关键词：新型冠状病毒病；新冠病毒；演化；迁移；Hanson解读有两个基于Nextstrain的新型冠状病毒演化和迁移研究十分有意思：
1. 基于GitHub平台的Nextstrian在这次COVID-19疫情中立了大功，它从第一个GISAID病毒序列追踪到现在所有的病毒序列，我的第一个关于新型冠状病毒的微博也是分析了Nextstrain序列。基于Nextstrain的一项研究发表在PNAS。
这篇文章十分有趣，跟之前北京大学的L/S亚型研究有类似之处。英国剑桥大学研究人员应用12月24日至3月4日Nextstrain数据库1001个病毒序列，发现新型冠状病毒根据氨基酸变异有A（T29095C）, B（T8782C/C28144T）, C（G26144T）三类variants（变异体或“簇”）。研究发现A最早出现于武汉，但之后主要分布在北美和澳大利亚（15/33）。但B突变缓慢，B在突变之前始终没有能够传播到东亚以外地区，直到B发生了突变才逐渐在亚洲以外传播。因此，东亚以外的环境及宿主免疫因素可能使B病毒本身难以传播，研究人员管这叫“始祖效应”，这一效应在HIV也可见。而之前北京大学基于GISAID数据得出的L/S亚型研究同样发现，S是L的祖先，但是武汉只有1个S序列，剩余26个均为L。也就是武汉局部流行的是始祖病毒的后代。因此我猜除了最早的病毒序列A（可能是第一个上传的序列），之后武汉的病毒序列同源性均较高（B），而从A到B之间的窗口期是病毒跨境传播的关键时期。
C是B的后代，主要分布在欧洲、美国加州、巴西、新加坡及中国大陆以外的香港和台湾，有趣的是武汉并没有C。更为重要的是，研究发现最早进入意大利的病毒是1月27日从德国输入的，同时早期在意大利流行的病毒来源于新加坡。2. 另一个关于Nextstrain的结果被纽约时报报道，研究发现纽约的新型冠状病毒主要来源于欧洲。
而纽约时报在3月22日报道猜测纽约的病毒可能直接来源于武汉，因为平均每个月有900人从武汉赴纽约。这一研究否认了该猜测。
资料来源：
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117；
https://www.nytimes.com/2020/04/08/science/new-york-coronavirus-cases-europe-genomes.html
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Shared Responsibility.
希望朋友们及家人，
都平平安安。
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