2018榜单 | 最受关注的50篇肠道综述
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2018年，全球肠道领域的研究又取得了突飞猛进的进展。我们通过“热心肠日报”又解读了2800多篇高水平的肠道研究论文。
这其中，影响因子超过15分的就有接近700篇，来自Cell、Nature、Science的文章有近150篇，来自JAMA、NEJM、Lancet的文章有近100篇。
这绝对是肠道科学研究的大丰收！
我们向所有取得突破的科学家表示祝贺，并坚信在2019年我们依然能够看到肠道科学领域的持续高产。
广告：我们特别欢迎你在2019年莅临中国肠道大会，共庆肠道科学的巨大成就，共谋中国肠道产业的发展大计：
今天，我们特别发出四个榜单，分别介绍2018中国肠道研究十大成果、全球肠道研究十大人物、最受关注的50篇肠道综述和100篇肠道论文。
我们充分利用了“热心肠日报”的后台数据，对2800多篇文章进行了多维度的加权评分，在充分考虑杂志影响力、阅读数、转发和讨论数等客观数据的基础上，也请热心肠日报的主编和几位编辑进行了充分讨论，并最终形成了榜单。
本榜单仅代表热心肠生物技术研究院基于自身数据所做的优选，存在主观因素影响客观性的可能，仅供参考。欢迎你在文末留言提出批评、建议和意见。
本篇发布“最受关注的50篇肠道综述”。
一图读懂：人体菌群研究的阶段性总结（Nature医学必读综述）
Nature Medicine[IF:32.621]
① 人体菌群已证实与多种疾病相关，菌群研究正从描述和关联性研究，向机制和应用性研究转变；② 每个人高度个性化的菌群受许多因素共同影响：发育早期的遗传和免疫互作、所处身体部位、饮食、抗生素、生活方式；③ 人体菌群不断发生着动态变化，弹性和稳定性在不同时间尺度上并存，菌群的变化率存在个体差异；④ 研究菌群在疾病中的作用机制应注意：深入菌株层面，在人群研究中鉴定疾病相关菌群特征并用动物实验验证，菌群本身可作为疾病标志物。
Current understanding of the human microbiome
04-10, doi: 10.1038/nm.4517
【主编评语】Nature Medicine刚刚上线的由Rob Knight主笔的综述，回顾了现阶段人体菌群领域的进展情况，重点总结了人体研究的相关结论，也包括人体与动物研究相结合以阐述因果性的例子。干货很多，此处仅做概述性导读，文章具体内容值得专业人士深挖。（@mildbreeze）
NEJM：饮酒如何伤肝，又该如何治疗（综述+一图读懂）
New England Journal of Medicine[IF:79.258]
① 饮酒可增加肝脏铁沉积、损伤肝细胞、改变肠道菌群组成、增加肠道通透性而引起肝脏炎症；② 饮酒可不同程度加重乙肝、丙肝、非酒精性脂肪肝和遗传性血色病等慢性肝病的症状；③ 对于酒精使用障碍（AUD）的肝病患者，临床目标是完全戒酒，但酗酒者戒酒后可能发生戒酒综合征，现有治疗药物可能恶化肝性脑病；④ 认知行为治疗及动机强化治疗可作为药物治疗的辅助，治疗AUD慢性肝病患者，肝脏移植也是一种有效的治疗手段。
Alcohol Use in Patients with Chronic Liver Disease
09-27, doi: 10.1056/NEJMra1715733
【主编评语】New England Journal of Medicine上的一篇综述文章，介绍了饮酒产生肝脏毒性的机制，以及饮酒如何恶化各类慢性肝病。同时，文章还介绍了如何评估及治疗慢性肝病患者的酒精使用障碍。（@沈志勋）
Science重磅综述：肠道菌群链起饮食和健康(一图读懂)
Science[IF:41.058]
① MAC（菌群可用碳水化合物）、脂肪、蛋白、微量营养素和食品添加剂深入影响肠道菌群和人体健康；② 生酮、古式、素食、地中海、限定碳水化合物饮食及发酵食品或对特定人群有益，但亟需结合菌群进行深入研究；③ 饮食干预商业化在加速，但大量基础性问题未解决，且大部分理论基础源自动物模型；④ 菌群可塑性很强，但这是双刃剑，不恰当干预方法或适得其反；⑤ 未来需明确对饮食快速响应的关键微生物，并结合多组学、新算法等建立个体化干预方案。
The gut microbiota at the intersection of diet and human health
11-16, doi: 10.1126/science.aau5812
【主编评语】2018年11月16日上线的Science杂志，以封面形式推出了“饮食和健康”专辑，发表了4篇重量级综述。其中关于肠道菌群的文章，系统性阐述了不同的饮食成分对肠道菌群、代谢产物的深入影响，进而阐述了相关进程对人体细胞、代谢、生理功能以及慢性疾病发生的至关重要作用，也对未来需要解决的问题提出了展望。文章内容非常扎实，三张图举例说明了目前被了解得最深入的菌群相关代谢过程。这篇综述是开放下载的，值得专业人士逐字逐句认真阅读，我们也特别将图改造成了一图读懂，希望能帮助读者了解核心内容。强烈推荐！（@热心肠先生）
Science：一文+一图读懂菌群在癌症免疫治疗中的作用（必读综述）
Science[IF:41.058]
① 菌群可产生毒性/致癌性代谢产物，或通过引起炎症或免疫抑制，直接或间接地调控肿瘤的发生、进展和治疗的疗效；② 使用抗生素可削弱免疫检查点抑制剂的疗效，有些细菌能代谢抗癌药促进肿瘤化疗耐药性，菌群多样性和特定菌种丰度（如双歧杆菌、Akk菌）也影响抗肿瘤疗效；③ 菌群干预或可成为抗肿瘤疗法，利用粪菌移植或可改善肿瘤免疫治疗；④ 需考虑：如何选择供体、潜在的致病菌传播、合适的样本条件和储存、粪菌移植次数、细菌联合类型等。
The microbiome in cancer immunotherapy: Diagnostic tools and therapeutic strategies
03-23, doi: 10.1126/science.aar6918
【主编评语】抗生素可削弱免疫检查点抑制剂的疗效，某些特定菌种的存在与免疫检查点抑制剂的疗效相关，这些重磅发现，将肿瘤免疫治疗和肠道菌群这两个火热的研究领域连接在了一起。Science上发表的这篇综述详细介绍了菌群在肿瘤免疫治疗中的作用，包括作为诊断工具及干预靶点，值得仔细读读。（@沈志勋）
Nature Reviews：一图读懂肝脏疾病中的肠-肝轴（必读综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 肝脏和肠道经胆管、门静脉和体循环进行双向交流；② 肝脏产物影响肠道菌群组成和屏障完整性，肠道因子调控肝脏的胆汁酸合成和糖脂代谢；③ 肝脏和肠道中的促炎性变化介导了肝纤维化、肝硬化和肝细胞癌的发展，这些疾病有共同的发展途径；④ 酒精性和非酒精性脂肪肝的共同特征：肠道菌群失调、通透性增加，胆汁酸、乙醇和胆碱代谢物水平改变；⑤ 研究菌群与肝病的因果机制需要正确的实验设计和动物模型，深入理解肠-肝轴有助于改善肝病管理。
The gut–liver axis and the intersection with the microbiome
05-10, doi: 10.1038/s41575-018-0011-z
【主编评语】随着肠道菌群研究的不断展开，肠-肝轴在多种肝脏疾病中的作用逐渐凸显。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF：13.678]近期发表了Rob Knight主笔的综述，详细回顾这一领域的研究进展，讨论了肝脏疾病中的分子、遗传和肠道菌群间的关系，着重探讨了菌群研究的成果，并对未来进一步揭示因果性机制的研究提出建议，非常值得关注。（@mildbreeze）
一图读懂：婴儿肠道"先锋细菌"的来源和重大生态学意义！(Nature Reviews必读综述)
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 细菌扩散、分化、漂变和选择这4个生态过程驱动婴儿肠道菌群的建立；② 优先效应指的是，细菌扩散进入肠道的时间和顺序，会改变其余3个生态过程对婴儿肠道菌群建立的影响，或对宿主健康带来长期影响；③ 优先效应受区域性物种集的影响，后者由大量局部性物种组成，包括宿主相关和其他菌群；④ 今后的研究需将细菌扩散的顺序和时间作为变量，引入实验模型的建立和分析；⑤ 若细菌扩散的顺序不可知，应当记录与菌群变化相关的环境变量。
