【万能代码共享】一键完成任意基因在任意肿瘤中的表达情况、差异分析、生存分析等（内附代码下载）！
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今天给大家分享：
“任意基因与任意肿瘤关系的万能代码”
它是这样的：
你只要用R语言软件打开这个【任意基因在任意肿瘤中的表达量情况（TCGA）.R】代码，傻瓜式运行。你就可以知道：
1、任何一个基因在任何一种癌症（泛癌）中的表达情况；
2、任何一个基因在任何一种癌症（泛癌）中和其对应的正常组织中的表达情况；
3、任何一个基因在任何一种癌症中的差异表达情况（癌症比上正常组）
4、任何一个基因在任何一种癌症任何分期的表达情况；
5、任何一个基因对任何一种癌症生存分析
有了这个代码，发泛癌的纯生信简直太轻松了。做肿瘤类的实验预测一下，也是极好的。现在我们把这个万能代码分享给大家，大家如下即可下载：
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在对话框输入关键词：220418
下载后是这样的：
2、3、4这几份文件如何下载的，文末我们有教大家下载，具体每个文件是干嘛的，我们文末也有介绍。这里我们用R语言打开代码之后，如下操作：
首先，120行之前的代码，啥都不用管，直接全选运行就行（这里要注意，因为这个代码运行需要很大的R语言内存，但是我给大家解决了这个问题，里面会有一句代码memory.limit(18138)#加大内存条。所以，一般大学生都用的电脑都能跑通这个代码，我目前是普通的win10电脑）：
下面就是非常关键的了：
1、任何一个基因在任何一种癌症（泛癌）中的表达情况：
运行120-130行代码，就出图，看TWIST1在泛癌中的表达：
我们可以看任何一个基因在任何一种癌症（泛癌）中的表达情况，我把它换成WNT4看看：
然后导出图片，经过AI修饰就可以投稿了：
2、任何一个基因在任何一种癌症（泛癌）中和其对应的正常组织中的表达情况；
运行138-142行代码，就出图，看TWIST1在泛癌中的表达与对照组中的表达：
换成WNT4看看：
3、任何一个基因在任何一种癌症中的差异表达情况（癌症比上正常组）：
我这里看TWIST1在LIHC肿瘤中的差异表达情况：
换成WNT4看看，我们也可以将LIHC换成别的肿瘤哦：
4、任何一个基因在任何一种癌症任何分期的表达情况；
看TWIST1在LIHC肿瘤各分期中的表达情况：
换成WNT4看看，我们也可以将LIHC换成别的肿瘤哦：
5、任何一个基因对任何一种癌症生存分析
看TWIST1在LIHC肿瘤生存分析：
换成WNT4看看，我们也可以将LIHC换成别的肿瘤哦：
好了，以上就是万能代码，做肿瘤的同学非常需要的。现在分享给大家，如下即可下载：
“任意基因与任意肿瘤关系的万能代码”
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那这里面除了代码，其他的文件是怎么下载的呢？如下操作：
首先我们要从生物医学之家（swyxzj.com）进入，随后从UCSC Xena下载pancancer测序后（泛癌测序数据）的标准化基因表达矩阵（下载之后是tcga_RSEM_gene_tpm）和样本临床信息（下载之后是Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp），还要下载基因组注释文件（下载之后是Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz）。
前两者下载方式如下：
第三份基因组注释文件下载方式如下：
然后加上我们的万能代码就是这样啦：
“任意基因与任意肿瘤关系的万能代码”
如下下载
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辛苦整理，全文没有任何广告！
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