numpy高级教程(二)——通用函数ufunc与结构化数组structured array
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NumPy高级应用
目录
一 ufunc高级应用
1.1 ufunc实例方法
1.2 编写新的ufunc
二 结构化和记录式数组
2.1 嵌套dtype和多维字段
2.2 为什么要用结构化数组
01
ufunc高级应用
虽然许多NumPy用户只会用到通用函数所提供的快速的元素级运算,但通用函数实际上还有一些高级用法能使我们丢开循环而编写出更为简洁的代码。
NumPy的各个二元ufunc都有一些用于执行特定矢量化运算的特殊方法。表A-2汇总了这些方法,下面我将通过几个具体的例子对它们进行说明。
reduce接受一个数组参数,并通过一系列的二元运算对其值进行聚合(可指明轴向)。例如,我们可以用np.add.reduce对数组中各个元素进行求和:
In [115]: arr = np.arange(10)
In [116]: np.add.reduce(arr)
Out[116]: 45
In [117]: arr.sum()
Out[117]: 45
起始值取决于ufunc(对于add的情况,就是0)。如果设置了轴号,约简运算就会沿该轴向执行。这就使你能用一种比较简洁的方式得到某些问题的答案。在下面这个例子中,我们用np.logical_and检查数组各行中的值是否是有序的:
In [118]: np.random.seed(12346) # for reproducibility
In [119]: arr = np.random.randn(5, 5)
In [120]: arr[::2].sort(1) # sort a few rows
In [121]: arr[:, :-1] < arr[:, 1:]
Out[121]:
array([[ True, True, True, True],
[False, True, False, False],
[ True, True, True, True],
[ True, False, True, True],
[ True, True, True, True]], dtype=bool)
In [122]: np.logical_and.reduce(arr[:, :-1] < arr[:, 1:], axis=1)
Out[122]: array([ True, False, True, False, True], dtype=bool)
注意,logical_and.reduce跟all方法是等价的。
ccumulate跟reduce的关系就像cumsum跟sum的关系那样。它产生一个跟原数组大小相同的中间“累计”值数组:
In [123]: arr = np.arange(15).reshape((3, 5))
In [124]: np.add.accumulate(arr, axis=1)
Out[124]:
array([[ 0, 1, 3, 6, 10],
[ 5, 11, 18, 26, 35],
[10, 21, 33, 46, 60]]) False, True, False, True], dtype=bool)
outer用于计算两个数组的叉积:
In [125]: arr = np.arange(3).repeat([1, 2, 2])
In [126]: arr
Out[126]: array([0, 1, 1, 2, 2])
In [127]: np.multiply.outer(arr, np.arange(5))
Out[127]:
array([[0, 0, 0, 0, 0],
[0, 1, 2, 3, 4],
[0, 1, 2, 3, 4],
[0, 2, 4, 6, 8],
[0, 2, 4, 6, 8]])
outer输出结果的维度是两个输入数据的维度之和:
In [128]: x, y = np.random.randn(3, 4), np.random.randn(5)
In [129]: result = np.subtract.outer(x, y)
In [130]: result.shape
Out[130]: (3, 4, 5)
最后一个方法reduceat用于计算“局部简”,其实就是一个对数据各切片进行聚合的groupby运算。它接受一组用于指示如何对值进行拆分和聚合的“面元边界”:
In [131]: arr = np.arange(10)
In [132]: np.add.reduceat(arr, [0, 5, 8])
Out[132]: array([10, 18, 17])
最终结果是在arr[0:5]、arr[5:8]以及arr[8:]上执行的约简。跟其他方法一样,这里也可以传入一个axis参数:
In [133]: arr = np.multiply.outer(np.arange(4), np.arange(5))
In [134]: arr
Out[134]:
array([[ 0, 0, 0, 0, 0],
[ 0, 1, 2, 3, 4],
[ 0, 2, 4, 6, 8],
[ 0, 3, 6, 9, 12]])
In [135]: np.add.reduceat(arr, [0, 2, 4], axis=1)
Out[135]:
array([[ 0, 0, 0],
[ 1, 5, 4],
[ 2, 10, 8],
[ 3, 15, 12]])
下表总结了部分的ufunc方法。
有多种方法可以让你编写自己的NumPy ufuncs。最常见的是使用NumPy CAPI,我们来讲最纯粹的Python ufunc。numpy.frompyfunc接受一个Python函数以及两个分别表示输入输出参数数量的
参数。例如,下面是一个能够实现元素级加法的简单函数:
In [136]: def add_elements(x, y):
.....: return x + y
In [137]: add_them = np.frompyfunc(add_elements, 2, 1)
In [138]: add_them(np.arange(8), np.arange(8))
Out[138]: array([0, 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14], dtype=object)
用frompyfunc创建的函数总是返回Python对象数组,这一点很不方便。幸运的是,还有另一个办法,即numpy.vectorize。虽然没有frompyfunc那么强大,但可以让你指定输出类型:
In [139]: add_them = np.vectorize(add_elements, otypes=[np.float64])
In [140]: add_them(np.arange(8), np.arange(8))
Out[140]: array([ 0., 2., 4., 6., 8., 10., 12., 14.])
