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你还在自己设计荧光定量PCR引物么…………

红皇后学术 红皇后学术 2022-06-07



在测定目的基因表达时,最关键的步骤就是Real-time PCR引物的设计和PCR方法的优化,通常情况下,目的基因的引物序列来自于两种方式:利用引物设计软件自己设计和查阅前人以发表文献,但是这两种方式均会消耗大量时间成本。


PrimerBank

PrimerBank是一个公开的实时定量PCR引物数据库,其包括306,800对引物,几乎覆盖人类和小鼠所有已知的基因PrimerBank数据库中的26,855对引物应用Real Time PCR+琼脂糖凝胶电泳+PCR产物测序进行了验证,其中准确率为82.6%


引物搜索

PrimerBank可以通过GenBank编号、NCBI蛋白编号、NCBI基因ID、基因名称、PrimerBank ID或者关键词进行搜索。

我应用“Gapdh”进行了搜索,得到下面的结果,页面中显示了目的基因的基本信息,以及对应引物的序列、Tm和产物长度



如使用PrimerBank获得了目的基因的引物,请在文章发表时引用其参考文献。

Xiaowei Wang, Athanasia Spandidos, Huajun Wang and Brian Seed: PrimerBank: a PCR primer database for quantitative gene expression analysis, 2012 update. Nucl. Acids Res. (2012) 40 (D1): D1144-9.

PrimerBank还提供了详细的PCR Protocol,感兴趣的小哥哥小姐姐可以扫描下方二维码,关注“红皇后学术”公众号,回复“PrimerBank”,即可获得PrimerBank的网址,以及由红皇后学术翻译的中文版PCR Protocol



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