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扩增子分析流程2. 使用Docker运行QIIME
本教程环境为Ubuntu16.04 x64
最好有管理员权限，没权限找管理员帮忙。
Docker 基本使用
安装Docker
# 安装Docker
sudo apt-get install docker.io
# 启动Docker服务
service docker start # select 1, using passwd yyf......
# 关闭Docker服务
service docker stop
# 配置权限，添加用户至docker组即可
user=test # 设置用户名为yongxin
groupadd docker
sudo usermod -aG docker ${USER}
# 查看docker运行信息
docker info下载镜像
# 搜索镜像：镜像的名字通常由用户名/镜像名构成,无用户名的为官方认证镜像
docker search ubuntu
# 获取镜像
docker pull ubuntu # ubuntu latest 16.04
# 查看本机Docker中存在的镜像
docker images
# 查看镜像的历史编辑信息
docker history ubuntu运行镜像
# 可以查看这个命令的参数
docker run --help
# 创建容器，命名容器名ubuntu，互动标准输入i和分配新命令行t。i: --interactive Keep STDIN open even if not attached; t: --tty Allocate a pseudo-TTY
docker run --name=ubuntu -it ubuntu
apt-get update
apt-get install less
apt-get install htop
bash --version # 4.3.48
perl -v # 5.22.1
apt-get install r-base # depended on python
R --version # 3.2.3 (2015-12-10)
python --version # 2.7.12
# 内部退出容器
exit # 或Ctrl+D
# 查看容器列表
docker ps -a|less -S # 查看所有container
# 启动退出容器(ID/Names)
docker start ubuntu
# 进入运行容器
docker attach ubuntu
exit # 退出终端和容器
# 保存容器至镜像
## a作者,m描述(am可不添)，容器，镜像(用户/镜像:版本)
docker commit -a liuyongxin -m 'Add r-base' ubuntu liuyongxin/ubuntu16:0.01
# 导出容器至文件
docker export ubuntu -o ubuntu.tar
# 导入容器文件为镜像
docker import ubuntu.tar liuyongxin/ubuntu16:latest
# 删除退出容器及挂载目录链接
docker rm -v ubuntu
# 后台运行images
docker run --name=ubuntu -itd liuyongxin/ubuntu16 /bin/bash
# 外部退出容器
docker stop ubuntu
# 批量退出容器
docker stop $(docker ps -a -q)
# 批量删除退出的容器
docker rm -v $(docker ps -a -q -f status=exited)
# 移除镜像
docker rmi liuyongxin/ubuntu16
# 移除全部镜像
docker rmi $(docker images -q)
# 只对某目录数据处理：打开镜像并挂载目录工作，退出自动删除容器
# rm退出删除容器,v挂载yongxing至home，容器名，打开命令行
docker run --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=ubuntu -it liuyongxin/ubuntu16:0.01上传镜像
我们需要现在Docker hub注册账号
Username:liuyongxin
Email: liuyongxin@163.com
Password：xxx……
docker login # 按提示输入用户名、密码。登录成功会返回Login Succeeded
docker push liuyongxin/ubuntu16
docker rmi liuyongxin/ubuntu16 # 如果本地不再使用且想清理空间，可移除镜像使用别人配置的QIIME docker
# 在docker库中检索
docker search qiime
# 下载需要的docker
docker pull yoshikiv/basespace-qiime-191-dev
# 查看本地的qiime docker
docker images|grep 'qiime'
# 运行docker，加载工作目录，退出自动移除
docker run --rm -v /mnt/bai/yongxin:/home --name=qiime -it yoshikiv/basespace-qiime-191-dev增强docker qiime的高级绘图功能，选用
# install ggplot2 ggtree for R
R
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("ggtree","ggplot2","colorspace"))实例：使用docker中的QIIME绘制alpha rarefraction曲线
docker run --rm -v `pwd`:/home --name=qiime yoshikiv/basespace-qiime-191-dev make_rarefaction_plots.py -i home/${result}/a_collated/ -m home/doc/design_rare.txt -o home/resultReference
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