【直播回放】New Year,New RNA！单细胞动态监测
经典单细胞测序技术像是给每个细胞拍摄了一张高清JPG图，能够以前所未有的精确性揭示单个细胞的基因表达状态，却无法准确提供RNA在时间上的动态变化。DynaSCOPETM海量单细胞转录动态监测试剂盒，通过整合RNA代谢标记和单细胞测序技术，能区分单细胞中的“新”与“旧”RNA，将JPG图片变成GIF动图，实现单细胞层面大规模动态监测！
2022年1月25日，新格元识微讲堂以“New Year,New RNA！单细胞动态监测”为主题，向大家介绍了DynaSCOPETM单细胞转录组动态监测产品，引起了大家的广泛关注。错过这次直播也不要担心，扫描下方二维码即可直接观看直播回放。
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问题汇总
Q:
1、动态监测需要做对照实验吗？
建议做一个对照，即同一个样本做一份普通单细胞转录组的对照（组织解离后置于不含标记试剂的培养基中培养，培养时间与实验组保持一致，再做普通单细胞转录组），同时做一份单细胞转录动态（组织解离后，经过细胞培养/RNA 标记，再做单细胞转录动态）。对照可以作为reference精确判定测试组的新旧RNA比例。
Q:
2、单细胞转录动态监测样本建议的测序量是多少呀？
对照组建议平均每个细胞测10000~15000 reads（1万细胞测PE150约30~45G）， 转录动态组建议平均每个细胞测40000~60000 reads或更高（1万细胞测PE150约120~180G，细胞数有变化则按比例换算）。
Q:
3、RNA代谢标记会对蛋白翻译产生影响吗？
如果没有进行代谢标记物的转化，S4U就是一个U的类似物，会正常进行转录翻译，因此对蛋白质的翻译不会有明显影响。
Q:
4、代谢标记的时间如何选择？
标记版本培养时间通常在0.5~6h，推荐为2~4h。注射版本注射标记物时间通常在1~8h。培养版本延长培养时间可以提高新生RNA比例，对一些转录不活跃的基因的新生RNA有更好的检出，但同时也会降低细胞活性，造成质控不合格，或数据质量差。建议每隔30min测一次细胞活性，如果细胞活性比初始未培养时降10%以上，马上终止培养，直接进入下一步。
Q:
5、注射版本的试剂盒是仅适用于小鼠吗？其他动物模型适用吗？
原理上来讲都是适用的，但是其他的模式动物如果体重较大，需要注射入体内的S4U分子的量会比较多。
Q:
6、代谢标记培养过程中需选择哪种代谢培养基？
如果研究对象是细胞系，可直接使用原本进行细胞培养的培养基。如果是组织，我们建议的培养基是DMEM培养基，添加20%的FBS。
Q:
7、动态转录组和传统转录组相比有什么优势？
细胞命运转变以及响应外界信号的过程中会改变细胞类型特异的基因表达，而基因表达的丰度(total RNA level)是由mRNA转录、加工、降解等过程共同决定的。将mRNA代谢标记和高通量单细胞转录组测序整合在一起，实现了高通量的RNA转录动态检测。能够在含有多种细胞类型的复杂组织和系统中，精确解析其细胞组成，并在单细胞水平准确测定这些mRNA动态变化过程。通过标记细胞内正在合成的mRNA，可以区分每个单细胞内数千个基因的新老RNA，以此来揭示转录本的动态变化，往往一些细胞间的差异是通过新生RNA体现出来的，通过此种方式能够揭示出细胞间更细微的差异。
Q:
8、代谢标记处理的时间可以延长到一周吗？
外设的处理条件可对细胞处理一周，但最终只能用代谢物标记0.5-6h，反映出来的是这段标记时间内的动态变化，而不是完整的监测一周内的动态变化。
Q:
9、基于动态转录组数据拟时分析相对传统拟时分析有何优势？
传统的RNA velocity利用已剪切（无内含子）和未剪切（有内含子）的转录本信息来间接地预测细胞中基因表达的变化趋势。由于有些基因内含子长度较短，基于传统RNA velocity方法无法准确估计这些基因的动态变化。DynaSCOPETM海量单细胞转录动态监测试剂盒，可以直接基于准确定量的新、旧转录本的信息，推测mRNA的动态变化，不受基因结构（内含子比例）影响，兼具准确性和适用性。
Q:
10、动态转录组对应的数据分析，新格元能提供什么帮助？
我们公司的celescope软件可以实现从原始数据到表达矩阵的分析并生成可视化报告，针对动态转录组的数据分析我们也开发了相应的数据分析条目。同时对于有个性化分析需求的客户，我们也可以提供个性化的动态转录组分析服务，满足老师们的科研生信分析需求。
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