科学抗癌第四步，如何解读一份基因检测报告
作者：包大包
基于精准治疗和靶向药的日益迭新，基因检测密切伴随着抗肿瘤过程。“对靶用药”也显得尤其重要。大部分战友在收到一份基因检测报告时，有欣喜也有迷茫，临床数据、真实世界的用药经验、药物的可及性等，与我们都存在一定距离。
今天，包大包带您继续科学抗癌第四步，读懂一份基因检测报告。
01
基因变异的类型有哪些？
每个肿瘤基因组中可能存在数百至数千个体细胞突变，其中许多是相对个体化的变异。常见的基因变异主要包括单核苷酸变异（single⁃nucleotide variant，SNV/single⁃nucleotide polymorphism，SNP）、短片段插入/缺失突变（Indel）、重排（融合）、拷贝数变异（copy number variation，CNV）及其他复杂突变等。
目前常见的几大肺癌驱动基因变异有：
EGFR基因、ALK基因、BRAF基因、RET基因、MET基因、NTRK基因、KRAS基因、ROS1基因。除明确驱动之外还有海量的意义暂时未明基因，这里不赘述，放在下文中的案例分析中再展开。
二代测序(NGS)是最近几年临床肿瘤学进展中检测技术中进步最快、应用最为广泛的一种，这个技术的出现可以一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定 , 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能 , 又被称为深度测序。
从最初集中在单癌种小panel，到选择300到500多个基因的大panel，实现一份样本，一个检测周期，同时检测多个基因，结果判读自动化，为临床医生提供了越来越多信息的同时也为患者提供了更多的治疗机会。
由于二代测序对检测样本的指定性不强且操作便捷、快速，是目前最普及、适用面最广的基因检测方式。下文的内容就围绕如何解读一份NGS的基因检测报告展开。
02
如何看基因检测报告？
1、基本信息
拿到一份基因检测报告，首先需要了解基本信息，基本信息包括：诊断信息、样本类型、取样部位、取样手段、用药史等。
诊断信息明确了癌种，如肺癌、乳腺癌等，这对后续的药物敏感性分析起着重要作用，比如肺癌肝转移和肝癌肺转移，由于原发病灶不同，在治疗方案上也不同，治疗方案都以原发病灶为准。
样本类型指的是从什么部位取的样本，有助于评估阳性突变的价值及可能的遗漏。常有家属反馈，想做基因检测，但是肺部情况不太好，穿刺有风险；想用血液做，又怕不准确，其实基因检测的样本有许多可选项，包括新鲜穿刺的组织、手术的样本，也可以是血液、胸水、腹水、脑脊液等体液样本，只要含有一定比例的肿瘤DNA，就可以作为基因检测的样本。每种样本都有它的优势和劣势，两者互补也可以使临床上增添更多的选择。
用药史需要明确患者既往用过什么方案，有助于辨别本次结果是否可以有效指导后续治疗。比如患者初确诊时做过基因检测为EGFR21 L858R，一线使用特罗凯，进展后再次基因检测，还是EGFR21 L858R，虽然药物敏感性里还是推荐特罗凯，但对于这位患者来说，无法作为有效指导。
2、丰度
很多新病友会面临一个问题，基因检测测出了突变，但又懊恼丰度太低，因而纠结丰度的高低影响用药有效时间。
丰度的高低与样本、检测方式、质控等等都相关，大部分晚期患者通过气管镜或者穿刺取材，如果病灶组织很大，有的病灶可能是组织外面有包块，有的可能是组织炎性肉芽混合别的成分，取不到、测不出也是不少见的状况。
多线治疗的患者由于穿刺存在困难或肿瘤异质性明显，多用胸水或者血液标本。体液样本对CNV的检测敏感性明显低于突变、重排等变异形式，而或因肿瘤负荷低、导致基线ctDNA含量差异，常出现不同类型样本之间的丰度差异很大，血液等体液的丰度低于组织丰度、甚至血液假阴性的情况。
对于已经接受治疗出现进展的患者，有条件的情况下，哪里进展取哪里样本，比如淋巴结进展优先选取淋巴结病灶组织、胸水进展优先选择胸水送检。
