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PAST:最简便易用的统计学分析软件教程(二十)----富集分析

红皇后学术 红皇后学术 2022-06-07

本系列教程基于windows版本的PAST 3.0软件进行。

软件下载地址:扫描下方二维码,提取码:i274。

下载后的软件无需安装,双击“Past3.exe”即可打开软件进行使用。


富集分析

当分析不同处理对基因/蛋白表达差异影响时,如果根据基因/蛋白对数据进行分类,那么只计算表达差异的基因在该基因/蛋白分类中的比例,从而得出一类基因/蛋白是否具有差异表达,结果是不准确的。

应该把所有测序属于的总体作为背景进行分析,这就是富集分析

进行富集分析的数据格式为2X2的表格,第一行分别为属于该分类的差异基因数目和该分类基因的总数,第二行为不属于该分类的差异基因数目和测得所有基因的总数,如下图:

选择数据后,点击Univariate按钮下的Contingency table标签进行富集分析。

在得到的结果用,使用Fisher's exact test对基因是否富集进行评估,如果p值小于0.05,则表明该类基因得到了富集


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