利用基因网络加速靶点发现，AI制药公司Engine完成4300万美元A轮融资

又一家AI制药公司获诸多资本支持。

美东时间5月27日，AI制药初创公司Engine Biosciences（简称 “Engine”）宣布完成了4300万美元A轮融资，本轮融资由Polaris Partners领投，新加坡风投 Invus等跟投，天使轮投资方通和毓承、药明康德、百度风投、巢生资本等继续支持。 

早在2018年，Engine获1000万美元种子轮融资，这成为当时东南亚地区有史以来规模最大的种子轮融资之一。

官方称，所筹资金将会用于扩展技术平台，增加肿瘤精准疗法管线以及推动现有管线进入临床阶段。

（来源：Engine 官网）

“Engine将生物学、AI技术和药物发现相结合，有望释放AI在药物发现领域更多的潜力，并治疗多种疾病”，Polaris Partners的执行合伙人Amy Schulman说，现在她已加入Engine的董事会中。

专家团队阵容豪华

2015 年，Jeffrey Lu与其兄弟卢冠达（Tim Lu）联合创办了Engine，并建立起一支由医疗、生物技术、数据科学等顶级专家组成的团队。

首席执行官Jeffrey Lu是一名连续创业者，曾创办抗纤维化疗法公司Enleofen Bio，后被勃林格殷格翰超10亿美元收购；同时他还拥有丰富的企业管理和投资经验，与妻子共同创办了生物技术投资机构Goodman Capital。

卢冠达担任Engine科学顾问委员会联合主席，主导开发了Engine平台的关键技术。卢冠达是MIT生物工程学和计算机科学副教授，在合成生物学、系统生物学、基因相互作用图谱以及计算科学领域造诣颇深。同时，他也有丰富的产业化转化经验，是Zymergen等多家合成生物学公司的联合创始人。

卢冠达的老师James Collins也是Engine科学顾问委员会联合主席，他是合成生物学的先驱人物、MIT医学工程学教授。

首席技术官Stephen Harrison拥有20多年药物研发经验，负责过多项从靶点识别到早期临床开发的药物开发项目。曾在聚合物共轭疗法头部公司Nektar Therapeutics担任生物学副总裁，负责全球肿瘤学和疼痛研究。

图 | Engine 团队成员，从左到右分别是 Jeffrey Lu、Tim Lu、James Collins（来源：Engine 官网）

多领域、多学科的顶级专家资源让Engine技术实力不容小觑，同时也获得了一众知名VC的青睐。

多学科交叉背景对于AI制药的重要性不言而喻。吸金无数的AI制药公司insitro创始人Daphne Koller曾经描述insitro的吸金能力，“人工智能加生物学背景对于投资者而言就像是‘天造地设的婚姻’。”

独特优势

Jeffrey Lu认为，Engine的独特性在于对基因相互作用的深入研究。

基因相互作用与疾病的发生和发展密切相关，Engine计划通过深入理解基因网络（gene networks）的生物学机制，并利用AI破解多种复杂疾病。

“疾病与靶点的关系就像一把密码锁，想要破解一种疾病的生物学密码，钥匙和锁需要相匹配。在破解疾病密码时，往往需要罗列所有潜在的组合，并进行分析选取。传统的方式需要一个一个试，会花费很长时间，我们的技术可以一次性测试所有的组合”，Jeffrey Lu说。

Engine破解疾病密码主要依靠两个平台：NetMAPPR和CombiGEM。

其计算和实验平台NetMAPPR可生成基因网络数据，对数百万至数十亿个基因相互作用进行分析和验证。

具体来说，NetMAPPR是一个基因间相互作用的搜索引擎，能够揭示与疾病相关的基因组和药物靶点之间的关系。该引擎可以在预测 - 测试 - 学习周期内运行，利用大量患者和疾病数据集分析数百万甚至数十亿基因组相互作用，预测分子的生物学特性。

另一个平台CombiGEM则类似于一个基因检测过程，可以检测成千上万的基因组，同时编辑病变细胞，通过实验验证基因或者基因组合与疾病如何发生作用，在这一过程中，可以产生大量的生物数据。

图 | 技术平台（来源：Engine 官网）

高质量的数据对于机器学习来说尤为关键。

Jeffrey Lu透露，他们通过CombiGEM积累了大量与基因组相互作用的数据集，这对于他们用来预测生物学过程的机器学习算法的成功至关重要。

Engine将这两大系统整合在一个平台中，形成了一个搜索、验证、数据生成整个闭环。首先可以测试成大量基因组如何编辑或改变影响，还可以受将这些实验输入到算法中，算法就能够预测这些变化与新药分子的关系。

Engine指出，这两大技术已经应用于药物重新定位即探索药物的新适应症、发现新靶点、基于基因组开发个性化疗法、通路分析等。目前，该技术已经完成了多种适应症以及细胞类型的概念验证。

随着技术平台的完善，Engine 达成了多项合作，合作伙伴包括多家领先的临床研究机构以及一家美国财富500强公司。

瞄准癌症和神经退行性疾病，2022年可能递交IND

Jeffrey Lu硕士毕业之时，祖父因患胰腺癌去世，这件事让他一直想将最新技术应用于医药健康领域。

Engine最初的适应症瞄准了肝癌、乳腺癌、卵巢癌、结肠直肠癌。

Jeffrey Lu向外媒透露，在过去三年中，他们一直在搭建专有的平台，并计划开发一系列小分子抑制剂，现在已经确定了两个癌症相关靶点。

第一个项目是与三种癌症相关的基因突变靶点，不过他对靶点细节守口如瓶。

拿到这笔钱后，Jeffrey Lu预计2022年可能会申报第一个靶点的IND，并在2023年进入临床试验。

第二个项目靶点与三阴性乳腺癌相关。三阴乳腺癌是一种高度侵袭性疾病，约占全球所有乳腺癌类型的15％-20%。目前，仅获批两种治疗方法，治疗手段有限。

Jeffrey Lu曾透露，尽管CombiGEM还处于验证阶段，但该平台不仅在癌症方面而且在神经退行性疾病方面也取得了进展，包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）以及老年痴呆症等疾病。

该公司在通稿中指出，在一些小鼠模型中，已观察到其发现的药物分子能够逆转神经退行性疾病进展。

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