丰度低不代表疗效不好，没有必要在意丰度的高低，而应将丰度变化作为动态监控，通过变化趋势预测当前的治疗效果。
3、基因变异级别
基因变异按照其临床意义的重要性分为四个等级：
Ⅰ类变异，具有 A 或B 级证据；
Ⅱ类变异，具有C 或D 级证据；
Ⅲ类变异，临床意义不明；
Ⅳ类变异，已知无临床意义。
对于多基因变异、特别是多个潜在驱动变异共存的情况，要结合肿瘤类型、既往治疗史、相对突变丰度、既往分子检测结果等信息综合判读，以推测不同变异之间的逻辑关系（原发性VS获得性、主克隆vs亚克隆、敏感克隆vs耐药克隆），指导后续治疗。
常有患者纠结于每一个出现的突变，比如EGFR扩增、TP53、PTEN、BRACPIK3CA、STK11等（肺癌），千方百计寻找可能有效的药物，为此付诸大量时间和金钱，在有明确主驱动的情况下，这些意义暂时不明的突变不值得我们“捡芝麻丢西瓜”。
4、药物敏感级别
体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级：
A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；业届指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子；
B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；
C 级，其他癌种中的A 级证据（跨适应证用药，即其他癌种用药）、或已作为临床试验的入组标准；多项小型研究支持其诊断/预后价值；
D 级，临床病例报道或临床前证据支持，小型研究或个案报道提示其辅助诊断/预后价值（独立或联合其他标志物）。
5、肿瘤负荷突变
肿瘤突变负荷（tumor mutation burden，TMB）即肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度（突变数/Mb），是肿瘤新抗原负荷的替代指标，简单理解为患者肿瘤组织中具有多少个基因变异，突变的基因越多，越有可能产生更多异常的蛋白，越有可能被免疫系统识破。
目前基于 NGS 大panel检测的TMB 已可达到与WES （全外显子组测序）的高度相关并在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。目前，对组织 TMB 检测有几点共识：
①编码区覆盖大于 1 Mb（大概相当于 300 个以上基因的全外显子区域）；
②基于经过验证的可靠生物信息分析算法。对 TMB 的准确评估（无论基于组织或血浆cfDNA 样本）建立在样本满足一定肿瘤占比的基础上，肿瘤占比过低将导致 TMB 的严重低估。
当我们看到 TMB 数值时，如果所选择的 panel太小，是无法准确测算TMB 的，除此之外还需要通过TMB 绝对值以及该数值在已检测的肿瘤样本中的相对排序等，综合评估 TMB 水平及其可信度。
理论上TMB水平低，可能预示靶向效果相对较好，TMB水平高，可能预示免疫治疗获益相对高。
6、微卫星不稳定性
微 卫 星 不 稳 定 性（microsatellite instability， MSI））检测对于多种实体瘤患者具有重要临床意义，多个研究表明，dMMR/MSI-H患者能够从免疫检查点抑制剂中获益，且不限癌种。因而MSI 成为了所有实体瘤中免疫治疗疗效的预测因子之一。
7、质量控制
拿到一份基因检测报告，相信绝大多数人只看是否检测出了明确突变，而更多详细信息会以附录形式出现在报告主体内容后，容易被忽略。
一份报告的结果是否真实可信，依赖于这些看似不起眼的“ 附加信息”，包括检测方法、检测内容、质控参数 、局限性说明等，碰到过好几个患者曾经是野生型突变，换了不同公司检测出了热点突变，也碰到同一份组织不同机构给出的检测结果完全不同的情况，浪费了金钱不说，还耽误了争分夺秒的生存时间。
说了这么多，来看看我们应该如何应用吧。
03
案例分析
案例一
