文献速递|12月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，12月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？
本期小编一共为大家统计了106篇12月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有44篇！
影响因子15.0以上的文章
小编对部分单细胞测序文章进行了导读，希望给大家带来单细胞研究的新思路。
1
肿瘤研究领域
An NK-like CAR T cell transition in CAR T cell dysfunction※
期刊：Cell
Dynamic prostate cancer transcriptome analysis delineates the trajectory to disease progression
期刊：Nature Communications
Microenvironment drives cell state, plasticity, and drug response in pancreatic cancer※
期刊：Cell
Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells※
期刊：Science
Differential pre-malignant programs and microenvironment chart distinct paths to malignancy in human colorectal polyps※
期刊：Cell
文章标题：
An NK-like CAR T cell transition in CAR T cell dysfunction
发表期刊：Celll
影响因子：39
DOI: 10.1016/j.cell.2021.11.016
发表时间：2021.12
摘要：嵌合抗原受体(CAR) T细胞疗法在血液系统恶性肿瘤中取得了显著的成功，但在实体瘤中仍然没有效果，有一部分原因是实体瘤微环境中的CAR T细胞衰竭。为了研究胰腺癌中间皮素重定向CAR T细胞的功能障碍，本文建立了一个强大的连续抗原暴露模型，该模型概括了T细胞衰竭的标志性特征，并发现无论是在体外还是在CAR T细胞患者中，CAR失调与CD8+T细胞向NK样T细胞转变有关。此外，研究确定了CAR和TCR失调和转录因子的基因特征，包括SOX4和ID3作为CAR T细胞衰竭的关键调节因子。本研究结果阐明了人类CAR T细胞的可塑性，并证明ID3和SOX4表达的基因下调可以通过预防或延迟CAR T细胞功能障碍来提高实体瘤中CAR T细胞治疗的疗效。
2
疾病研究领域
Distinct roles of KLF4 in mesenchymal cell subtypes during lung fibrogenesis※
期刊：Nature Communications
Inflammatory molecular endotypes of nasal polyps derived from Caucasian and Japanese populations.※
期刊：Journal of Allergy and Clinical Immunology. Journal of Allergy and Clinical Immunology
Immunosuppression and outcomes in adult patients with de novo acute myeloid leukemia with normal karyotypes※
期刊：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Allosteric inhibition of SHP2 uncovers aberrant TLR7 trafficking in aggravating psoriasis
期刊：Embo Molecular Medicine
Alzheimer’s disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis※
期刊：
Nature Aging
文章标题：
Alzheimer’s disease modification mediated by bone marrow-derived macrophages via a TREM2-independent pathway in mouse model of amyloidosis
发表期刊：Nature Aging
影响因子：29
DOI: 10.1038/s43587-021-00149-w
发表时间：2021.12
摘要：小胶质细胞和单核细胞来源的巨噬细胞(MDM)是处理阿尔茨海默症的关键角色。在淀粉样病变小鼠模型中，发现小胶质细胞的激活依赖于TREM2。本文使用Trem2−/−5xFAD小鼠，评估MDM是否通过依赖于TREM2的途径起作用。研究采用了一种针对程序性细胞死亡配体-1(PD-L1)免疫检查点的治疗方案，之前的研究表明，MDM参与可以改变阿尔茨海默症。在Trem2−/−5xFAD小鼠中阻断PD-L1可导致认知能力的改善和水溶性淀粉样蛋白β-42水平的降低，但对淀粉样斑块负担没有影响。单细胞RNA测序显示，来自Trem2−/−和Trem2+/+5xFAD小鼠大脑的MDM表达一组独特的编码清除器受体的基因(例如，Mrc1, Msr1)。在Trem2−/−5xFAD小鼠中，使用抗CCR2抗体阻断单核细胞转运完全消除了抗PD-L1治疗诱导的认知改善。在Trem2+/+5xFAD小鼠中，情况类似，但程度较轻。研究结果强调了MDM在淀粉样变性小鼠模型中的独立于TREM2的疾病修饰活性。
3
COVID-19研究领域
Single-cell immunology of SARS-CoV-2 infection
期刊：Nature Biotechnology
A single-cell transcriptomic landscape of the lungs of patients with COVID-19※
期刊：Nature Cell Biology
Azvudine is a thymus-homing anti-SARS-CoV-2 drug effective in treating COVID-19 patients※
期刊：Signal Transduction And Targeted Therapy
BNT162b2 vaccine induces divergent B cell responses to SARS-CoV-2 S1 and S2
期刊：NATURE IMMUNOLOGY
SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids※
