Scribe：DDA建库的新 “神器”；又一蛋白质组数据统计分析网站上线 | 2023年第二周
Scribe：DDA建库的新 “神器”01
Scribe是来自俄亥俄州立大学的Brian Searle新开发的软件，作为他EncyclopeDIA软件库的新成员之一，用于DIA搜索前的DDA建库。其基本思路是使用Prosit建立的预测库作为辅助去分析DDA，算法创新主要在创建了一个打分（Scribe score）来评估DDA谱和预测库的匹配度。
从结果上看，Scribe比现在大火的MSFragger在鉴定结果上有10-20%的提升，相较传统 Fasta database 搜库有更高的灵敏度和定量准确性。
Searle的软件一如既往地简洁易上手，笔者从下载到跑通只用了10分钟；而且Scribe内集成的各种文件格式转换小工具也十分方便各类用户习惯。不过文章中，Scribe目前只对来自Exploris 480的文件做过测试，关于PASEF等类型结果的表现尚待评估。
评论：梁潇
又一蛋白质组数据统计分析网站上线02
Olga Vitek，专注于生物信息学、蛋白质组学、质谱学，图源：olga-vitek-lab
Olga Vitek组（MASSIVE.quant开发者）最新JPR，将MSstats做成了Webserver: www.msstatsshiny.com，网站逻辑跟Guomics实验室开发的ProteomExpert（www.guomics.com/ProteomeExpert）有异曲同工之妙。
不过，该网站的 date upload 可以兼容更多的格式（PD, OpenMS, MaxQuant等）；且将TMT和PRM实验的数据分析流程也合并进去了，用户面更广。
Olga Vitek是美国东北大学的 Chair Professor，主攻计算机科学与生物信息学，其开发的MSstats系列软件在领域内名气不俗。
Kohler, Devon et al. “MSstatsShiny: A GUI for Versatile, Scalable, and Reproducible Statistical Analyses of Quantitative Proteomic Experiments.” Journal of proteome research, 10.1021/acs.jproteome.2c00603. 9 Jan. 2023, doi:10.1021/acs.jproteome.2c00603
评论：梁潇
基于质谱的磁珠加速多组学样本制备方法03
Joshua J. Coon 组最新发表的Anal. Chem，介绍了适用于多种样本类型的、基于质谱的 “磁珠加速多组学” 提取方法，实现从同一样本中快速地依次提取脂质组、代谢组和蛋白组，总制备时间仅需3h。
基本逻辑是采用双相有机系统（正丁醇/乙腈/水 = 3/1/1）分别提取样本中的脂质组与代谢组，再通过SP3附以 Rapid Trypsin （Promega）加速酶解（仅需40min）得到蛋白组。该脂质组和代谢组共提取方法虽然在鉴定量上没有优势，但能完美适配后续基于SP3的蛋白组快速制备，大幅降低了整体样本制备时间。
Ref：
Muehlbauer, Laura K et al. “Rapid Multi-Omics Sample Preparation for Mass Spectrometry.” Analytical chemistry, 10.1021/acs.analchem.2c02042. 2 Jan. 2023, doi:10.1021/acs.analchem.2c02042Guomics
Guomics团队主要从事蛋白质组学研究，开发优化高通量微量样品蛋白质组学分析技术，针对临床问题，联合机器学习分析蛋白质组大数据，探索疾病诊治的新方法，并探索未充分研究的蛋白质组。团队热忱欢迎各位有志于科研事业的才俊加盟！实验室网站：www.guomics.com