Role of priority effects in the early-life assembly of the gut microbiota
01-24, doi: 10.1038/nrgastro.2017.173
【主编评语】Nature Review近期发表综述，系统性总结了影响婴儿肠道菌群建立的生态过程，尤其强调了优先效应——微生物进入肠道的顺序和时间对早期菌群建立的影响——的作用。对优先效应的深入研究，不仅有利于理解肠道菌群的建立机制，同时也对菌群干预手段的研发、优化具有指导意义，值得专业人士关注。（@小肠君）
一文读懂：Rob Knight手把手指导菌群研究（必读综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 菌群研究和分析方法正高速发展，研究方法标准化、数据共享平台的推广为联合独立项目、完善已有成果提供可能；② 实验设计需合理设置空白和对照组，并考虑实验动物的习性；③ 可参考对已知菌群的分析效果，决定采用标志基因组、元基因组还是转录组分析方法；④ 基于序列实际差异的菌群分析方法应逐步代替OTU分析；⑤ 基于菌群相对丰度的相关性分析容易出现假阳性，需要优化分析方法；⑥ 多组学数据联合有助于进行全面的、机制性的菌群研究。
Best practices for analysing microbiomes
05-23, doi: 10.1038/s41579-018-0029-9
【主编评语】菌群研究和分析方法日新月异，本文系统性地介绍了菌群研究的实验设计、方法选择和数据分析方式，在列举和比较大量研究方法的同时，指出了目前OTU分析、菌群丰度分析和相关性分析的缺陷，强调数据共享、方法标准化的重要性。文中提及大量最新研究、分析方法和平台，指导作用强，值得专业人士参考。（@小肠君）
Science：科学禁食有益健康（综述）
Science[IF:41.058]
① 大量动物研究和小型临床试验显示，热量限制、限时进食、隔日/周期性禁食、模拟禁食饮食等饮食干预策略，对很多慢性疾病有预防和改善作用，可延缓衰老；② 这些饮食模式以减少热量摄入和/或定期禁食为核心，各有特点和优劣，主要通过作用于多个长寿调节通路、调节生理和代谢节律、将能量从生长和繁殖向维持、抗逆和修复转移等机制，保护细胞、改善代谢和健康；③ 研发整合营养平衡、餐量控制和科学禁食的饮食方法，将有助于促进健康老化。
A time to fast
11-16, doi: 10.1126/science.aau2095
【主编评语】营养不足和过剩都不利于身体健康。以热量限制和禁食为核心的饮食干预方法，是近年的一大研究热点，很多研究显示，这些饮食模式可改善健康、延缓衰老。Science本周发表综述，详细讨论了热量限制、限时进食、周期性禁食和模拟禁食饮食等饮食模式的作用，及其改善健康的潜在机制，并对未来研究方向提出了建议，很值得一读。（@mildbreeze）
压力与肥胖的亲密关系（综述）
Annual Review of Psychology[IF:22.774]
① 压力和肥胖是当今最普遍的两个健康问题，二者通过多个互作通路相连；② 压力促进肥胖的机制包括：影响认知过程（执行功能和自我调节等），影响行为（导致过量进食，食用高热量、高脂或高糖食物，减少身体活动，缩短睡眠），影响生理（改变下丘脑垂体肾上腺轴、大脑奖赏过程以及肠道菌群），影响生化活性物质的生成（瘦素、胃饥饿素和神经肽Y等）；③ 这些因素彼此间存在互作；④ 肥胖带来的对体重的耻辱感，反过来也会使压力上升。
Stress and Obesity
06-21, doi: 10.1146/annurev-psych-010418-102936
【主编评语】压力和肥胖是两大健康问题，Annual Review of 近期发表的综述，提出模型以阐述二者间相互促进的机制，值得关注。（@mildbreeze）
一图读懂：结肠细胞代谢如何塑造肠道菌群（Science综述）
Science[IF:41.058]
① 结肠细胞代谢是调控肠道稳态的开关，肠道稳态时结肠细胞代谢趋于氧化磷酸化和脂肪酸氧化，耗氧量高；② 由此形成的低氧环境利于专性厌氧菌生长，它们可降解纤维生成短链脂肪酸，进而促进宿主健康；③ 若结肠细胞代谢状态改变、肠上皮氧合作用增加，会导致以兼性厌氧菌增殖为特征的菌群失调；④ 肠道病原体会破坏结肠细胞代谢，以逃脱肠道菌群的生态位保护作用；⑤ 通过代谢重编程恢复结肠细胞缺氧、维护结肠稳态，是治疗多种疾病的潜在策略。
Colonocyte metabolism shapes the gut microbiota
11-29, doi: 10.1126/science.aat9076
【主编评语】多种慢性疾病可能与肠道菌群失调有关，近期研究表明，结肠上皮细胞的代谢状态对于菌群的塑造有很大影响。Science本周发表的综述对此进行探讨，提出结肠细胞的两种代谢状态（炎症和稳态）类似于巨噬细胞的M1和M2极化，恢复结肠细胞缺氧代谢状态的治疗策略，或能改善肠道菌群失调和相关疾病。（@mildbreeze）
Nature子刊：菌群在心血管疾病中的作用（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 口腔及肠道菌群易位进入血液后，可通过微生物相关分子模式（LPS、dsRNA等）激活宿主的模式识别受体（TLR、NOD1等），驱动心血管疾病（CVD）发病；② 菌群产生的氧化三甲胺、短链脂肪酸、次级胆汁酸等代谢产物影响CVD发生率；③ 氧化三甲胺可激活NF-κB、MAPK等通路促进动脉粥样硬化、血栓性血管炎及相关肾损伤；④ 次级胆汁酸可通过激活法尼醇X受体（FXR）、G蛋白偶联胆汁酸受体1（TGR5）、维生素D3受体（VDR）等参与CVD发病。
Microbial modulation of cardiovascular disease
01-08, doi: 10.1038/nrmicro.2017.149
【主编评语】这是 Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]发表的重要综述，全面阐述了菌群（包括口腔和肠道菌群）在心血管疾病中的作用。这篇文章由美国克利夫兰医学中心的Stanley L Hazen领衔，关注菌群与心血管疾病的人应该都会知道这位作者和他领衔的团队的分量！（@沈志勋）
Nature Reviews：龋齿及牙周炎中的口腔菌群（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 牙齿表面的菌群互作受到宿主饮食、唾液功能、氟暴露及口腔卫生等环境因素的影响；② 饮食中的蔗糖为产酸菌提供底物，降低牙齿生物膜中的pH值，并促进厌氧微环境的形成，最终导致龋齿发生；③ 牙龈卟啉单胞菌等关键致病菌在格氏链球菌等其它致病菌的帮助下在口腔中定殖，引起先天性免疫反应及宿主炎症；④ 炎症通过增加龈沟液流量促进口腔菌群的失调，导致正常菌群的定殖受到抑制，同时，菌群失调也进一步恶化了炎症，最终发展出牙周炎。
The oral microbiota: dynamic communities and host interactions
10-09, doi: 10.1038/s41579-018-0089-x
【主编评语】Nature Reviews Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了在健康及疾病（龋齿、牙周炎）状态下，口腔菌群之间的互作及口腔菌群与宿主的互作，阐述了口腔菌群在龋齿及牙周炎的发病机制中的重要作用，推荐阅读。（@沈志勋）
肠道菌群在营养和健康中的作用（综述）
British Medical Journal[IF:23.259]
