手把手教你做GSEA分析（附万能代码）！

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今天小编要教大家：零基础实操鼠标点点点做基因的GSEA富集分析。

也就是给你一些上调和下调的基因，做GSEA分析就能知道上调的基因可能与哪些生物学过程相关，下调的基因可能与哪些生物学过程相关。

如果不能理解，就先看这一篇文献：

作者首先筛选了在胃癌肿瘤组织和正常组织差异表达的基因，然后用差异基因做GSEA富集分析，发现胃癌高表达的那些基因是跟G2M相关的（做完了这个GSEA分析，就等于一篇低分SCI的三分之一）。如下图：

同时GSEA分析结果还包括一个txt表格，里面会表明G2M过程包括了哪些基因，我们把自己感兴趣的那些基因拿出来研究就可以了。

好，现在开始操作，第一步、免费获取软件和代码（原价699元，现在免费）：

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免费获取基因GSEA富集分析的测试数据+代码：

这个gsea_input输入文件打开是这样的（你将自己的数据整理为两列即可使用下面的万能代码，第一列为基因名字，第二列为上下调值）：

第二步、安装软件：

第三步、GSEA富集分析。如下用R studio打开“GSEA（公众号：医学学霸帮）.R”文件，

选中下图红色框框里面的代码（万能代码），点击Run；或者一步一步的选中每一个段落的代码，每次都点击run就行（其实就是用了几个R包，如clusterProfiler包、enrichplot包和org.Hs.eg.db包等）。

运行完上面的代码之后文件夹里面会多了一个叫做“gsea_output.txt”的文件，我们用excel打开，如下：

就知道哪些生物学过程被富集到了。对于那些P小于0.05的，我们记下它的hsa号码，并将自己感兴趣的hsa号替代下图中箭头所指的，想画多少条就输入多少条，这里我输入10条（先把箭头的hsa号替换成你自己想画的hsa号，随后选中方框中的代码，最后点击Run）。

点击Run之后，我们就出图啦（顿时感觉高大上）：

这样，基因的GSEA富集分析就做完了，你只要gsea_input文件里面的基因换成自己的基因数据就可以跑出GSEA分析了，这是万能代码。免费发送给大家：

赶快试试吧。

"699元GSEA富集分析的输入数据和代码”

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