男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？
分析：有理由直接更换，但基于主病灶稳定、少量胸水可控的情况下，众所周知治疗方案有限，用一种就少一种。在可控范围内，即体感未出现明显恶化、病灶未出现明显进展，一个方案可以选择继续使用直至明显进展也是一种思路。每个方案多使用一点时间，累积起来生存期又多了一段时间，很多一个药物使用两三年甚至四五年的患者，并不是一出现进展就选择换方案，通常会选择观察一下、再观察看看。一个月、两个月地攒，一不留神就多了一年。
该患者继续了一个半月凯美纳方案，主病灶变实，随即更换为奥希替尼。
案例二
男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？
根据基因检测提示，EGFR t790m消失，EGFR 19DEL还在，MET扩增消失，提示克唑替尼/卡马替尼（inc280）等一型MET抑制剂已经耐药，需要更换二型MET抑制剂如卡博替尼/梅沙替尼。根据基因检测提示，需要将奥希替尼更换为先前使用过的易瑞沙联合卡博替尼或者梅沙替尼吗？
分析：有理由更换，但是不建议。
首先长期使用三代药物且出现了脑部新发转移情况，降维回到一代药物，容易使脑部失控，风险太高，而奥希替尼对EGFR 19DEL也属于A级推荐，应当继续使用；其次，基于卡博替尼高剂量的副作用、且克唑替尼作为MET 1A型抑制剂，卡马替尼1B型抑制剂，存在可以使用卡马替尼的可能，遂采用奥希替尼120mg联合卡马替尼300mg bid，一个月后脑部病灶消失，目前持续稳定5个月时间。
案例三
女性，初确诊为肺腺癌伴神经内分泌表达，
一线培美曲塞+卡铂三化后肝转移；
二线长春瑞滨+卡铂，同时行肝部消融；
基因检测ARL5B-RET融合，三线卡博替尼；
四线安罗替尼+K药；
五线白蛋白紫杉醇+K药；
六线凡德他尼；
七线LOXO292八个月耐药后，重新基因检测：
分析：根据基因检测结果，有明确驱动基因的有BRAF V600E、ALK融合、ROS融合、NTRK1融合、KRAS G12V、RET融合，出现多种多驱动基因共存的情况是多线治疗后较为罕见的情况，如果针对所有突变都采用靶向药覆盖，将会面临不可想象的副作用和经济负担，此时应该首选化疗。另需要提示，随着多线治疗和药物使用的叠加，出现的突变会越来越庞杂，在可能的情况下，尽量选择针对性靶点用药和简单用药。
案例四
男性，腺癌，前情治疗史不详，基因检测为MET14SKIPPING、EGFR扩增、MET扩增、EGFR V774M，是否需要EGFR抑制剂联合CMET抑制剂？
分析：EGFR V774M点位属于EGFR20号外显子罕见错义突变，用药数据并不成熟，暂时可以不将它纳为主要驱动基因。相比之下，MET14和MET扩增都属于明确的强力驱动基因，且进展较快、侵袭性较强，应当首选单药MET抑制剂，后续再考虑EGFR的问题。该患者后续行克唑替尼单药，获得良好的疗效。
案例五
女性，腺癌，基因检测为EGFR 19DEL，一线易瑞沙；
二线培美曲塞+顺铂；
三线无t790m突变，奥希替尼+安罗；
四线盲试奥希替尼+卡博替尼；
五线盲试奥希替尼+INC280，期间主病灶稳定，体感不佳，同时伴随肺栓塞、中度肝损、乙肝、电解质紊乱、二级骨髓抑制，重新基因检测：
分析：该患者的基因检测中，出现了几个明确驱动基因突变，包括原先的EGFR19号外显子缺失，新增的BRAF V600E、NRAS Q61K，MET D1228N，按照提示，BRAF V600E对应达拉非尼+曲美替尼，NRAS Q61K有尝试比美替尼+哌博西利，MET D1228N对应卡博替尼/梅沙替尼，如果全覆盖的话，不堪重负。面对这种情况，需要抓主要矛盾，驱动基因也存在“善良”与“霸道”之分。结合患者的既往用药史、基础身体状况及肺内控制情况，重新挑战培美或者考虑白蛋白紫杉醇周化相对来说是常规方案，如果继续靶向方案，可以采用奥希替尼联合卡马替尼加量的形式维稳，调理好基础疾病后再化疗。
以上仅供交流参考，不做用药指导，请遵照医嘱！