① 肠道菌群影响免疫、能量代谢等人体健康的诸多方面，菌群失调和多样性降低与多种疾病相关；② 饮食和营养影响肠道菌群，菌群发酵膳食纤维生成短链脂肪酸，有多种健康益处，三甲胺、吲哚丙酸等菌群代谢产物也对健康产生直接影响；③ 药物、食品添加剂、抗生素和杀虫剂，均可能对肠道菌群产生不良影响；④ 膳食纤维及益生元/菌等干预方法靶向肠道菌群，可对特定病症有改善作用，需更多随机对照临床试验进行验证；⑤ 个性化营养需考虑肠道菌群。
Role of the gut microbiota in nutrition and health
06-13, doi: 10.1136/bmj.k2179
【主编评语】British Medical Journal近期发表综述，在营养学和人体健康范畴内，总结了肠道菌群研究所取得的进展，并着重讨论了用膳食干预和益生菌/元调节菌群进而改善健康的策略。这篇文章可以作为入门综述，甚至是科普读物，推荐给感兴趣的读者。（@mildbreeze）
Nature Reviews：整合多组学方法，助力疾病研究（综述）
Nature Reviews Genetics[IF:41.465]
① 基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术取得进展，但每个技术单独使用并不能发现大多数疾病的全部生物学复杂性；② 网络分析和富集分析等方法可分析多组学数据集来解析常见疾病的遗传学结构；③ 通过鉴别驱动性突变和分析肿瘤的分子特征，辅助肿瘤的诊断和治疗；④ 目前存在着数据分析、准确性与验证、结果解读、发现有关的组织、可操作性与治疗等方面的挑战；⑤ 健康人群疾病风险的预测模型和早期检测与疾病的处理将是未来的发展方向。
Integrative omics for health and disease
02-26, doi: 10.1038/nrg.2018.4
【主编评语】各种组学技术的进步，极大的拓展了人们对疾病机制的认知。Nature Reviews Genetics[IF：40.282]近期发表的重磅综述，详细介绍并举例探讨了如何将多组学方法整合应用，以加深对疾病机制、检测和疗法的认知，对基础研究和临床医疗均有参考意义。（@mildbreeze）
一文读懂：膳食纤维如何影响肠道菌群和健康（必读综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 膳食纤维有利于维持肠道菌群健康，增加其多样性和功能；② 膳食纤维及其菌群代谢产物短链脂肪酸，可增强肠道屏障功能（促进粘液生成和连接蛋白表达）、降低肠腔内的氧含量、维持免疫系统健康；③ 对炎性肠病、结直肠癌、慢阻肺、哮喘、肥胖和糖尿病等免疫和炎症相关疾病均有益；④ 膳食纤维还能结合并调节营养物质和胆汁酸的吸收和代谢，其菌群代谢产物阿魏酸也对身体有益；⑤ 推荐每天50g的膳食纤维摄入量，但具体数值应根据个体情况决定。
The Impact of Dietary Fiber on Gut Microbiota in Host Health and Disease
06-13, doi: 10.1016/j.chom.2018.05.012
【主编评语】Cell Host and Microbe本周发表一篇综述，围绕膳食纤维展开详细讨论，包括其定义和类别、对肠道微环境和多种疾病的影响、其菌群代谢产物SCFA对身体健康的作用、膳食纤维的个体化需求等诸多方面，非常值得关注。千言万语汇成一句话：西式饮食不健康，多吃膳食纤维身体好。（@mildbreeze）
BMJ：肠道菌群如何深入影响全身性炎症性疾病？(综述)
British Medical Journal[IF:23.259]
① 动物实验和人体试验表明：系统性炎症性疾病与产短链脂肪酸菌数量下降相关；② 富含纤维的饮食可改善炎症性肠病（IBD），地中海饮食、增加多不饱和脂肪酸油和减少红肉摄入可改善类风湿性关节炎（RA）、脊柱关节炎（SpA）；③ 其作用机制可能是通过改善肠道菌群、增加短链脂肪酸产生、影响炎症因子分泌来改善机体炎症；④ 益生菌和益生元对IBD、RA、SpA的改善效果有限且证据不够有力；⑤ 粪菌移植在炎症性疾病中的应用备受关注，仍需进一步验证。
The role of the gut microbiome in systemic inflammatory disease
01-08, doi: 10.1136/bmj.j5145
【主编评语】这是British Medical Journal[IF：20.785]发表的全面阐述肠道菌群在系统性（全身性）炎症性疾病中的作用的综述，干货非常多，必须好好看！（@mildbreeze）
Cell：从相关性研究到靶向调节菌群（综述）
Cell[IF:31.398]
① 靶向调控菌群，首先需通过分类群及功能鉴定，了解菌群各组分的结构与功能；② 并利用宏基因组关联性研究鉴定重要的共同变化因素，纵向研究分析菌群的内在动态；③ 最后进行扰动实验，分析菌群互作，以理解菌群的综合功能；④ 一些重要方法学进展：多组学分析、菌群定量分析、体外微流控技术、分类学宽度及分辨率的扩展；⑤ 分类学及功能分辨率的提高、人群-队列-分层队列-个体、体外-原位-体内-自然环境，多角度共同进展促进人体肠道菌群研究。
The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation
03-08, doi: 10.1016/j.cell.2018.02.044
【主编评语】肠道菌群研究如火如荼，但大多只是相关性研究，转化应用仍在起步阶段。Cell上周发表的这篇综述，提出了向转化性研究迈进的方法，并总结了相关方法学的重要进展，值得关注。（@沈志勋）
Nature Reviews：一图读懂脑-肠-肾轴（必读综述）
Nature Reviews Nephrology[IF:14.101]
① 高血压、慢性肾病往往伴发，表现为免疫失调、代谢紊乱和交感神经激活等，与肠道失衡及宿主-菌群互作的改变有关；② 宿主和菌群的肠道代谢产物通过血液循环影响全身，外加肠道神经和免疫系统，大脑、肠道、菌群和肾脏紧密关联并促进疾病发生；③ 肠道与肾脏之间通过代谢依赖性和免疫两种路径构成“肠-肾轴”，肠道对肾脏疾病起到基础性作用；④ 在肠道和菌群失衡时，大脑中小胶质细胞被活化，促进神经炎症和认知缺损，促进高血压和肾病发生。
The gut microbiota and the brain–gut–kidney axis in hypertension and chronic kidney disease
05-14, doi: 10.1038/s41581-018-0018-2
【主编评语】肠道菌群与人体多种器官间均存在互作，近期研究指出菌群在慢性肾病和高血压中有重要作用。Nature Reviews Nephrology[IF：12.146]最近发表综述，解读了这两种疾病中大脑、肠道、菌群和肾脏之间的复杂互作，并提出了脑-肠-肾轴的概念，将这一概念纳入今后的研究，有助于找到新的治疗靶点和干预方法。（@mildbreeze）
Nature Reviews：一文读懂用于人体菌群研究的培养组学（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 培养组学使用多种培养条件促进难养菌生长，结合MALDI-TOF质谱和16S rRNA测序等技术，以鉴定细菌等微生物；② 人体肠道中存在约80%的未知细菌，近年来培养组学的应用不仅使可培养的人体细菌增加了上百种，还用于临床的致病菌分离鉴定，发现新的分类单元，减少了宏基因组的未分配OTU；③ 用培养组学获得的菌株可用于体外和动物实验，对于肠道菌群相关疾病的研究必不可少；④ 培养组学还能用于分离潜在的益生菌，是研发细菌疗法的基础。
Culturing the human microbiota and culturomics
06-24, doi: 10.1038/s41579-018-0041-0
【主编评语】近年来培养组学的快速发展，使得可培养的人体细菌增加了几百种，拓展了人们对宿主-细菌关系的认知。Nature Reviews Microbiology近期发表综述，重点讨论了培养组学在人体菌群研究中的应用，值得专业人士关注。（@mildbreeze）
Nature：一文读懂皮肤菌群（必读综述）
