Nature|小麦基因组测序又获新突破（小麦D基因组祖先序列）
iNature：Aegilops tauschii是六倍体小麦（Triticum aestivum，基因组AABBDD）D基因组的二倍体祖先，也是小麦重要的遗传资源。 Ae. tauschiiy由于基因组比较大以及高度的重复性，直到现在，才获得了其参考序列。在这里，Dvořák等人使用一系列先进技术，包括有序克隆基因组测序，全基因组鸟枪测序和BioNano光学基因组测序，产生了 Ae. tauschii ssp. strangulata AL8/78品系高质量的的基因组参考序列，这与小麦D基因组密切相关。测序结果表明，与其他测序的植物基因组相比，包括更大的针叶树基因组，Ae.tauschii基因组含有大量非常相似的重复序列。Dvořák等人的基因组结果也表明了 Ae. tauschiiy与其他测序基因组相比，其基因组有更多的分散复制型的基因，其染色体的结构演化速度比其他草本基因组要快上一个数量级。与其他草基因组共线性的衰减同沿染色体的重组率有关。Dvořák等人提出，大量非常相似的重复序列在重组中导致频繁的错误，并导致基因重复和结构染色体改变，从而推动快速基因组进化。
Abstract：
Aegilops tauschii is the diploid progenitor of the D genome of hexaploid wheat(Triticum aestivum, genomes AABBDD) and an important genetic resource for wheat. The large size and highly repetitive nature of the Ae. tauschii genome has until now precluded the development of a reference-quality genome sequence. Here we use an array of advanced technologies, including ordered-clone genome sequencing, whole-genome shotgun sequencing, and BioNano optical genome mapping, to generate a reference-quality genome sequence for Ae. tauschii ssp. strangulata accession AL8/78, which is closely related to the wheat D genome. We show that compared to other sequenced plant genomes, including a much larger conifer genome, the Ae. tauschii genome contains unprecedented amounts of very similar repeated sequences. Our genome comparisons reveal that the Ae. tauschii genome has a greater number of dispersed duplicated genes than other sequenced genomes and its chromosomes have been structurally evolving an order of magnitude faster than those of other grass genomes. The decay of colinearity with other grass genomes correlates with recombination rates along chromosomes. We propose that the vast amounts of very similar repeated sequences cause frequent errors in recombination and lead to gene duplications and structural chromosome changes that drive fast genome evolution.
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原文链接
https://www.nature.com/articles/nature24486
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