认真的，当我一搜RSeQC时，出来的中文第一条就是这个的时候，我的心漏了一拍。还是非常的激动的。这都是健明大神的积累，造福了我们一批一批的小菜鸟。感谢。
作者为什么要开发RSeQC？
动机：RNA-seq已经被广泛地用于转录组研究。质量控制（Quality Control，QC）对于保证RNA-seq高质量且适合随后分析是至关重要的。然而，由于RNA-seq数据的巨大尺寸和多种性质，QC是一项耗时且复杂的任务。因此，特别需要一种方便且全面的QC工具以评估RNA-seq质量。结果：我们开发了RSeQC程序包以全面地评估RNA-seq实验的不同方面，例如序列质量、GC偏倚、PCR偏倚、核苷酸组成偏倚、序列深度、链特异性、覆盖均一性，和基因组结构上的片段分布。RSeQC使用能够用大部分RNA-seq比对工具生成的SAM和BAM文件，以及广泛用于基因模型的BED文件作为输入。RSeQC中的大部分模块利用了R脚本进行可视化，并且它们在处理包含数以亿计比对的大型BAM/SAM文件中是特别高效的。可用性和实现：RSeQC是用Python和C编写的。源码和一个全面的用户手册可以在http://code.google.com/p/rseqc/免费获得。
一：下载安装该软件
wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download
tar zxvf RSeQC.tar.gz
cd RSeQC-2.5/
进入目录查看文件内容如下，看到了setup.py，所以知道这个是一个python的包，需要安装到python的库下面。
我没有root权限，所以需要把这个软件安装到自己的目录下，同时会新建一个python的库路径，需要添加到python的库搜索路径
python setup.py install --root=/home/jmzeng/my-bin
安装完毕后，这个python模块在/home/jmzeng/my-bin/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/里面
安装完毕后，/home/jmzeng/my-bin/usr/local/bin 这个目录下面会多一堆的程序，就是我们这个 RSeQC软件包的东西啦
但是这个目录并不在我的PATH里面，需要添加
而且这样安装后面会报错，因为很多模块都不在路径里面~！~~~~当然把我自己的安装的python库添加到系统python的环境变量里面
所以python setup.py install --user 这样才是正确的
安装好后，所有这个包带有的python程序都在/home/jmzeng/.local/bin这个目录里面~！！！
二：准备数据
准备数据
该软件有提供一些测试数据，但是存放在drive.google.com里面，国内访问不是很容易，我们就根据要求自己创造一些吧，BED文件个SAM文件还有参考基因组的染色体长度信息文件和原始的reads的fasta格式文件。我这里是取的一个RNA-seq的测序fastq格式文件用tophat比对后的bam文件来做示范。
三：运行命令 && 四：输出文件解读
因为这是一个**python软件套装，里面至少含有十几个工具，我这里简单介绍几个常用的，其余的待有需要再去看看。**
1）bam_stat.py
比对片段检查（QC 失败、unique mapped、splice mapped、mapped 到合适对的 reads 等）
**例子：
bam_stat.py -i Pairend_nonStrandSpecific_36mer_Human_hg19.bam**
我的命令
python /home/jmzeng/my-bin/usr/local/bin/bam_stat.py -i accepted_hits.bam这是一个很变态的bug，ImportError: No module named qcmodule。是python这个垃圾语言造成的，因为我没有服务器root权限，所以我的python包只能安装到自己的目录，但是我调用了服务器的python命令，它却不识别我的python库，变态！
查了一些资料，原来需要把我自己的安装的python库添加到系统python的环境变量里面
export PYTHONPATH=/home/jmzeng/my-bin/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/:$PYTHONPATH然后几分钟就出结果啦
因为我这个是单端测序，所以没有reads1和2的区别。
2）clipping_profile.py
This program is used to estimate clipping profile of RNA-seq reads from BAM or SAM file.Note that to use this funciton, CIGAR strings within SAM/BAM file should have ‘S’ operation(This means your reads aligner should support clipped mapping).
例子 ： clipping_profile.py -i Pairend_StrandSpecific_51mer_Human_hg19.bam -o output
我的命令：
python /home/jmzeng/my-bin/usr/local/bin/clipping_profile.py -i accepted_hits.bam -o output**然后就等了几分钟
Load BAM file ... Done
No clipped reads found!
程序报错很奇怪，输出了一个xls的表格，但是里面只有表头没有数据，所以我认为应该是数据出了什么问题吧
理论上是应该要出一个如下所示的图的
3**）mismatch_profile.py**
Calculate the distributions of the mismatches across reads. Note that the “MD” tag must exist in the BAM file.
理论上也是应该出一个图
4**）insertion_profile.py**
Calculate the distributions of (short) insertions across reads.
5**）read_quality.py**
这个就是fastqc的质量检测啦，**这个看起来挺有用的，我也画了一个图**
python /home/jmzeng/my-bin/usr/local/bin/read_quality.py -i accepted_hits.bam -o output输出两个pdf图片文件
6）bam2wig.py
这是一个格式转换工具，把BAM文件转为wiggle格式的文件
还可以把我们转好的wiggle格式文件通过UCSC wigToBigWig** 这个工具转为[bigwig](http://www.bio-info-trainee.com/113.html#format6.1) format **
为了使用这个脚本，我们的bam文件必须是排序好了的，并且还有索引。# sort and index BAM files
samtools sort -m 1000000000 input.bam input.sorted.bam
samtools index input.sorted.bam
7）bam2fq.py
也是一个格式转换工具，可以把bam转为fastq格式，没啥子意思，一大堆的软件都附带这个工具。
这里面的程序太多了，每个都可以出图，懒得一个个试用并且翻译了，自己看吧http://rseqc.sourceforge.net