Nature[IF:41.577]
① 皮肤菌群由细菌、古细菌、真菌和病毒组成，其与宿主的相互作用在皮肤生理免疫中扮演重要角色；② 皮肤菌群可生成各种生物活性分子，抑制病原体入侵，刺激表皮细胞产生免疫因子，作用于局部免疫细胞和外周神经系统，甚至促进伤口愈合；③ 细菌和真菌表面富含免疫原性分子，通过多种宿主受体驱动促炎症或抗炎症反应；④ 皮肤菌群成员可在共生性和致病性间转化，受宿主免疫状态、遗传易感性、皮肤屏障状态、菌群内部相互作用等多种因素调控。
Skin microbiota–host interactions
01-24, doi: 10.1038/nature25177
【主编评语】就在刚刚过去的1月23日，我们的日报用“迄今最全总结：皮肤上的细菌、真菌和病毒们”推荐了Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]发表的皮肤微生物组的重要综述（http://www.xunludkp.com/papers/read/1088237444），没想到3天后，Nature[IF：40.137]来了这篇！OMG，皮肤菌群在2018年要大火么？不论如何，好好看看吧！（@mildbreeze）
Cell：噬菌体生物学的新进展（综述）
Cell[IF:31.398]
① 基因组学、高分辨率显微技术、非模型噬菌体等的研究进展，拓展了对噬菌体的认知；② 宏基因组学揭示出多种环境中噬菌体的高丰度和多样性，噬菌体组在肠道中普遍存在；③ 多种机制决定了噬菌体感染细菌后的裂解-溶原性，如通过六肽决定因子 arbitrium在噬菌体间“沟通”等，原噬菌体也可作为分子开关；④ 噬菌体对抗细菌防御的策略：DGR系统带来的多样化噬菌体尾丝尖端，抗CRISPR蛋白；⑤ 有些噬菌体携带抗其他噬菌体的CRISPR-Cas系统。
Contemporary Phage Biology: From Classic Models to New Insights
03-08, doi: 10.1016/j.cell.2017.10.045
【主编评语】随着近年噬菌体基因组学的进展、高分辨率显微技术的出现，以及CRISPR-Cas细菌防御系统的发现，噬菌体研究再掀热潮。Cell上周发表的噬菌体研究进展综述，详细探讨了噬菌体生物学的复杂性，重点讨论了噬菌体基因多样性、溶原性决定机制、对抗细菌防御的策略等话题，推荐给研究噬菌体的专业人士。（@mildbreeze）
Science：吃肉对健康和环境有哪些不好？（综述）
Science[IF:41.058]
① 全球肉类消费整体上升，以中国等中等收入国家最为明显；② 肉类是能量和蛋白质、铁、锌、维生素B12等营养元素的优质来源，但可通过吃其它多样化的食物来替代；③ 对高收入西方国家的研究表明，红肉和加工肉的高摄入与总死亡率上升相关，加工肉可增加结直肠癌、心血管疾病死亡、糖尿病等风险，可能与含有的潜在致癌物和饱和脂肪等有关；④ 肉类生产中（尤其是牛羊肉）单位能耗造成的温室气体排放超过植物类食物，对环境和生态造成不良影响。
Meat consumption, health, and the environment
07-20, doi: 10.1126/science.aam5324
【主编评语】随着收入增加，人们对肉类的消费也在不断增长。Science本周发表综述，讨论了吃肉，尤其是加工肉，对人体健康的害处及机制，并详细阐述了肉类生产过程对环境的不良影响，值得关注。（@mildbreeze）
Nature Reviews：一文读懂调控能量平衡的信号通路（综述）
Nature Reviews Neuroscience[IF:32.635]
① 内分泌细胞分泌胰高血糖素样肽1（GLP1）、YY肽（PYY）、胆囊收缩素（CCK）、饥饿激素、瘦素和胰岛素等循环激素；② 营养素及其副产物等信号直接作用于下丘脑、后脑或周围神经元，如刺豚鼠相关蛋白（AGRP）/Y神经肽（NPY）以及阿黑皮素原（POMC）神经元，调控进食以及长期能量平衡；③ 菌群调控宿主能量稳态，迷走神经调控短期进食；④ 胆汁酸通过GPCR19受体和FXR受体起作用；⑤ 生长分化因子5（GRF5）连接免疫系统与中枢神经系统对进食的调控。
Signalling from the periphery to the brain that regulates energy homeostasis
02-22, doi: 10.1038/nrn.2018.8
【主编评语】大脑感知并整合来自其他组织器官的信号，从而影响摄食行为和身体的长期能量稳态。近期Nature Reviews Neuroscience[IF：28.88]发表的重要综述，总结了从外围到大脑的相关信号通路，干货很多，强烈推荐。（@沈志勋）
Nature Reviews：同种异体造血干细胞移植中的肠道菌群损伤（综述）
Nature Reviews Cancer[IF:42.784]
① 同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）中，可危及生命的主要并发症包括移植物抗宿主病（GVHD）、复发和感染；② allo-HSCT后，肠道菌群多样性显著下降，感染并发症增加；③ allo-HSCT破坏肠道屏障与稳态，GVHD及抗生素的使用损伤肠道菌群，菌群代谢可影响宿主免疫应答，短链脂肪酸（SCFA）等起保护作用；④ 使用窄谱抗生素、益生菌、益生元等有益于肠道菌群；⑤ 肠道菌群调控宿主免疫，可做为预防复发和改善allo-HSCT总体生存期的靶点。
Gut microbiota injury in allogeneic haematopoietic stem cell transplantation
02-16, doi: 10.1038/nrc.2018.10
【主编评语】同种异源造血干细胞移植（allo-HSCT）是一种强效的血液癌症疗法，但是可能造成移植物抗宿主病等严重并发症，使该疗法的应用受到很大限制。Nature Reviews Cancer[IF：37.147]近期发表了一份综述，主要讨论了allo-HSCT过程中可能造成的肠道菌群损伤，提示针对肠道菌群的治疗干预手段，或可用于改善allo-HSCT疗法的预后。强烈推荐专业人士关注。（@沈志勋）
Nature Reviews：共生菌和致病菌与肠道黏膜屏障间的互作（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 肠道共生菌酵解膳食纤维生成短链脂肪酸，供给肠道细胞能量；② 肠道细胞分泌黏液覆盖上皮粘膜层，共同构成肠粘膜屏障， 黏液中含有的IgA和抗菌肽抵御有害共生菌和病原体入侵；③ 肠道致密共生菌保护其抵御病原体，而肠蠕动和附着性促进病原体定殖，肠道菌群组成或生理改变破坏肠粘膜屏障完整性；④ 小肠粘膜屏因具营养吸收功能，粘液层较薄；⑤ 致病菌的入侵策略包括：利用上皮细胞谱系、分泌酶降解粘液并破坏紧密连接、破坏粘液层和粘液生成。
Interactions of commensal and pathogenic microorganisms with the intestinal mucosal barrier
06-14, doi: 10.1038/s41579-018-0036-x
【主编评语】Nature Reviews Microbiology上的一篇综述，详细介绍了肠道共生菌群与肠道黏膜屏障的互作，以及致病菌是如何破坏肠道屏障而入侵的。（@沈志勋）
Science：膳食脂肪并非“敌人”（综述）
Science[IF:41.058]
① 饮食中碳水化合物/脂肪比例（C/L）对肥胖、糖尿病、心血管疾病和癌症的影响复杂，低脂饮食和低碳水化合物饮食在不同研究中分别显示出促健康作用；② 脂肪、碳水化合物的来源以及分子特性，会影响二者对机体健康的作用；③ 不存在通用的最优膳食C/L，重视营养成分质量的情况下，健康膳食中C/L的浮动范围很大；④ 需要加大科研投入，深入研究膳食中C/L、营养物质质量对健康的影响；⑤ 代谢异常和糖尿病病人等群体，需要更有针对性的饮食结构。
Dietary fat: From foe to friend?
