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研之成理长假大礼包之乐在「图」中

研之成理 研之成理 2021-12-21


「一图胜千言」这一词语用在科研领域也非常恰当,一篇论文上千字,配图也就那么几张。科研绘图可分为两大类:数据图(数据可视化);示意图(包括:流程图、机制图、TOC、图片、封面)。


数据图(数据可视化)
数据图的绘制即从原始数据出发,经过处理、分析,并绘制、美化成图。数据可视化软件的类别很多,如:Originlab、Graphpad、Tableau、Excel、R、Python 等等。本文将以 Originlab 为例介绍数据可视化的基本流程。

  • 数据可视化软件的选择:
对于化学、材料专业,最为常用的软件是 Originlab,目前,网络上Originlab 的学习资料非常多且杂,信息严重过量且质量良莠不齐。小编负责任的告诉各位,学习 Originlab 最好的地方是 Originlab 官网,里面的学习资料最为齐全(没有之一),既有英文图文教程,中文图文教程,还有丰富、全面的中英文视频教程。官网里的论坛部分内容非常丰富(有中文论坛版块,最全、最新的教程都在里面)。


如果你是小白,建议先看官方出版的学习手册。在具体作图过程中,碰到问题直接去官网找相关教程即可。Ps:Origin 官方出版了一个常见问题汇总手册,里面汇总了上千条常见问题解决方案。此外,Origin 官方建立了三个 QQ 交流群(群号南方 210500924;北方 237451970;华东 140825885;西部 645057781),里面有 Origin 官方技术人员解答问题。


相比 Originlab,Graphpad 在医学、生物专业的中的应用更为广泛。这可能是因为 Graphpad 内嵌了更多医学、生物专业常用数据图模板,使得作图过程更为简单方便。如果你对数据可视化的要求更高,特别是对数据分析和数据呈现方式的要求很高(比如:生态与环境科学、生命科学、统计学等相关专业),可以选择更为专业化的可视化软件,比如 R,Python 等(这些软件需要编程基础)。更多数据可视化软件,请参见这篇知乎回答有哪些值得推荐的可视化软件。
(https://www.zhihu.com/question/19929609/answer/133825589)。


  • 数据图的基本绘制流程:
第一步:原始数据的获取。无论通过什么方式获取原始数据,记得另保存为 txt 或者 Excel 这类通用格式文件。
Origin入门教程一:数据导入 


第二步:原始数据的处理与分析。一般而言,获得的原始数据并不能直接用于绘图。需要根据需求,提取有用的数据,并进行相关运算(比如:求和、标准差、置信区间等相关分析)。
XRD、XPS扣基线教程(基于Originlab)众里寻“峰”千百度  / “峰”的解析:扣基线、求积分、FWHM / 双剑合璧之“拟合”与“分峰” / Origin中如何 "XXOO、+ + - -" / 如何计算活化能(Ea)与指前因子(A)


第三步:绘图。从数据到图,最为重要的是选择哪种图来描绘数据,比如:散点图、折线图、柱状图、还是箱形图、小提琴图、热图?基本原则是:选择能够直接、简洁表达核心论点的数据图。具体的作图方法,寻找相应的教程就可以(可见如下链接)。
Origin第四期:多线图(Multi-Curve)绘制 / 柱状图(Double Y)这么做!千呼万唤始出来的Origin 3D作图 / 半分钟教程:三步法绘制双Y柱状图(Double Y)如何绘制3D Scatter And 3D Surface / 如何用 Origin 作出好看的 3D-柱状图


第四步:美化与导出。为了读者阅读方便,通常需要对数据图进行必要的美化,比如:线条的粗细、字体的大小,标注的添加、图例的完善等等。在投稿时,还需要根据期刊的要求设置图的大小、分辨率、格式、颜色制式这些参数。
零基础Origin教程第六期:图形美化一 / 如何让文章配图不再印象派!—— 图例的作用。 / 巧用模板——事半功倍的作图技巧!图层的使用——你不得不Get的技能 / 半分钟教程:一招搞定 Origin 图例的个性化设置半分钟教程:Get这个技能,Origin 数据图配色不再是难题...如何美化Contour图


示意图(科学可视化)
此处将流程图、组合图、TOC、封面等统称为示意图。科研中,我们获得的原始资料中,不仅有数据,还有图片、视频等。比如:电镜图片、实物图片等。因为期刊对图片的分辨率有一定要求(一般都大于300 dpi),所以这些图片的分辨率要足够高。Ps:注意图片分辨率这一概念;假设原始图片的分辨率是 300 dpi,图片扩大一倍之后,其分辨率则降低为原来的一半。所以,如果最终的图片会被放大,则原始图片的分辨率需要尽量大一些。关于图片格式等相关要求请参加如下链接:献给被论文图片格式困扰的你  /  原始数据丢失了怎么办?

