第一讲 R-基本介绍及安装

今天是第一讲，带你走进R的世界。

R是用于统计计算和数据可视化的免费且功能强大的编程语言。

R可用于计算各种经典的统计检验，以及各种最新的统计学建议方法。以小编使用R近10年的经验来看，论文中有什么最新最高级统计学方法，99%都能找到相应的R软件包或者功能实现。这不仅适用于我们平时对普通生物统计的需求，更是涵盖了生物信息学，高级统计学等对统计能力要求更高的学科。

使用R可以绘制许多类型的图，包括：箱形图，直方图，密度曲线，散点图，线图，条形图，基本上论文上你能找到的图，95%都可以通过R轻松绘出。解决了很多小伙伴想画一个高级图而不得的麻烦。

1.用R的理由

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与SAS，SPSS，STATA比，R是开源的，免费的。

虽然小伙伴在市面上也可以获得其他软件的破解版，但是对于有些要求严格的杂志来说，会要求作者出示软件许可信息。

同时，使用破解版的软件会对自己电脑的网络安全产生影响。

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通过将脚本的方式，可以将结果嵌入单个文件中，R可以实现快速重复相似分析。

比如导师要求你用四个不同的人群做同样的分析，或者课题进展过程中因为一些小变动，图、表或者分析需要重新做，拥有了R的脚本代码备份，你只需要将初始的数据换成新数据即可轻松完成所有任务。

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R是跨平台兼容的

因此可以安装在Windows，MAC OSX和Linux上

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R提供了多种统计技术和图形功能。

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R具有高度的可扩展性。

它具有成千上万个有据可查的扩展软件包（称为R包），适用于金融部门，医疗保健等领域的广泛应用。

大部分的分析，我们只需要使用特定R包的特点功能，就可以轻松实现。

同时，每一个R包及功能，都有质量可控的详细介绍以及相关论文支撑。

确保了其功能的准确可靠性。

2. R软件的安装

R软件和其可视化姐妹版Rstudio可以分别在其官网获得。

• R：

  https ://cran.r-project.org/

• Rstudio：

  https ://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

共同点：

都是是基于R语言对数据进行分析和作图。

不同点：

R软件完全免费，但是功能多样性少。Rstudio在一定程度上将R软件的很多内容做成了一个个窗口可视化了，比如设置工作路径，查看帮助，输出图表，快速查看表格内容等。对于新手来说，更加容易上手。

虽然Rstudio它分为收费版和免费版，但我们使用免费版完全够用了。

3. 运行RStudio以及设置工作目录

R软件

首次使用R时，在Windows和MAC OSX下的设置工作目录过程如下：

在“文档”文件夹中创建一个子目录，例如R。R将使用此子文件夹（也称为工作目录）来读取和保存文件。

双击图标启动R。

将工作目录指定为R：

在Windows上：File –> Change directory

在MAC OSX上：Tools –> Change the working directory

Rstudio

（RStudio屏幕）

RStudio是一个四窗格工作区，用于

1）创建包含R脚本的文件，

2）键入R命令，

3）查看命令历史记录，

4）查看绘图等。

左上方面板：代码编辑器，可用于创建和打开包含R脚本的文件。R脚本是记录工作的地方。可以如下创建R脚本：File –> New –> R Script。

左下面板：用于输入R命令的R控制台

右上方面板：

工作区选项卡：显示你在R会话期间创建的R对象的列表

历史记录选项卡：显示以前所有命令的历史记录

右下面板：

文件选项卡：显示工作目录中的文件

绘图选项卡：显示你创建的绘图的历史记录。在此选项卡中，你可以将绘图导出为PDF或图像文件

软件包选项卡：显示系统上可用的外部R软件包。如果选中，则将程序包装入R。

4. 更改工作目录

你可以按以下方式更改工作目录：

在“文档”文件夹中创建一个名为“ R”的子目录

在RStudio中，使用菜单在Session > Set Working Directory > Choose Directory目录下更改你的工作目录。

选择你在步骤1中刚刚创建的目录

也可以使用R函数setwd（），它代表“设置工作目录”。

比如在windows下，可以设置工作目录如下：

setwd("c:/Documents/my/working/directory")

如果你想知道当前（或默认）的R工作目录，请键入命令getwd（），该命令代表“获取工作目录”。

5. 设置默认工作目录

每次打开RStudio时，默认的工作目录都是一个文件夹。你可以从RStudio菜单下的默认工作目录中更改：Tools –> Global options –> browser以选择所需的默认工作目录。

关闭你的R / RStudio会话

每次关闭R / RStudio时，系统都会询问你是否要保存R会话中的数据。如果决定保存，数据将在以后的R会话中可直接使用。

✎ Tip 
小编的建议是，尽量不要选择保存，因为这会占用你很大的电脑内存。

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