11-16, doi: 10.1126/science.aau2096
【主编评语】膳食中碳水化合物/脂肪比例对健康的影响广受关注。本综述回顾了一系列膳食与慢性疾病的关联性研究，总结了营养学界在膳食成分比例、质量对健康的影响方面的分歧和共识，指出膳食中碳水化合物/脂肪比例对健康的影响还缺乏定论，同时也肯定了特定条件下调整膳食成分比例的促健康潜力。（@小肠君）
ARI：一文读懂肠道菌群相关IgA（综述）
Annual Review of Immunology[IF:22.714]
① IgA具有中和毒素和病毒、阻止过多活菌的粘附或转位、清除上皮表面多余的大分子结构等功能；② IgA结合可预测促炎症菌群，适当多样化的IgA是维持菌群分类多样性所必需的；③ 导致IgA多样性的体细胞突变过程可在肠道次级淋巴样组织中进行，而不需要高亲和性B细胞受体参与；④ 结合型IgA可修饰菌群代谢，消除粘膜炎症应答；⑤ 通过高通量测序技术分析菌群或IgA的多样性，有助于选择性靶向不同类型的菌群，并帮助研究IgA多样化的轨迹。
IgA Function in Relation to the Intestinal Microbiota
01-26, doi: 10.1146/annurev-immunol-042617-053238
【主编评语】免疫球蛋白A（IgA）是黏膜免疫中的关键因素之一，也是母乳中富含的成分，对婴儿的肠道和菌群发育都有重要影响。近期Annual Review of Immunology[IF：28.396]上线了一篇重要综述，全面介绍了肠道菌群相关的IgA功能，干货十足，强烈推荐。（@沈志勋）
TM：肠道菌群有哪些抗细菌武器（综述）
Trends in Microbiology[IF:11.776]
① 肠道菌群是一个复杂的生态系统，细菌在其中互相交换物质与信息促进共生，也可能因争夺生态位及营养物质发生战争；② 肠道共生菌群可通过竞争营养物质、产生毒力因子等手段抑制致病菌的定殖；③ 攻击性细菌可分泌细菌素杀伤其它细菌，细菌素的受体结构域可结合靶细菌的特定受体，随后细菌素的易位结构域帮助活性结构域进入靶细菌；④ 在接触依赖性生长抑制中，攻击性细菌可通过VI型分泌系统（T6SS）将效应分子注射进入靶细菌内。
Antibacterial Weapons: Targeted Destruction in the Microbiota
04-01, doi: 10.1016/j.tim.2018.01.006
【主编评语】肠道菌群内部不仅存在“和平”的共生关系，在涉及到营养物质及生态位竞争时，以及碰到外来“入侵”的病原体时，需要通过自身的抗菌“武器”来杀灭对手。这篇综述详细介绍了肠道共生菌的抗菌“武器”，值得一读。（@沈志勋）
Science：“吃”出来的世界冠军（综述）
Science[IF:41.058]
① 膳食干预主要通过提高碳水化合物利用效率，满足竞技运动中机体的能量需求；② 运动员的饮食需长期规划，在比赛和训练中不同的代谢条件下，需平衡体内能量和物质；③ 分子生物学知识有助于优化运动员饮食规划，通过一定训练和饮食管控策略，可提高产能相关代谢途径的效率；④ 饮食干预有助于缓解或延缓疲乏的产生，提高运动员的能量利用效率；⑤ 运动相关的膳食科学需要与实践经验相互结合，竞技运动员的实践经验有助于制定个性化饮食计划。
Swifter, higher, stronger: What’s on the menu?
11-16, doi: 10.1126/science.aau2093
【主编评语】优秀的饮食计划有助于提高运动员的竞技表现。本文剖析了一系列提高运动员成绩的现代营养学方法，展现了运动营养学针对于不同竞技需求所展现出的多样性；同时也强调了在提高运动员竞技状态领域，分子生物学、营养科学需要与运动员的训练、竞技实践经验相结合，制定有针对性的运动膳食干预策略。（@小肠君）
Lancet子刊：肠道失调引发炎性衰老促癌症（综述）
The Lancet Oncology[IF:36.418]
① 衰老相关的肠道菌群失调，如有益微生物（Akk菌和短链脂肪酸生成菌等）减少，削弱了对致病菌的抑制，破坏肠道屏障完整性；② 菌群产物穿过肠道“漏洞”引发一系列炎症反应，促进生成TNFα、IL-1、IL-6等促炎性细胞因子，使身体处于慢性促炎症状态（炎性衰老）；③ 炎性衰老对免疫系统有负面影响，抑制髓样细胞对老化和癌变细胞的清除，促进肿瘤生长；④ 通过调节肠道菌群进行干预，或能减少炎性衰老、改善免疫功能，降低老年人的癌症风险。
Gut dysbiosis: a potential link between increased cancer risk in ageing and inflammaging
06-01, doi: 10.1016/S1470-2045(18)30095-0
【主编评语】衰老伴随着癌症风险的增加，近年来的研究提示，衰老相关的肠道菌群失调及其引发的慢性促炎症状态（炎性衰老）可能是重要原因。The Lancet Oncology[IF：33.9]近期发表综述型文章，详细回顾了与这一假说相关的研究进展，并强调了系统性炎症和髓样细胞的作用，非常值得关注。（@mildbreeze）
Science：种间竞争塑造菌群（综述）
Science[IF:41.058]
① 细菌竞争的武器有：抗菌肽、毒素等，它们的结构、靶标、作用机制、作用范围各不相同；② 一些仅限于种内杀戮，另一些则能跨属、科、目发挥作用；③ 一些抗微生物毒素通过阻止病原体的侵入在菌群介导的定殖抗性中起作用，一些病原体使用毒素“攻击”土著微生物群体，完成入侵并引发疾病；④ 不过，这些拮抗作用有时候不但不会降低生物多样性，还会通过促进空间隔离的方式增加生物多样性；⑤ 细菌的竞争表型是受调控的，是对各种环境信号的反应。
Bacterial antagonism in host-associated microbial communities
09-20, doi: 10.1126/science.aat2456
【主编评语】哺乳动物的肠道微生物群是多样的和动态的，肠道细菌对饮食和药物摄入敏感。然而，在健康的成年人中，微生物群落组成随着时间的推移保持相对稳定。Science发出的综述中，归纳了肠道细菌物种争夺空间和资源的机制：包括抗生素，细菌素，毒素和运输装置。这些“细菌”武器为潜在的治疗开发提供了宝贵的资源。（@gaoch）
Cell: 共生菌群通过不断演化适应宿主及环境 （综述）
Cell[IF:31.398]
① 人体共生菌群基因的演化和交换在菌株、菌群和生境水平上同时发生，从而适应生物性和非生物性的筛选压力；② 菌株水平，通过单核苷酸多态性差异、基因转座和拷贝数变化，保留有利突变表型，适应宿主和筛选压力；③ 菌群水平，菌株之间通过水平基因转移获适应性；④ 生境水平，人体共生菌群是开放系统，在外源微生物入侵时可从其他生境中获得新基因；⑤ 从菌株水平研究共生菌在宿主内的适应性演化，对菌群干涉、个性化疾病治疗等具有重要意义。
Multiscale Evolutionary Dynamics of Host-Associated Microbiomes
03-08, doi: 10.1016/j.cell.2018.02.015
【主编评语】Cell[IF：30.41]近期发表综述，总结了近年来人体共生菌群适应性演化相关领域的研究进展，指出共生菌群的演化是在菌株、菌群、生境多个层次同时发生的，而且与宿主密切相关。文章引用了大量肠道菌群、皮肤菌群相关人体研究成果，从遗传学、微生物生态学角度对饮食、抗生素、重金属、菌株间竞争等筛选压力导致的菌群变化做了系统性论述，值得专业人士参考。（@小肠君）
