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这个蛋白在什么地方上班?
微生物研究中的一个重要问题就是确定微生物发挥特定功能的分子机制,而这其中功能蛋白质的识别和分析是十分重要的内容,当鉴定到一个关键的功能蛋白质后,我们通常会想知道它是在细胞质、细胞膜还是胞外行使其功能?
这需要确定目标蛋白质的亚细胞位置,接下来介绍的工具就能实现细菌中蛋白质亚细胞位置的预测,注意只能分析细菌蛋白质,其它物种请绕行!
psortb
psortb是一款根据细菌内蛋白质的氨基酸序列预测其亚细胞位置的在线分析工具。
打开网站之后会出现如下的界面,根据要求填写信息,之后复制或上传待分析的序列,点击submit即可,分析结果会发送到所填写的电子信箱中。
该工具单次分析数据要补超过50kb,同时最多能同时分析100条蛋白质序列。
psortdb
除了这个在线工具之外,该网站还建立了一个细菌蛋白质亚细胞位置数据库,名为psortdb,方便快速查找已知蛋白的亚细胞位置。
数据库打开后会进入如下界面:
在第一个文本框中输入想要查找的菌株名称,或者在第二个文本框的下拉列表中选择目的菌株,点击Find即可显示该菌株内蛋白质的亚细胞位置情况。
点击不同的亚细胞位置,即可显示位于该位置的蛋白质信息。
除了按照菌株进行查找之外,该数据库还提供搜索功能,点击search进入搜索页面。
填入想要搜索的信息,即可查找数据库中的结果。
对于每一个蛋白质,数据库中包含其宿主分类学信息、亚细胞位置及氨基酸序列信息。
点击“阅读原文”或公众号后台回复“psortb”获得该工具的地址!