虽然这两个函数提供了一种创建ufunc型函数的手段,但它们非常慢,因为它们在计算每个元素时都要执行一次Python函数调用,这就会比NumPy自带的基于C的ufunc慢很多:
In [141]: arr = np.random.randn(10000)
In [142]: %timeit add_them(arr, arr)
4.12 ms +- 182 us per loop (mean +- std. dev. of 7 runs, 100 loops
each)
In [143]: %timeit np.add(arr, arr)
6.89 us +- 504 ns per loop (mean +- std. dev. of 7 runs, 100000 loops
each)
02
结构化和记录式数组
你可能已经注意到了,到目前为止我们所讨论的ndarray都是一种同质数据容器,也就是说,在它所表示的内存块中,各元素占用的字节数相同(具体根据dtype而定)。从表面上看,它似乎不能用于表示异质或表格型的数据。结构化数组是一种特殊的ndarray,其中的各个元素可以被看做C语言中的结构体(struct,这就是“结构化”的由来)或SQL表中带有多个命名字段的行:
In [144]: dtype = [('x', np.float64), ('y', np.int32)]
In [145]: sarr = np.array([(1.5, 6), (np.pi, -2)], dtype=dtype)
In [146]: sarr
Out[146]:
array([( 1.5 , 6), ( 3.1416, -2)],
dtype=[('x', '<f8'), ('y', '<i4')])
定义结构化dtype(请参考NumPy的在线文档)的方式有很多。最典型的办法是元组列表,各元组的格式为(field_name,field_data_type)。这样,数组的元素就成了元组式的对象,该对象中各个元素可以像字典那样进行访问:
In [147]: sarr[0]
Out[147]: ( 1.5, 6)
In [148]: sarr[0]['y']
Out[148]: 6
字段名保存在dtype.names属性中。在访问结构化数组的某个字段时,返回的是该数据的视图,所以不会发生数据复制:
In [149]: sarr['x']
Out[149]: array([ 1.5 , 3.1416])
在定义结构化dtype时,你可以再设置一个形状(可以是一个整数,也可以是一个元组):
In [150]: dtype = [('x', np.int64, 3), ('y', np.int32)]
In [151]: arr = np.zeros(4, dtype=dtype)
In [152]: arr
Out[152]:
array([([0, 0, 0], 0), ([0, 0, 0], 0), ([0, 0, 0], 0), ([0, 0, 0],
0)],
dtype=[('x', '<i8', (3,)), ('y', '<i4')])
在这种情况下,各个记录的x字段所表示的是一个长度为3的数组:
In [153]: arr[0]['x']
Out[153]: array([0, 0, 0])
这样,访问arr['x']即可得到一个二维数组,而不是前面那个例子中的一维数组:
In [154]: arr['x']
Out[154]:
array([[0, 0, 0],
[0, 0, 0],
[0, 0, 0],
[0, 0, 0]])
这就使你能用单个数组的内存块存放复杂的嵌套结构。你还可以嵌套dtype,作出更复杂的结构。下面是一个简单的例子:
In [155]: dtype = [('x', [('a', 'f8'), ('b', 'f4')]), ('y',
np.int32)]
In [156]: data = np.array([((1, 2), 5), ((3, 4), 6)], dtype=dtype)
In [157]: data['x']
Out[157]:
array([( 1., 2.), ( 3., 4.)],
dtype=[('a', '<f8'), ('b', '<f4')])
In [158]: data['y']
Out[158]: array([5, 6], dtype=int32)
In [159]: data['x']['a']
Out[159]: array([ 1., 3.])
pandas的DataFrame并不直接支持该功能,但它的分层索引机制跟这个差不多。
跟pandas的DataFrame相比,NumPy的结构化数组是一种相对较低级的工具。它可以将单个内存块解释为带有任意复杂嵌套列的表格型结构。由于数组中的每个元素在内存中都被表示为固定的字节数,所以结构化数组能够提供非常快速高效的磁盘数据读写(包括内存映像)、网络传输等功能。
结构化数组的另一个常见用法是,将数据文件写成定长记录字节流,这是C和C++代码中常见的数据序列化手段(业界许多历史系统中都能找得到)。只要知道
文件的格式(记录的大小、元素的顺序、字节数以及数据类型等),就可以用np.fromfile将数据读入内存。这种用法超出了本书的范围,知道这点就可以了。
2018/12/25
Tuesday
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