03
Q&A时间
问
肺鳞癌需要基因检测吗？
以往肺鳞癌患者不推荐基因检测，但近几年，肺鳞癌患者的基因检测也成为了可选项之一。虽然肺鳞癌的突变概率相对较低，但是也存在着热点基因突变的可能，有使用靶向药的机会。鳞癌检测出突变，并不是万里挑一的小概率事件，远比既往认知中高。
以下都是肺鳞癌患者检测出基因突变并使用靶向药的情况：
因肿瘤存在异质性，晚期肺鳞癌患者的诊断基本都是通过气管镜、肺穿刺等获取的小标本，组织较少，并不能完全反映整体肿瘤组织的状态，常出现腺鳞混合的情况；鳞癌患者，大多会被推荐一线免疫治疗，虽然不需要测免疫表达可以直接上，但如果存在敏感突变或免疫超进展相关性的基因突变如mdm2/4 、fgfr、stk11等，也会存在一定风险。因此，经济状况尚且的患者，可以考虑基因检测，接受更精准化的治疗。
做一份检测，搏一份可能。
问
早期肺腺癌患者术后需要基因检测吗？
目前相关驱动基因主要还是发生在腺癌中,在个体化治疗的情况下，特别是晚期肺腺癌病人，妥妥地需要做基因检测，这在患者和医生中达成了难得的共识。
对于根治手术后是否需要做基因检测，可以参考目前术后辅助靶向治疗的研究情况，比如ADAURA研究中，相比于安慰剂，IB-IIIA期的患者通过术后奥希替尼辅助治疗将2年内死亡和复发风险降低了79%；EVIDENCE研究证明，对II-IIIA期EGFR敏感突变术后患者，埃克替尼辅助靶向治疗相较辅助化疗组，DFS增加一倍之多，达到46.9个月。由于其他突变的术后靶向辅助数据暂不成熟，上述分期的患者，经济条件允许的情况下可以考虑做基因检测。
问
每次耐药都要做基因检测吗？可以盲试吗？
使用靶向药的期间，不可避免会出现耐药的情况，以奥希替尼一线使用、二线使用的耐药机制举例，一线奥希替尼耐药后，有7%-15%的患者会出现MET扩增，7%会出现PIK3CA、3%出现BRAF，更有40%-50%是意义未明的耐药机制；二线使用奥希替尼耐药后，有5%-50%的患者会出现MET扩增，2%-10%出现BRAF，30%-40%是意义未明的耐药机制。耐药的可能性太多，也许是靶内突变，也许是旁路激活，此时如果盲试靶向药，且患者进展快速、体感较差，所需的试错成本太高。
我们可以简单算一笔账：从经济层面来说，做一次常见突变的基因检测大致花费五至六千元不等，更大的panel价格则更高昂，等待周期为7-10天，如果盲试，一般选择概率最高的靶点联合尝试。随着医保政策的完善，过去昂贵的靶向药物纷纷纳入医保，如果没有基因检测，这些药物无法从医院开出处方、更别提医保报销了，即使是自费购买药物，试药的经济成本也要花费大几千元。
假如盲试没蒙对，患者需要承受药物的副作用加上浪费时间导致病情进展的风险；要是蒙对了，病情确实得到了控制，但用的是多靶点的抗血管药物（如XL184、安罗、阿帕等），不知道中了哪个靶点，再下一次进展时又会面临此时纠结的状况，是继续盲还是做基因检测？
基因检测并非每次都能准确的反应体内复杂的基因情况，但起码给我们多了一份可参考的方向。因此建议在耐药时再次基因检测以明确耐药原因、提供参考，尽量不选择盲试。
问
基因检测什么也没测出来怎么办？
有些患者盼了十天基因检测结果，却等来一份全阴性报告，面对这个情况应当如何处理？
首先，送检的样本是组织还是血液或者其他？请找专业医生或检测人员，结合样本指控信息及患者治疗师，综合判断样本中是否含有足够的肿瘤成分，DNA总提取量和/或肿瘤占比是否可能低于NGS的最低检测限；其次，选择的NGS panel是否与患者的肿瘤类型相匹配，是否能改覆盖常见变异类型。
基于上述两点判断是存在假阴性还是未知状态。比如一份全阴的血液报告，涵盖了上百基因的热点区域，患者为女性腺癌，此时的全阴，很可能是由于肿瘤负荷低或正在接受有效的抗肿瘤治疗，导致释放入血液的ctDNA含量极低，未达到检测平台的最低检测限。
参考文献
《二代测序临床报告解读指引》
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