各位小伙伴们,2019年已经过了三分之二,年前定的目标是否已经实现,那些立志要发 Nature 和 JACS 的科研大神们,文章是否已经接收?如果你做完实验,发现样品形貌与性能较好,想再做些理论计算为自己的文章增采;或者你是刚进入理论计算的科研小白,对理论计算的套路一无所知;那么小编打包送你们的这些资料可以帮你们入门理论计算。
在进入正题之前,先给大家灌一波鸡汤,什么忍受孤独的精神啊,挑战未知世界的勇气啊,有较强的心理素质啊等等......。虽然这篇推文主要给大家灌鸡汤,但是也是值得大家点进去学习一些干货的(以干货为例给大家灌鸡汤)。灌了鸡汤之后要开始学习一些理论计算的基础知识了,小编这里给大家介绍有关量子力学和动力学的一些相关知识,大家可以根据自己的需求阅读。2. 催化理论模型发展简史
3. 如何定量描述化学反应——微观动力学模型初步
4. 微观动力学解合成氨催化反应TOF
7. 如何计算活化能(Ea)与指前因子(A)
8. 关于密度泛函理论(DFT)的基本假设和理论
9. 从量子力学到密度泛函理论(一)
10. 量子力学世界的语言(一)——波动力学
11. 量子力学世界的语言(二)——矩阵力学
12. 全硼富勒烯的发现 —— 实验与计算的完美结合
13. 上帝不光会掷骰子,还会玩矩阵
科研者们进行理论计算时,首先摆在科研者面前的一座大山就是计算软件的学习,其次就是对于计算模型的建立和寻找。小编整理了部分计算软件的教学以及模型构建的方法,供大家学习参考。
3. Materials Studio 中 FORCITE 模块简介
4. 理论计算干货:Materials Studio中构建异质结计算干货:Materials Studio中构建异质结
5. VASPKIT软件迎来重大版本更新
6. 理论计算干货:如何在VESTA中区分不同表面层的原子
7. 最新二维材料数据库介绍
8. 理论计算干货:表面界面建模要点/经验小结
9. pymatgen自动生成表面吸附模型-高通量计算初探
10. 理论计算干货:VASP - VTST 计算过渡态 -- NEB 方法
找到计算所需的模型(构建模型)之后首先要对模型进行结构优化,小编针对结构优化也整理了相关推文,尤其是对于结构优化过程中出现的各种错误,推文中有针对性的介绍了解决方案。1. 理论化学干货:聊一聊结构优化
2. 干货:VASP计算常见问题有效解决方法
在结构优化完成之后,接着就要对相关性质进行计算以及分析,催化剂的能带与其光学性能、氧化还原能力息息相关,直接影响着电子激发、光生载流子的传输等,因此能带分析十分重要。以下的模块对能带进行了详细分析。1. 精品干货:五种方法生成能带结构计算的高对称点
2. 干货:深入分析能带结构
3. 深入分析能带结构: Origin画能带图
4. 半导体异质结能带对齐介绍
对于其他性质的分析(电荷密度,跃迁偶极矩)也相对比较重要,电荷密度差分(charge density difference)是研究电子结构的重要手段之一。可以直观的得到两个片段相互作用后的电子流向,原子形成分子过程中电子密度的变化、探究化学键的本质。跃迁偶极矩,可以进一步计算振子强度和荧光寿命等信息等。具体内容如下:
3. 表面吸附模型的化学键分析手段(一)NBO
对于开始入门催化计算的科研者们,虽然明白了理论计算的相关套路,但是看相关的文献还是会比较吃力,那么以下对于催化领域的相关文字描述和视频教学能使你更加快速的入门。1、百炼不如一战,理论计算学习从实战开始!(理论催化计算实战教程系列课程,免费哦!)
2、催化理论计算实战教学—— VASP的输入文件
3、理论催化计算实战教学(5) —— VASP的输出文件
4、理论催化计算实战教学(番外篇1)
5、理论催化计算实战教学(番外篇2)—— 超算服务器使用基础-Linux系统
6、理论催化计算实战教学(7 - 8)—— 晶胞优化与态密度计算
目前催化领域中光电催化是研究的热点,通过计算与实验结合可以更加高效率的筛选出光电催化性能较好的催化剂,有关电催化的相关知识以及学习视频放在推文中,后续将持续推出,感兴趣的小伙伴可以关注研之成理动态。介绍完基于第一性原理的DFT相关知识,分子动力学在理论计算中也是重要的,分子动力学一般情况下不考虑电子转移效应,采用经验的分子间作用函数模拟微粒间的作用。以下是相关动力学的一些基础知识供大家参考。 2.分子动力学计算实战:利用 OVITO 软件找弗伦克尔缺陷和位错环分析
3.聊一聊 LAMMPS in 文件的书写
4.高熵合金模拟计算(Npj. Comput. Mater)中简单的LAMMPS模拟
在对理论计算的相关基础知识有所了解之后,科研者们可以根据自己的方向进行大量的文献阅读。而最简单的方法就是找到与自己方向一致的课题组,对他们课题组近期发表的文章进行研读。小编也整理一些对于国内外做理论计算的导师的方向供大家参考。1. 名师志:理论计算高研值男神,来了!
2. 名师志:清华大学李隽教授
3. 理论计算名师汇
最后一个环节是了解青年博士们近期所研究的方向,从而找到研究的热点,进而可以帮助刚入学的科研者们制定课题方向。2019 年 8 月 9 日-2019 年 8 月 10 日,研之成理自然科学研究中心联合浙江大学催化研究所于浙江大学(紫金港校区)成功举办为期2天的[首届固体与表面理论计算青年学者论坛]。本论坛的主要方向为催化方向。1. 理论计算干货:数据驱动方法SISSO及其应用
2. 预测BCC金属中纳米孔洞对氢的俘获
3. 理论计算干货:复杂反应环境中纳米颗粒形貌变化的理论研究
4. 真实催化反应条件下的铜基单原子合金催化剂表面结构的理论研究
5. 理论计算干货:结构搜索在二维材料中的应用
6. 精品干货:新型低维卤化物钙钛矿光伏材料的理论设计
7. 精品干货:反应环境中负载金属纳米颗粒的形貌重构的理论研究
8. 基于第一原理的电催化计算框架:ORR和HER
9. 精品干货:催化加氢活性位的几何结构因素探索
10. 面向原位条件下精确高效的多相催化动力学模拟
11. 高通量筛选新型稳定的硫族化合物双钙钛矿
12. 神经网络在多相催化中的应用
13. 理论计算干货:晶体场分裂和局部坐标的关键作用
14. 理论计算干货:固态电池的计算设计与实验优化
15. 理论计算干货:碳材料负载单原子催化剂的理论研究——位点近邻效应
所有栏目在后续都将持续更新,对于相关的栏目,大家可以找小编投稿。最后希望大家国庆节玩的开心的同时也在理论计算方面有所收获。
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7. 精品干货:反应环境中负载金属纳米颗粒的形貌重构的理论研究