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(GEO芯片数据挖掘)基因ID一键批量转成基因Symbol,傻瓜式操作,附万能R代码!

点击关注 医学学霸帮 2022-05-15

星标

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GEO数据挖掘发纯生信的SCI论文很快,但是也会遇到问题,如我们下载这个黑色素瘤的数据集(GSE42872)表达矩阵的时候,它是这样的(没有基因名symbol):



今天我们就给大家分享一个:


“ID矩阵转Symbol矩阵万能R代码”


一键就可以变为这样:



注意,这是万能代码、万能代码,傻瓜式操作,并且免费发送给大家,如下即可获取:

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获取该代码后,下面跟我一起操作:


第一步、载ID矩阵文件



并解压成GSE42872_series_matrix.txt文件后用excel打开,并将里面的抬头和结尾删掉,完全的变为一个ID表达矩阵,并复制粘贴到一个新建的IDmatrix.txt文件中,如下图:



好了,ID矩阵准备好了。下面接着下载平台文件



我们发现每一个ID对应的基因Symbol在第10列的第二个斜杠内,并且有些ID对应好几个Symbol(处理原则是去除重复的探针ID,方法就是计算每一个探针的平均值,留下最大的那个)。



好了,ID矩阵文件有了,平台文件有了。现在:


第二步、跑代码:


首先默认安装R、Rstudio:



再打开Tidyverse(医学学霸帮).R,跑万能代码(全选后点击run):



OK,搞定:



后面这个矩阵我们用Limma包做差异分析也是分分钟了。好了,今天就讲到这里。此次资源已经打包好:



这是万能代码、万能代码,傻瓜式操作,并且免费发送给大家,如下即可获取:

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END

很多在读硕士,学校毕业的要求都要求发一篇中文核心的论文。那么北大中文核心有哪些杂志呢。


盼望着,盼望着,2021年《2020版北大核心期刊目录(第九版)》终于出版了!直接上图:



中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定,目前受到了学术界的广泛认同。从影响力来讲,其等级属同类划分中较权威的一种,是除南大核心、中国科学引文数据库(cscd)以外学术影响力最权威的一种。按照惯例,北大核心期刊每四年由北大图书馆评定一次,并出版《北大核心期刊目录要览》一书。《中文核心期刊要目总览》已于1992、1996、2000、2004、2008、2011、2014、2017和2020年出版过九版。但是第九版一直在预印,最近才刚刚发出来。


《2020版北大核心期刊目录(第九版)》


(共258本,部分截图)


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