Nature Reviews：饮食的菌群代谢物如何影响心血管健康（一图读懂）
Nature Reviews Cardiology[IF:15.162]
① 心衰（HF）引发肠壁水肿和屏障功能损伤，可促进菌群移位和炎症，心衰患者肠道菌群组成和多样性改变；② 菌群代谢膳食胆碱等生成三甲胺（TMA），经肝脏酶转化成TMAO，可促进HF、动脉粥样硬化和血栓；③ 膳食纤维的菌群产物短链脂肪酸，可改善肠道屏障、抑制炎症和调节血压，改善HF；④ 次级胆汁酸组成与菌群相互影响，靶向胆汁酸受体可抑制炎症、改善HF；⑤ 饮食干预、益生菌/元、TMA裂解酶抑制剂等靶向肠道菌群的疗法，或是防治HF的新思路。
Dietary metabolism, the gut microbiome, and heart failure
11-08, doi: 10.1038/s41569-018-0108-7
【主编评语】来自Nature Reviews Cardiology的长篇综述，详细介绍了膳食的肠道菌群代谢物（TMA和TMAO，短链脂肪酸，胆汁酸）对心衰等心血管疾病风险的影响机制，并探讨了靶向菌群防治心血管疾病的潜在疗法。（@mildbreeze）
Nature Reviews：一文读懂肠上皮的屏障功能（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 肠上皮不仅吸收营养，还是免疫监控的重镇，其防御/屏障作用限制有害物质和微生物移位到身体其他部位；② 扰动肠道屏障功能，可引起肠道甚至行为和代谢等疾病；③ 细胞内、细胞间和宿主-菌群间的多种信号系统，参与调节肠道屏障功能；④ 涉及肠上皮细胞（肠内分泌细胞、簇细胞、杯状细胞和潘氏细胞）与肠神经和免疫系统间的多向互作，以及肠道菌群及其产物与多种细胞/系统间的互作；⑤ 靶向这些信号系统的治疗策略，可改善肠道健康。
Neuroimmunophysiology of the gut: advances and emerging concepts focusing on the epithelium
08-01, doi: 10.1038/s41575-018-0051-4
【主编评语】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology发表的最新综述，详细阐述了调节肠道屏障的多种因素，包括各种肠上皮细胞、肠神经系统、免疫系统和肠道菌群，及其之间的互作，强烈推荐专业人士阅读学习。（@mildbreeze）
一文读懂：菌群对情绪、认知和行为的影响（综述）
Trends in Cognitive Sciences[IF:15.557]
① 无菌动物和粪菌移植等实验手段，初步确认肠道菌群对情绪、认知和行为等心理学过程的影响，但仍需深入研究；② 肠道菌群通过肠脑轴多途径与大脑沟通：SCFA和神经递质等菌群代谢物、细胞因子和炎症、肠道激素、迷走神经等；③ 有研究支持精神益生菌/元的作用，也有初步临床试验表明粪菌移植对自闭症有一定改善，但切忌过度乐观；④ 应将菌群纳入主流心理学研究，着重于精神疾病的菌群特征、认知衰退中菌群的作用、精测心理功能与菌群的关系。
The Microbiome in Psychology and Cognitive Neuroscience
06-12, doi: 10.1016/j.tics.2018.04.006
【主编评语】Trends in Cognitive Sciences近期发表的一篇长综述，详细回顾了菌群-脑-行为轴的研究进展，包括动物和人体试验的相关结论，着重于菌群在情绪、认知、社会行为和自闭症中的作用。此外，作者呼吁主流心理学研究者加入这一领域，并对重点研究方向提出建议，值得专业人士关注。（@mildbreeze）
Lancet子刊：用营养干预来预防老年认知障碍（综述）
The Lancet Neurology[IF:27.138]
① 恰当的营养摄入可能降低老年人患认知障碍和痴呆的风险；② 特定营养素（叶酸等B族维生素、类黄酮等抗氧化剂、维生素D和n-3脂肪酸等）和食物类别（鱼和海鲜、蔬菜、水果和适量的酒精、咖啡和茶等），可能对老年人认知功能有保护性作用，尤其是缺乏特定营养或遗传易感的个体；③ 饱和/反式脂肪和胆固醇的影响仍不明确；④ 健康饮食模式（地中海饮食、得舒饮食、北欧饮食等）的保护性作用，比单独的营养素和食物类别，有更高的证据强度。
Nutrition and prevention of cognitive impairment
09-20, doi: 10.1016/S1474-4422(18)30338-7
【主编评语】如何通过营养干预来减少老年人的认知障碍和痴呆风险，是大众和不少研究者感兴趣的研究方向。The Lancet Neurology近期发表综述，详细回顾了该领域近年来的纵向观察性研究和临床试验，值得参考。（@mildbreeze）
Lancet子刊：精准营养管理2型糖尿病（综述）
The Lancet Diabetes and Endocrinology[IF:19.313]
① 营养基因组学可鉴定出影响特定营养素摄取和代谢的基因变异，代谢组学可揭示食物和营养素消耗的代谢谱；② 基于组学数据，可通过饮食干预改变肠道菌群的丰度、组成及活性，影响食物代谢及血糖控制；③ 手机app及可穿戴设备易于实时评估饮食摄入并反馈，辅助糖尿病管理；④ 上述技术与大数据整合可提供个体化营养指导，有效预防和管理2型糖尿病；⑤ 挑战在于：缺乏可重复性的结果、组学技术昂贵、仍需高质量的健康饮食/规律运动以维持健康体重。
Precision nutrition for prevention and management of type 2 diabetes
02-09, doi: 10.1016/S2213-8587(18)30037-8
【主编评语】基因组学和代谢组学的发展、智能可穿戴设备的普及，结合大数据分析，可有效地指导健康人和患者的饮食，从而更好地预防和管理2型糖尿病。但即使有了技术的进步，良好的饮食习惯和规律的运动仍是保持健康的最好方法。这篇Lancet子刊近期发表的综述，总结了精准营养管理2型糖尿病的现状、进展和挑战，值得关注。（@沈志勋）
肠道菌群与代谢疾病：进展、机制和陷阱（综述）
Gut[IF:17.016]
① 代谢疾病中，基因、食物和药物影响菌群组成和数量、代谢产物和免疫间的平衡；② 菌群组成与肠道黏液层、抗微生物信号和SCFA生成相关；③ 丙酸和丁酸作用于GPCR，促进L细胞生成肠肽调节能量摄入和血糖，影响MAIT和Treg等免疫细胞，还能激活PPAR-γ以维持肠道厌氧环境，影响肠道屏障功能；④ 粪便普雷沃氏菌和Akk菌的研究提示，特定细菌的有益/害作用可能受多种因素影响，而不是绝对的；⑤ 谨防菌群研究中的“陷阱”，关联性不等于因果性。
Human gut microbiome: hopes, threats and promises
06-22, doi: 10.1136/gutjnl-2018-316723
【主编评语】Gut近期发表综述，着重探讨了肠道菌群与代谢疾病的研究进展和可能的机制，列举了粪便普雷沃氏菌和Akk菌的相关研究，提醒研究者和关注菌群的人，谨慎对待研究结论，切记关联性不等于因果性，值得关注。（@mildbreeze）
