据国家卫健委消息，9月16日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例84例。其中境外输入病例22例（云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（浙江1例，河南1例）；本土病例62例（福建61例，其中厦门市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例；云南1例，在德宏傣族景颇族自治州），含1例由无症状感染者转为确诊病例（在福建）。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例（均在上海）。当日新增治愈出院病例45例，解除医学观察的密切接触者661人，重症病例较前一日增加1例。31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入14例，本土6例（均在福建莆田市）；当日转为确诊病例3例（境外输入2例）；当日解除医学观察12例（境外输入11例）；尚在医学观察的无症状感染者378例（境外输入359例）。
9月16日，福建莆田，湄洲岛轮渡核酸检测点。视觉中国
9月16日0时至24时，北京无新增本地确诊病例、疑似病例和无症状感染者；无新增境外输入确诊病例、疑似病例，新增1例境外输入无症状感染者。治愈出院2例。
截至目前，福建此轮疫情已蔓延至莆田、厦门、泉州、漳州四地。据福建漳州市应对新冠肺炎疫情工作指挥部16日消息，16日凌晨0时10分，漳州市台商投资区发现1例新冠病毒核酸检测阳性患者。该患者9月15日下午6时因喉咙痛、低烧就诊漳州某医院发热门诊，经复核，核酸检测阳性。根据患者的流行病学史、临床表现及实验室检测结果，初步判定该病例为新冠肺炎确诊病例（轻型），感染来源为患者所在单位厦门同安区湖里工业园某公司的同事。9月16日凌晨，台商投资区第一时间对初步判定居住在该区的密切接触者17人进行集中医学观察，并抓紧排查其他密接、次密接人员，对排查出的外地密接、次密接人员发函属地单位协查。现已严格按有关规程对患者所在小区进行封控管理，开展全员核酸检测，对相关场所及环境进行消杀。福建近日已报告超200例阳性病例。据央视新闻报道，国家卫健委赴福建工作组专家研判：①目前福建疫情处于上升期，疫情形势依然十分严峻；②莆田疫情低龄儿童感染多，目前症状较轻；③目前还未发现疫情向外省外溢，福建省内其他城市应提高警惕。9月16日下午，国务院联防联控机制召开新闻发布会。介绍进一步做好疫情防控和疫苗接种有关情况，并答记者问。 国家卫健委新闻发言人米锋介绍，自9月10日以来，本轮疫情新增本土确诊病例一半以上为中小学幼儿园师生和工厂员工，场所聚集性感染明显。此前，据福建省莆田市仙游县应对新冠肺炎疫情工作指挥部办公室9月10日通报，经专家研判，本次疫情源头疑似为新加坡入境人员林某杰导致的传染链条。对此有记者提问，根据媒体报道，在福建发生的聚集性疫情中，有病例是在隔离期间多次核酸检测均为阴性，21天解除隔离后，转为阳性，请问该如何理解这一现象？中国疾控中心免疫规划首席专家王华庆表示，目前根据流行病学调查，还有抗体水平检测，尤其是根据基因测序的比对分析，该名病例有非常大可能性是在隔离期间感染上的，从而导致了后续疫情的发生。厦门市应对新冠肺炎疫情工作指挥部今天发布通告，经专家研判，自2021年9月17日起，以下区域为高风险地区：
1.将划定的高风险地区（同安区新民镇湖里工业园以东、同明路以西、集安路以南、集贤路以北）范围扩大至同安区新民镇乌涂社区
2.同安区新民镇西塘社区
以下区域为中风险地区：
1.思明区中华街道仁安社区部分区域[苏厝街14-1、14-2、16、18、20、26、28、30、32、34、71、73、75、77、91号，外清巷1、2、3、3-1、3-5、4、6、8、10、13、17、19、21号，盐溪街12号-36号（双号）、1号-33号（单号）、52号-58号（双号）、62号-70号（双号）、78号-102号（双号），虞朝巷（全部门牌号），吴厝巷9、10、11、12、13、14、16、17、19、21、23号]
2.思明区开元街道后江社区福满家园小区
3.同安区西柯镇官田洋一里
4.同安区新民镇梧侣村
5.同安区新民镇柑岭村截至9月17日8时30分，全国共有3个高风险地区，11个中风险地区。北京日报客户端记者 孙乐琪 杨绪军 赵凯峰，部分来源：央视新闻客户端、新华社、漳州市卫健委、厦门日报