综述｜Microbiome：I-VIP-整合子及其基因盒基因分析工具

论文信息

论文题目：Conserved phylogenetic distribution and limited antibiotic resistance of class 1 integrons revealed by assessing the bacterial genome and plasmid collection

期刊：Microbiome

IF：10.465

发表时间：2018

点击最下方“阅读原文”下载完整文献pdf文件。

整合子，特别是第一类整合子，在ARGs的传播中发挥重要作用，然而，其类型、含量、分布还并不清楚，同时并没有一个专门的分析工具用于从细菌基因组或宏基因组数据中挖掘整合子信息。

整合子数据库

最常用的整合子数据库是INTEGRALL，但是由于其建立时间较长、更新缓慢，因此其包含的信息并不完全。

为了准确的从细菌基因组或宏基因组数据中注释整合子，首先需要建立一个可信度高、完整性高的整合子数据库。

本文的作者通过整合NCBI细菌全基因组数据库 (WGD) 和nr数据库，建立了两个数据库，1个整合酶数据库包含3384个完整的非冗余整合酶，其中992个为intI1，另一个整合子数据库，包含2153个非冗余的完整整合子。

I-VIP

本文构建了一个名为I-VIP (Intergron Visualization and Identification Pipeline) 的分析工具，用于细菌基因组或宏基因组数据中第一类整合子的分类、注释和可视化。

该分析工具通过自身开发的算法和流程，可以从细菌基因组或宏基因组数据中识别第一类整合子，之后根据整合子的结构对其进行分类，进一步将整合子中包含的基因盒基因使用SARG和ComMet数据库进行抗生素和重金属抗性基因的注释。

该软件可以得到如下结果：

• 数据中第一类整合子及其宿主信息；

• 注释到整合子的基因结构；

• 注释到整合子及其宿主的系统发育地位；

• 整合子的类型及其丰度；

• 整合子中包含的抗生素和重金属抗性基因及其丰度。

点击文末的“阅读原文”获取I-VIP的文献原文，了解具体的数据库构建和软件分析算法流程。

公众号后台回复“I-VIP”获取该工具的下载地址。

---