Cell子刊：一文读懂，肠道菌群如何调节色氨酸代谢（综述）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 在肠道中，色氨酸代谢主要通过3个途径；② 肠道菌群直接代谢色氨酸，代谢产物包括芳香烃受体的配体，在免疫稳态、肠道屏障功能中发挥作用；③ 免疫细胞及上皮细胞通过吲哚胺2,3-加双氧酶1（IDO1）介导的犬尿氨酸途径，在炎症、免疫反应、神经功能中扮演重要角色；④ 肠嗜铬细胞通过色氨酸羟化酶1（TpH1）介导的5羟色胺产生途径，肠道来源的5羟色胺具有刺激肠道运动、促进肠-脑轴信号等功能；⑤ 在不同疾病中，3个代谢途径受到不同的影响。
Gut Microbiota Regulation of Tryptophan Metabolism in Health and Disease
06-13, doi: 10.1016/j.chom.2018.05.003
【主编评语】肠道菌群代谢色氨酸产生的产物是菌群-宿主互作的一个重要方式。Cell Host and Microbe上发表的一篇最新综述，详细介绍了肠道中的3种主要色氨酸代谢途径，以及肠道菌群如何直接参与或间接调节这些途径，并阐述了3种代谢途径在不同疾病状态下发生的不同变化，推荐阅读。（@沈志勋）
Nature Reviews：胖人的肠道菌群如何促炎促癌（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 低度炎症是肥胖并发症（糖尿病和心脏病）和胃肠道癌（如肝癌、胰腺癌和结肠癌）共同的特点之一，与肠道菌群紊乱有关；② 肥胖患者中，肠道菌群的失调与肠道屏障功能障碍相关，引起的内毒素血症可导致炎症反应的发生；③ 肥胖患者的肠道菌群中，可产生短链脂肪酸的细菌丰度降低，抑制了GPR43及GPR109A的活化，后两者可通过抗菌肽、紧密连接蛋白及Treg促进上皮细胞中的抗炎症反应；④ 肠道菌群失调引起的脱氧胆酸增加也可能促进癌症发生。
Gut microbiota-mediated inflammation in obesity: a link with gastrointestinal cancer
05-29, doi: 10.1038/s41575-018-0025-6
【主编评语】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇综述，介绍了在肥胖中，肠道菌群失调可能通过触发炎症反应、改变代谢产物组成等方式促进胃肠道癌症的发生。（@沈志勋）
Nature Reviews：炎症、代谢和菌群如何影响衰老（综述）
Nature Reviews Endocrinology[IF:20.265]
① 来自病原体、营养、肠道菌群和自身的信号，都可激活先天免疫，对先天免疫的长期刺激可引起慢性非感染的低度炎症，即炎性衰老；② 代谢炎症是由营养过度引起的慢性炎症，其分子机制在很大程度上与炎性衰老相同；③ 肠道菌群可释放炎性产物、影响生理节律、与其它器官和系统互作，在代谢炎症和炎性衰老中有核心作用；④ 炎性衰老导致的慢性疾病可加速衰老，DNA甲基化、糖组学、代谢组学和脂类组学等可用于研究代谢疾病中的衰老生物标志物。
Inflammaging: a new immune–metabolic viewpoint for age-related diseases
07-25, doi: 10.1038/s41574-018-0059-4
【主编评语】Nature Reviews Endocrinology近期发表长综述，详细讨论了衰老过程中的炎性衰老、代谢炎症和肠道菌群因素，推荐关注。（@mildbreeze）
Cell子刊：一文读懂结直肠癌相关的肠道菌群（综述）
Cancer Cell[IF:22.844]
① 结直肠癌相关的特定菌种包括：具核梭杆菌、产colibactin的大肠杆菌、产肠毒素的脆弱拟杆菌（ETBF）等；② 具核梭杆菌通过活化β-连环蛋白使肠道上皮细胞（IEC）生长失控；③ 编码聚酮化合物合成酶的大肠杆菌产生的colibactin具有基因毒性；④ ETBF可诱导精胺氧化酶产生活性氧，以损伤DNA；⑤ 硫酸盐还原细菌可产生具有基因毒性的硫化氢；⑥ 短链脂肪酸可通过抗炎、加强肠道屏障、减少IEC活性氧以抑制结肠炎症及肿瘤发生，但其作用及机制还有争议。
The Intestinal Microbiota in Colorectal Cancer
04-12, doi: 10.1016/j.ccell.2018.03.004
【主编评语】Cancer Cell上发表的重要综述，详细介绍了与结直肠癌相关的特定细菌物种（包括具核梭杆菌、大肠杆菌、脆弱拟杆菌），及这些菌种的可能致癌机制，值得仔细阅读。（@沈志勋）
一图读懂：菌群如何影响感染性疾病（综述）
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 微生物组与人体健康，尤其是感染性疾病的发生息息相关；② 高纤维饮食通过菌群促进SCFA、抗菌肽和黏蛋白的生成，形成定植抗性，阻止肠道感染的发生；③ 易感性也与菌群组成有关：以乳杆菌属为主的阴道菌群可减少感染并增强对HIV的抗性，维持呼吸道菌群的平衡和低度多样性或有助于防止感染；④ 单独或联合使用益生元/益生菌、粪菌移植可用于治疗感染性疾病；⑤ 感染性疾病发生的菌群内在机制及功能的改变、不同菌群间的互作等仍需更多研究。
The role of the microbiota in infectious diseases
12-13, doi: 10.1038/s41564-018-0278-4
【主编评语】菌群可对外来病原体产生定殖抵抗，帮宿主预防感染性疾病。来自Nature Microbiology的长综述对菌群在感染性疾病中的作用，特别是其定殖抵抗的机制，进行了详细介绍和讨论，值得专业人士好好看看。（@mildbreeze）
Nature Reviews：工程菌在诊断及治疗中的应用（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]
① 基因工程细菌可用于靶向递送药物，减少药物的全身暴露而提高疗效；② 工程菌可表达直接作用于宿主的药物或分子、局部裂解前药的酶、抗菌肽，以及诱导免疫活化或免疫耐受；③ 并可避免药物在血流中或上消化道内降解，将药物递送至经口或胃肠外途径难以到达的部位；④ 生物污染与生物安全性是批准其在临床检验和应用的关键因素；⑤ 系统生物学整合复杂的合成控制环路，如记忆环路、逻辑门、状态机制，将工程菌的治疗性表达与特定环境背景相结合。
Engineering bacteria for diagnostic and therapeutic applications
02-05, doi: 10.1038/nrmicro.2017.172
【主编评语】除了益生菌，经过DNA改造的“智能”工程菌也可用于疾病的诊断和治疗，目前的研究集中在对糖尿病、IBD、HIV感染和癌症等疾病的诊疗应用。近期Nature Reviews Microbiology[IF：26.819]发表了哈佛大学Pamela Silver教授主笔的综述，总结和讨论了这一领域取得的进展和面临的挑战，非常值得关注。（@沈志勋）
