793人，62.5% vs 57/244人，23.4%；调整比值比[aOR]为0.3，95% CI 0.2-0.5）。
结论我们的早期分析提示，与同期诊断的非SGTF感染者相比，SGTF感染者的住院率显著降低。与早期感染德尔塔变异株的个体相比，SGTF感染者发展成重症的概率明显降低。重症概率的降低可能部分由于既往免疫。END

Funding

The South African Medical Research Council, the South African National Department of Health, US Centers for Disease Control and Prevention, the African Society of Laboratory Medicine, Africa Centers for Disease Control and Prevention, the Bill & Melinda Gates Foundation, the Wellcome Trust, and the Fleming Fund. 

题图 Copyright © 2022 Bloomberg/Getty Images

中文翻译仅供参考，所有内容以英文原文为准。

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