转录组入门(2)：读文章并拿到测序数据

• 转录组入门的第二周，你学的怎么样了?

下面进入正题：阅读文献，下载数据！ 
本次入门系列阅读和使用的是这篇文献的数据“AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors.” Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034.很容易找到里面的RNA-seq数据GSE81916。

数据下载

1.mkdir data & cd data
2.for i in {54..62}; do  wget  ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra

注意：我们只需要mRNA-seq的测序数据，RNA-immunoprecipitation (RIP)-seq本次入门不考虑。在这里我们也用到了循环，为方便大家理解，可以试一下下面这个简单的代码：

for i in {54..62}; do echo $i ; done

大家仔细看一下数据下载的链接，就可以找到GEO/SRA数据存放的规律

好了，这周的部分就到这里，下周我们会讲fastq数据相关内容，时间充裕的话建议大家做几件事情：

1.阅读上面的文章，对自己高要求，不能简单做一个只会分析数据的技术员，我们的目标还是科学家的嘛^_^ 嘻嘻…… 
2.大家尝试一下理解并自己写一个for循环，比如我想得到从54到58，60到62这么几个中间缺了59的数，那么这个循坏该怎么写呢？我们的公众号终于拿到原创和评论，大家有了答案可以向我们扔代码，欢迎调戏哟~

往期链接：

扫下面微信二维码添加好友，拉你入群，请注明姓名+单位+研究方向。

投稿、合作等事宜请发送到邮箱：[e-mail]

    欢迎添加入群   

（长按图片扫描二维码可添加微信）