微生物研究投稿期刊选择指南（一）--微生物学顶级期刊
The ISME Journal
该杂志是Nature系列子刊之一，是微生物生物生态学的顶级期刊，内容涉及微生物生态学的各个领域。
期刊官方网址：http://www.nature.com/ismej/index.html
Impact Fcator：9.493
中科院分区：
大类：环境科学与生态学1区 (Top)
小类：生态学1区；微生物学1区
平均拒稿时间：9天
平均审稿周期：52天
其内容范围包括：
微生物群体与群落生态学
微生物种群和群落的多样性和结构有关的新理论进展
微生物生态学原理与宏观生态学原理的建模和比较
微生物种群的生物地理学
确定微生物种群分布和丰度的环境因素
病毒与环境的相互作用
病毒传播载体、流行病学和多样性
以个体和种群贡献为重点的微生物群落水平研究
微生物耐药性 (重金属、抗生素等) 的发展和选择
微生物间及微生物与宿主相互作用
微生物通讯和信号传递
植物与微生物的相互作用
新发疾病的威胁
共生与共营养关系
微生物对医学生物技术和微生物治疗的贡献
共生微生物生态 (肠道、口腔等)。
进化遗传学
与生态学有关的实验进化
微生物基因组进化和适应性
可水平转移基因的遗传学和进化
数学和进化遗传学领域的进展
基因组学及后基因组学方法在微生态中的应用
原位功能、基因调控与表达研究
基于宏基因组学方法研究微生物群落基因组
基于蛋白质组学和代谢组学的微生物生态学研究新方法
生物信息学的理论和实践进展
在单细胞水平研究微生物的新型组学方法
微生物工程
环境生物技术
微生物生物催化剂的发展及机理
生物修复与生物降解研究进展
生物染料技术相关微生物研究
微生物过程建模及其应用
生物地球化学
生物地球化学研究进展
微生物对地球化学循环的贡献
微生物与矿物质相互作用机制
自然环境中微生物及其功能的多样性
陆地和地下微生物生态学
水和沉积物微生物生态学
不同生态系统中系统发育与功能的关系
生物膜功能微生物生态学
空气微生物生态学
极端或异常环境中的微生物过程和相互作用
微生物生态系统影响
气候变化与微生物的关系
食物链、营养转移中微生物的作用
系统微生物学与系统生态学
投稿建议：
该杂志的内容涉及微生物生态学的各个方向，可以说只要是基于微生物群落的研究均可以投稿该杂志，但是由于该杂志为微生物生态学最顶级期刊，影响因子也很高，加之杂志接收文章数目很小，所以投稿难度巨大。
个人感觉该杂志首重研究的创新性，如果没有开创性的研究结果，就算研究的设计十分严谨、结果证据充足也很难被该杂志接收。
Nature Microbiology
期刊官方网址：https://www.nature.com/nmicrobiol/
Impact Factor：14.3
中科院分区：
大类：生物1区 (Top)
小类：微生物学1区
具体研究内容包括：
微生物的进化、生理及细胞生物学
微生物之间的相互作用与宿主和环境的相互作用
微生物研究的社会学意义
包含以下内容的微生物学研究均可投稿该期刊：
投稿建议：
该杂志同样为Nature系列子刊，是微生物学顶级期刊，投稿难度与ISME Journal相当。与ISME Journal不同，ISME要求研究的内容基于微生物种群或群落，而Nature Microbiology所包括的研究内容只要与微生物相关即可，除了微生物群落水平的研究，基于纯培养微生物的研究也可投稿Nature Microbiology。
Microbiome
期刊官方网址：http://microbiomejournal.biomedcentral.com/
Impact Factor：10.465
中科院分区：
大类：生物1区 (Top)
小类：微生物学1区
版面费： £1565.00/$2450.00/€1995.00
期刊涉及范围广泛，致力于解决微生物菌群存在的问题，诸如微生物检测、生物信息学、宏组学技术、菌群与宿主相互关系、微生态学等。
投稿建议：
从该杂志的名字就能看出来，该杂志是针对微生物组的专业性杂志，所以该杂志的文章基本上都是利用组学技术研究微生物群落的相关内容，个人觉得该杂志更加偏爱技术上的创新，如果文章的研究结论创新性不足，但是在组学技术及其相关的生物信息学分析的方面有所创新，投稿该杂志被接收的几率较大。