第三方支付机构，属于非银行金融机构，由人民银行批准并发放《支付业务许可证》。第三方支付机构提供的支付服务是指在收付款人之间作为中介机构提供的下列部分或全部货币资金转移服务：网络支付、预付卡的发行与受理、银行卡收单以及中国人民银行确定的其他支付服务。第三方支付业务的结构模式如下：
说明：
1.用户开设第三方支付账号，并按需划入资金。第三方支付机构向用户充分揭示网络支付的风险并维护用户权益。
2.第三方支付机构与各银行签订《结算服务协议》或《信息技术服务协议》等合作协议，根据客户指令，通过其在各银行的账号将款项划付至另一方用户。通过第三方支付机构，用户之间可便捷、迅速、低成本的进行各类款项的支付与退付。
3.由于第三方支付机构自身业务范围有限，不可能与所有银行均签订合作协议。对于未签约银行，第三方支付机构一般会与银联或其他第三方支付机构签订合作协议（渠道共享），力求支付渠道的全覆盖。
（一）结算业务
结算业务一般是第三方支付公司的主要收入来源，即用户通过第三方支付机构进行资金划付时，第三方支付机构收取的手续费，或称服务费。起初，支付宝在内的第三方支付平台均对个人（2C）业务免征手续费，仅对企业（2B）收费，且收费率极低，凭借巨量的资金结算金额产生盈利。目前，以微信为代表的第三方支付公司已陆续开始对个人业务收取手续费。
结算业务的成本支出主要包括以下几方面：
1.支付给银行的结算手续费、信息技术服务费。因第三方支付机构最终依托各银行进行资金划付，因此在资金结算时，需支付银行相应的服务费。
2.人力资源费。人力成本是第三方支付机构的主要成本，因利润来自于市场占有份额，因此，需不断的进行各个系统、渠道、模式的开拓。
3.设备费。对于线下业务，一般会安装POS机等终端设备，由于第三方支付机构布点千万家商户，设备的投入资金很大。
税务处理：
对于结算业务收入，根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）文规定，应按照“直接收费金融服务”缴纳增值税，适用税率6%。直接收费金融服务，是指为货币资金融通及其他金融业务提供相关服务并且收取费用的业务活动。包括提供货币兑换、账户管理、电子银行、信用卡、信用证、财务担保、资产管理、信托管理、基金管理、金融交易场所（平台）管理、资金结算、资金清算、金融支付等服务。
（二）备付金利息收入
用户账户中尚未转出的沉淀资金又称为备付金，该部分资金不属于支付机构的自有财产，第三方支付机构应在商业银行开立备付金专用存款账户并存放，商业银行则应支付法定孳生利息，同时对存放在本机构的客户备付金的使用情况进行监督，按规定向备付金存管银行所在地中国人民银行分支机构及备付金存管银行的法人机构报送客户备付金的存管或使用情况等信息资料。
税务处理：
关于存放在专用账户的备付金产生的利息收入涉及的增值税问题，第三方支付机构并非备付金所有权人，实务中，银行向个人账户支付利息，第三方支付再从个人账户扣收服务费。其中，银行支付给个人的利息，属于存款利息收入免征增值税和个人所得税；第三方支付从个人账户中扣收的服务费，作为结算服务收入收取的价外费用，应按照“直接收费金融服务”缴纳增值税。
（三）市场推广支出
为了培育用户消费习惯，第三方支付机构经常与商户合作，约定消费者使用第三方支付平台支付的，可享受一定折扣，折扣金额由第三方支付机构向商户补足。
税务处理：
对于商户而言，应仅就向消费者收取的金额缴纳增值税，商户向第三方支付收取的金额应理解为商户为第三方支付提供的市场推广服务而取得的收入，由商户应向第三方支付开具市场推广费增值税专用发票，并缴纳增值税。
对个人而言，根据《财政部、国家税务总局关于企业促销展业赠送礼品有关个人所得税问题的通知》（财税[2011]50号）规定，对企业通过价格折扣、折让方式向个人消费商品（产品）和提供服务取得的价格折扣或折让不征收个人所得税。
（四）衍生业务
1.代理业务
随着互联网金融创新，第三方支付平台已发展成为金融理财产品的线上销售渠道，如支付宝平台的余额宝产品。
税务处理：
对第三方支付机构收取的销售理财产品代理收入应按照“经纪代理”服务缴纳增值税，适用税率6%。
2.保理业务
第三方支付机构或其股东通过商业保理公司为电商平台买家提供分期付款服务，并由第三方支付公司负责结算账款。业务流程为：买卖双方签订《买卖合同》后，保理公司为有资金需求的买方向销售方代付货款，然后卖方向买方发货，买方按照约定的期限向保理公司还本付息。保理公司和买方通过第三方支付机构进行款项收付。业务流程图示：
税务处理：
参照《国家税务总局关于营业税改征增值税试点期间有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2015年第90号）第四条“提供有形动产融资租赁服务的纳税人，以保理方式将融资租赁合同项下未到期应收租金的债权转让给银行等金融机构，不改变其与承租方之间的融资租赁关系，应继续按照现行规定缴纳增值税，并向承租方开具发票”之规定，卖方销售商品或服务，由卖方缴纳增值税，保理公司提供的金融服务，其回收资金与垫付资金的差额应按“贷款服务”缴纳增值税。
第三方支付机构就取得的资金结算收入应按照“直接收费金融服务”缴纳增值税。