差异分析,傻瓜式操作,一键搞定!
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给大家看一篇2020年Cell的火山图,它是这样的:
那我们医学学霸帮要教大家做更高级的火山图,如下:
本文涉及到的测试数据及代码已经给大家打包好,如下:
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言归正传,火山图是散点图的一种展现形式,一般来说,x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异(logFC),而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值【-log10(adj.p.value)】,图中一个点代表一个基因,而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。
那么,可想而至,绘制火山图,需要三列数据,即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以,火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。
在RNAseq测序中,使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中,如下:
了解清楚之后,我们正式开始作图。第一步:安装R语言,Rstudio,用Rstudio打开这个傻瓜式万能代码:
第二步、安装包(ggpubr和ggthemes),加载包,读取数据,处理数据。因为纵坐标是【-log10(adj.p.value)】。所以要将adj.p.value转换为【-log10(adj.p.value)】,并画图。
第三步、将adj.P.val小于0.05且上下调大于4倍(logFC的绝对值大于2)的基因筛选出来,并用不同的颜色画出来(如果你想筛选logFC大于1的话就将下面的代码的数字2改为1即可,其他不用变,所以说是傻瓜式万能代码。)。
第四步、使用geom_hline和geom_vline分别添加横向和纵向的辅助线(如果你的筛选基因是logFC大于1,那么就将下图c(-2,2)改为-1,1就行,傻瓜式万能代码)。
第五步、将基因名字可视化出来,这个时候我们就可以看到具体哪些基因上调哪些基因下调了(如果你的筛选基因是logFC大于1,那么就将下图c(-2,2)改为-1,1就行,傻瓜式万能代码)。
第六步、修改成Cell杂志的颜色(如果你的筛选基因是logFC大于1,那么就将下图c(-2,2)改为-1,1就行,傻瓜式万能代码)):
OK。所以这是高级火山图傻瓜式万能代码。长按下方二维码关注公众号《医护人才帮》,回复“数据和万能代码”即可免费领取该测试数据及傻瓜式万能代码:
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