如果原始图片需要处理,比如角度需要调整、对比度、亮度、上色等问题,可以通过 PS 来处理。关于PS在科研中的应用,请参考一下几篇推文:
PS技巧3分钟 第一期:利用 PS 调整图片大小   |  PS技巧3分钟 第二期:根据杂志要求创建图片及“闪电”的画法    |   PS技巧3分钟:粒子运动——几步画出酷炫光影 | 学会三维伪彩——SEM酷炫染色仅需3分钟 | 晶体生长记录 —— PS制作简单视频   |  PS三分钟之如何在PS中给物体添加阴影   |  半分钟教程:封面中炫丽的光晕和光线原来这么来的! 
PS:在 P 图时,一定要注意图片的真实性,切不可伪造、篡改数据。

论文中为了论证某一观点,通常需要结合多张图(多种佐证手段)。因为学术期刊多倾向于接受矢量图,所以建议选择矢量图软件组合多张图和绘制流程图。两大经典矢量绘图软件:Adobe illustrator / CorelDraw。对于医学、生物学专业常用的机制图,通常也可以用矢量图软件绘制。关于 AI 以及 CorelDraw 的使用,请参考一下几篇推文。
科研作图中的CorelDRAW  |  矢量图的魅力——CorelDRAW的排版技巧  |  文章示意图这么画——CorelDRAW的绘图技巧(一)  |  CorelDRAW的绘图技巧(二)   |   AI在科研作图中的应用(1)

近几年来,科研领域掀起一股 3D 科研绘图热。特别是在流程图、TOC 和封面中。为了能够更加准确、形象的表达科研成果(特别是在新材料领域),绘制 3D 图逐渐成为一种趋势。相比数据图和二维平面图,学习绘制 3D 图的成本更高。当前,3D 绘图软件很多,比如:3Ds Max,Maya,C4D,Blender,犀牛等等。这些软件都是专业级别的建模、动画制作软件,酷炫的科幻电影就是用这些软件实现。其中的任何一款都足以应付 3D 科研绘图。但无论哪一款,其学习成本都极高。网络上虽然出现了各类3D科研绘图的教程和视频,但都不成系统,很多教程作者本身都一知半解。如果确实有需要,建议找一个系统课程,认真学习。我们研之成理也陆续推出了一些相关教程,先罗列如下:

C4D/Maya系列:3D作图之Maya初级:海胆状微球模型  |  钟老师3D作图系列六 —— TOC实战演练  |  钟老师3D作图系列(五):一次性搞定三维石墨烯、碳管、足球烯模型  |  钟老师3D作图系列四:多孔镂空小球3D模型的构建  |  钟老师作图系列(三):3D核壳结构纳米颗粒模型的构建   |  拯救画不了高逼格论文插图的你:如何使用PPT快速制作三维立体图形   |  如何构建织物状三维结构   |  实例展示弯曲石墨烯的制作   |  石墨烯模型的构建方式千千万,不妨试试这种方式哦!(C4D)  |  零基础5分钟搞定无定型多孔材料模型的构建(C4D)  |  有这种操作?研之成理出专用封面啦!(兼C4D教程)  |  碳纤维布的画法(C4D)  |  玻璃器皿原来是这么渲染出来的,你也学得会!  |  半分钟教程:一招解决含有重复结构单元的科研模型!(maya)  |  碳纤维,碳布的画法(Maya)


3d max 系列:你还不知道 cif 文件如何导入 3DMAX 吗?这篇文章帮你一次搞定! |  从原子到团簇再到类球形纳米颗粒的构建(3D Max) |  【3D Max】一起来 “ 组装 ”正火热的钙钛矿材料  | 【3D Max】从孙杨的骚粉色小泳裤到当年的“鲨鱼皮”,满满都是高科技 |  3ds MAX搞定所有石墨烯类材料(科研制图学习小组第一期——图文教程) | 浓度梯度的渐变贴图表示法 ( 3D Max) | 单层MoS2模型的构建 (3D Max) | 用3ds Max怎么画出漩涡的效果?  | 各类核壳结构模型的构建【3D Max】—— 科学可视化第二期活动图文教程  |  血管模型的制作(3dmax 教程)  |  如何构建细胞核模型(3D Max)? | 碳布、碳纤维结构模型的搭建【3ds MAX】 

以上内容虽然不少,但还不够完整。如果想要学习完整 3D 科研绘图教程,推荐大家关注杭州思斐迩科研绘图公司李博士的微信公众号 「3D 科研绘图」。这一公众号是目前为止,针对 3D 科研绘图,最优秀的一个公众号(同样是没有之一)。汇总贴在这里(点击图片前往教程合集):


对于 3D 科研绘图软件的选择,有以下几点建议:
目前,最为流行的是 3Ds Max,但并不是因为其适合科研绘图,而是因为最早写 3D 科研绘图教程的这帮人刚好会 3Ds Max。究竟哪款软件最适合科研绘图,确实难以下定论。如果一定要分出高下,推荐使用 C4D(原因有三:1、针对很多常见科研模型,特别是纳米材料方面,用C4D 构建更方便,具体分析可以参考李博士的 3D 科研绘图公众号内相关内容;2、C4D 的基础安装包更小一些,不到 1 G,软件的打开速度也更快一下(相对而言));3、C4D 兼容多系统,包括苹果系统,而 3D Max 只能用于 Windows 系统。


科研绘图中,不同专业会有各种较为小众的专业绘图软件。比如:晶体方面的 Diamond、Mercury、Crystalmaker 等,绘制化学结构式和反应式 ChemOffice 系列。以下相关教程,仅供参考:
Diamond:Diamond装机小技巧:Diamond与POV-RAY关联的问题  | 用Diamond构建多面体MOF模型  | Diamond软件中如何增加晶体结构模型的立体感?  | 如何用Diamond构建Polyhedral图
Crystalmaker:CrystalMaker如何打开晶体世界的大门   | 看晶体结构用Crystalmaker
ChemDraw: 看Angew文章如何讲述ChemDraw的历史|如何优雅的使用ChemDraw | Chem3D入门教程:3D分子模型的终结者 |【干货】ChemDraw+PS,让你的环儿惊艳起来 

最后,打个广告,如果您有作图需求,比如:示意图、文章封面等,欢迎联系我们,杭州思斐迩科技有限公司。具体联系方式见下图:

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