Nature Reviews：饮食如何影响IBD（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 西式饮食（红肉、加工食品、精制糖、饱和脂肪）增加IBD的风险；② 可能的机制包括引起肠道菌群失调，破坏肠道屏障功能，改变促炎症性Th17细胞与调节性T细胞（Treg）的比例；③ 地中海饮食（摄入大量水果与蔬菜、全谷物及海鲜）增加肠道菌群多样性，维持完整的肠道屏障功能，平衡Th17细胞与Treg的比例；④ 在一些前瞻性研究中发现，亚油酸、血红素铁等与IBD风险增加相关，DHA、膳食纤维、锌、钾、牛奶等与IBD风险降低相关。
The role of diet in the aetiopathogenesis of inflammatory bowel disease
05-22, doi: 10.1038/s41575-018-0022-9
【主编评语】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇重要综述，介绍了饮食因素对IBD的影响以及背后的机制，推荐阅读。（@沈志勋）
Nature Reviews：吃出健康！解析饮食和菌群的关键作用（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 饮食成分可直接或间接（通过影响宿主代谢、免疫和肠道屏障等）塑造肠道菌群的组成和功能，饮食量和进食节律等也是重要因素，遗传和外界因素增加了饮食对菌群影响的复杂性；② 纤维、脂肪、动物蛋白、添加剂、矿物质、植物活性物质等与菌群互作，影响菌群的免疫调节作用和代谢产物、改变宿主基因表达，在局部和系统层面影响健康和疾病，但目前研究尚存矛盾，仍面临不少挑战；③ 基于饮食的菌群疗法中，“量身定制”的个性化营养正在起步。
You are what you eat: diet, health and the gut microbiota
09-27, doi: 10.1038/s41575-018-0061-2
【主编评语】很多疾病都与吃有关，除了饮食本身，肠道菌群也有重要作用。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology本周发表了由Eran Elinav主笔的重磅综述，详细介绍了饮食/营养与菌群领域的相关研究进展：饮食如何影响肠道菌群、饮食与菌群的互作如何影响健康、如何将这些新知识和概念整合到营养干预中，也讨论了目前的研究和转化应用中面临的挑战和解决方法，非常值得专业人士关注。（@mildbreeze）
Gut：应对IBD的关键——饮食（必读综述）
Gut[IF:17.016]
① 近3年来，关于炎症性肠病（IBD）的发生机制有激动人心的进展，特别是明确了在遗传之外，环境尤其是因饮食而改变的肠道菌群至关重要；② 在针对克罗恩病人的治疗中，肠外营养被证明可缓解症状，施行4周以上，可减少外科手术介入；③ 基于肠外营养方案剔除特定成分的饮食、特定天然食品都可缓解病情，并作为生物或组合疗法失效后的挽救治疗；④ 对病人进行饮食教育值得推崇，虽然还在起步阶段，但利用饮食治疗IBD的方法应该会在临床带来获益。
Evolving role of diet in the pathogenesis and treatment of inflammatory bowel diseases
05-18, doi: 10.1136/gutjnl-2017-315866
【主编评语】这是Gut在今年5月发表的一篇重量综述，系统阐述了饮食在炎症性肠病（IBD）的发生和治疗过程中的重要作用，关注利用饮食干预以治疗疾病的人应该好好看看这篇文章，会很受启发。（@热心肠先生）
从生物膜的视角看肠道菌群
Trends in Microbiology[IF:11.776]
① 生物膜是细菌形成的聚集体，有利于保护内部细菌，增加竞争优势；② 健康肠道粘膜生物膜的形成有利于促进微生物与宿主间的协同作用，且更可能形成于肠道的隐蔽区域；③ 致病菌生物膜在肠道疾病中起关键作用，如为病原体提供保护环境，逃避宿主免疫，破坏肠上皮细胞，促进伤口感染，导致病情恶化等；④ 含有致病菌的肠道生物膜的变化可能是肠道健康与否的一个重要临界点，可通过鉴定关键菌种及相关代谢物实现肠道疾病早期诊断和靶点治疗。
Bowel Biofilms: Tipping Points between a Healthy and Compromised Gut?
09-12, doi: 10.1016/j.tim.2018.08.009
【主编评语】生物膜是微生物的天然存在形态。肠道生物膜指的是肠道中的微生物以多物种、多细胞形式组装成具有一定高级空间结构的微生物聚集体。生物膜具有保护内部细菌，促进物种互作等作用。Trends in Microbiology上发表的这篇关于肠道生物膜的观点论文，值得相关研究人员关注。（@gaoch）
张友明+尹佳：挖掘肠道菌群天然产物的“宝藏”（综述）
Trends in Biotechnology[IF:13.578]
① 肠道菌群可产生大量不同结构和生物活性的次生代谢产物，在药物研发等方面很有应用前景；② 除了代谢饮食成分，菌群还能通过生物合成基因簇，生成有独特结构和功能的天然产物；③ 挖掘这些“宝藏”的策略主要基于基因组/宏基因组、培养组和代谢组学，三者各有优劣，且彼此间的边界正在消失，将两种或以上的策略相结合，有助于加速对这些代谢物质的挖掘研究；④ 机器学习可用于在临床和实验室中开发代谢组学数据库和构建代谢网络模型。
Natural Products from Mammalian Gut Microbiota
11-01, doi: 10.1016/j.tibtech.2018.10.003
【主编评语】肠道菌群有巨大的生物合成潜力，生成的天然产物在医药、农业和食品加工业有广泛的应用前景。Cell旗下刊物Trends in Biotechnology近期发表了由山东大学张友明和湖南师范大学尹佳等共同撰写的综述，详细介绍了哺乳动物肠道菌群次生代谢产物的结构和功能的多样性，探讨了挖掘这些“宝藏”的策略和方法，非常值得专业人士关注。（@mildbreeze）
Nature Reviews：肠道菌群如何影响食物过敏（综述）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 肠道菌群可降解或修饰食物中的抗原或过敏原以调节其免疫原性；② 肠道菌群失调或病原体感染可影响肠道屏障功能，后者是影响食物过敏的一个重要因素；③ 肠道菌群代谢产生的短链脂肪酸及色氨酸衍生物等可调节粘膜免疫；④ 粘膜树突细胞呈递食物抗原给naive Th细胞，促进后者分化为Treg细胞，病毒-宿主互作可抑制Treg的分化，引起宿主对食物抗原的致病性应答；⑤ 肠道寄生虫引起的IL-10产生可抑制2型免疫反应，在食物过敏中起保护作用。
Mechanisms by which gut microorganisms influence food sensitivities
09-13, doi: 10.1038/s41575-018-0064-z
【主编评语】来自Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology的一篇综述文章，详细阐述了肠道菌群是如何从不同角度影响食物过敏的，包括肠道菌群对食物抗原的修饰、肠道菌群代谢产物对粘膜免疫的调节等。（@沈志勋）
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