期刊：Cell Stem Cell
文章标题：
A single-cell transcriptomic landscape of the lungs of patients with COVID-19
发表期刊：Nature Cell Biology
影响因子：20
DOI: 10.1038/s41556-021-00796-6
发表时间：2021.12
摘要：肺是严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)的主要目标器官，呼吸衰竭是2019冠状病毒病(COVID-19)相关的主要死亡原因。但是对SARS-CoV-2感染如何驱动肺部病理的细胞和分子理解有限。本文构建了COVID-19患者肺部的多组学和单核转录组图谱，整合了组织学、转录组和蛋白质组学分析。本研究揭示了SARS-CoV-2在不同肺部和浸润性免疫细胞群中感染相关病理特征的分子基础。研究表明超炎症、肺泡上皮细胞衰竭、血管改变和纤维化的分子指纹，并确定肺实质衰老为COVID-19病理的分子状态。本文的数据表明FOXO3A抑制的是COVID-19肺纤维化相关的成纤维细胞向肌成纤维细胞转变的潜在机制。本文描绘了COVID-19患者肺部的全面细胞和分子图谱，并为SARS-CoV-2相关的肺损伤提供了见解，促进了生物标志物的识别和相关治疗的发展。
4
器官图谱研究领域
Mapping the temporal and spatial dynamics of the human endometrium in vivo and in vitro※
期刊：NATURE GENETICS
Gut microbiota modulates weight gain in mice after discontinued smoke exposure
期刊：Nature
Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development※
期刊：Science
Deciphering the spatial-temporal transcriptional landscape of human hypothalamus development※
期刊：Cell Stem Cell
Injury-induced ASCL1 expression orchestrates a transitory cell state required for repair of the neonatal cerebellum※
期刊：Science Advances
文章标题：
Deciphering the spatial-temporal transcriptional landscape of human hypothalamus development
发表期刊：Cell Stem Cell
影响因子：21
DOI: 10.1016/j.stem.2021.11.009
发表时间：2021.12
摘要：下丘脑包括各种核和神经元亚群，控制基本的稳态和行为。然而，人类下丘脑发育的时空分子特征在很大程度上尚未探索。本研究揭示了人类下丘脑发育的时空转录组谱和细胞类型特征，并阐明了神经祖细胞的分子多样性和细胞命运的决定，是由转录因子组合编程的。不同的神经元和神经胶质命运是顺序产生和显示空间发育异步。此外，与小鼠相比，人类的下丘脑发生在妊娠早期，并表现出独特的转录谱。值得注意的是，人类早期少突胶质细胞表现出不同的基因模式，并与神经元细胞相互作用，通过Wnt、Hippo和整合素信号调节神经元成熟。总之，本研究提供了一个全面的人类下丘脑发育在早期和中期胚胎阶段的分子景观，并为理解其空间和功能复杂性奠定了基础。
5
其他研究领域
Adult mouse and human organoids derived from thyroid follicular cells and modeling of Graves' hyperthyroidism
期刊：Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America
Early Tumor-Immune Microenvironmental Remodeling and Response to Frontline Fluoropyrimidine and Platinum Chemotherapy in Advanced Gastric Cancer※
期刊：Cancer Discovery
Transition to NK-Like T Cells Is a Mechanism Behind CAR T-cell Exhaustion
期刊：Cancer Discovery
Targeting metabotropic glutamate receptor 4 for cancer immunotherapy※
期刊：Science Advances
Intrapleural nano-immunotherapy promotes innate and adaptive immune responses to enhance anti-PD-L1 therapy for malignant pleural effusion※
期刊：nature nanotechnology
文章标题：
Intrapleural nano-immunotherapy promotes innate and adaptive immune responses to enhance anti-PD-L1 therapy for malignant pleural effusion
发表期刊：Nature Nanotechnology
影响因子：39
DOI: 10.1038/s41565-021-01032-w
发表时间：2021.12
摘要：恶性胸腔积液(MPE)是终末期恶性肿瘤的标志。通常，两种截然不同的肿瘤微环境，即胸腔积液和弥散性胸膜肿瘤，在胸膜腔中共存，给治疗干预和药物输送带来了重大挑战。临床证据表明，MPE含有丰富的肿瘤相关髓系细胞，具有肿瘤促进表型，降低抗肿瘤免疫功能。在这里，本文开发了一种负载循环二核苷酸(LNP-CDN)的脂质体纳米颗粒，用于靶向激活巨噬细胞和树突状细胞中干扰素基因信号通路的刺激因子，而且研究表明，在胸膜内给药时，它们会引起MPE转录图的剧烈变化。降低积液和胸膜肿瘤的免疫冷MPE。此外，通过阻断程序性死亡配体1的联合免疫治疗，不仅可以有效地减少MPE体积，还可以抑制肿瘤在胸膜腔和肺实质中的生长，从而显著延长了MPE小鼠的生存时间。此外，在临床MPE标本中也观察到LNP-CDN诱导的免疫效应，提示胸膜内LNP-CDN在临床MPE免疫治疗中的潜力。
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