TCGA-1.数据下载
大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~
就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~
这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！
我们断更了半个月，是度假去了，嘻嘻。。。12月14号去了深圳两天，回珠海呆了几天，就去了马来西亚团建一周。容我整理整理照片，发个游记。从马来回来第二天就动身来到了长沙，从热到开冷气的热带来到了穿羽绒服还哆嗦的地方，完成了2019全国巡讲最后一站的授课。个人感觉这次课是我讲的最好的一次，这次场地的话筒立体声，相当给力，感觉显著增强了我的气场（手动狗头）。学员们的反馈很积极，课堂互动、气氛、提问环节都非常热烈，好的课程离不开讲师和学员的配合，我讲的非常开心，他们也就能学的更好，希望明年走的更远，做的更好~
虽然大家都喜欢看故事，不喜欢看教程，虽然教程里面阅读量最低的就是系列教程。。。但我还是要开始写一个新的系列。。。。就是我的
TCGA学习记录，跟着生信技能树B站课程学习，已获得授权（嗯，真的^_^）。课程链接：https://www.bilibili.com/video/av49363776
1.从数据库下载manifest文件
数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/
在Repository勾选自己需要的case和文件类型
（1）选case
（2）选文件类型
需要下载三个文件，分别存放了miRNA、isoform和clinical信息
mirnaisoform临床数据
clinical，选xml格式
选中后都是点击右边的Manifest即可下载。下载得到的文件要改名，不然命名都一样容易乱。三个文件设置的名称如下：gdc_manifest.2019-12-30-isoform.txtgdc_manifest.2019-12-30-miRNA.txtgdc_manifest.2019-12-30.txt
3.了解数据
统计下载的三个文件的行数，也就是各自的样本数量+1（+1是因为有一行是行名）。
4.学习下载工具
https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
使用官网提供的工具gdc-client ，下载自己电脑对应的版本，存放于工作目录下并解压好。
查看帮助文档
./gdc-client --help
# commands:
# {download,upload,settings}
# for more information, specify -h after a command
# download download data from the GDC
# upload upload data to the GDC
# settings display default settings
会看到该软件有三个子命令，我们需要的是download。
查看download的帮助文档：
./gdc-client download --help
#-d DIR, --dir DIR Directory to download files to. Defaults to current
# directory
#-m MANIFEST, --manifest MANIFEST
# GDC download manifest file
可以找到两个有用的参数：-d和-m。（其他参数被我省略掉了）
5.下载走起
所以下载命令是:
mkdir clinical
mkdir mirna
mkdir isoform
./gdc-client download -m gdc_manifest.2019-12-30.txt -d clinical
./gdc-client download -m gdc_manifest.2019-12-30-miRNA.txt -d mirna
./gdc-client download -m gdc_manifest.2019-12-30-isoform.txt -d isoform
网络很垃圾。但还是可以成功的。几百个文件搞定。
关于xml我还搜到了两个东东，一并记录下来。一个是哈德雷大神写的包xml2：https://blog.rstudio.com/2015/04/21/xml2/
一个是R包TCGAbiolinks，可以处理tcga中下载的xml文件，从中获取信息。关于此文件的后续探索，且看下回分解。
插个小广告！
再给生信技能树打个call！