生信媛养成记—实验汪自学生信之路-biostar handbook
点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！
声明：本文中所有链接，来自生信媛公众号。点击所有蓝色链接，跳转原文阅读。
写在前面
我是生物专业背景，接触生信近十年，碰到过无数朋友説要跟我学生信，我每次都是推荐入门先学《小骆驼》+《鸟哥私房菜》+《ggplot2图形艺术》，然后就没有然后了。
虽然其中大部分人知道生信有用，有心想学，但每天实验到半夜累成狗，那有心情和时间自学编程，基本都没有读我推荐的书超过三页。此外，我要反思的是我推荐教材并不适多数人，反而把大家吓到了，不敢再学生信了。
今天讲一个故事，“从入门到走火入魔，一个做湿实验的生物汪自学生物信息嬗变为生信媛的故事”。
封面美美的生物女博士，就是“生信媛”创始人，纯实验背景，自学生信一年，华丽变身生信媛。如果你想自学生信，不如照本文推荐的内容学习，应该比我之前推荐的方法好很多。
生物女博士还翻译整理了生信入门了经典教材《Biostar handbook》，并获原作者授权。想学生信的马上收藏吧，自学三月就能变身。
Biostar handbook
本课程的作者István Albert，是一名生物信息学教授，任职于宾夕法尼亚州立大学的，也是这个大学Bioinformatics Consulting Center 的主任。其课程深受学生欢迎，并于2014年因其出色的课程在宾夕法尼亚州立大学获得Paul M. Althouse Outstanding Teaching 的奖项。而这些学习资料结集为1本书——Biostar Handbook。同时主持Graduate Certificate Program in Applied Bioinformatics的开展等等多项工作。
另外，他是生信方面著名网站Biostarwww.biostars.org）创始人。
详细导读见：
手把手教你入门生信——The Biostar Handbook
全部课程一共30节，翻译整理为15篇文章，只要坚持完成肯定会有极大收获。
Biostar课程
《课程1、2-Linux中生信分析常用命令入门》 by István Albert
《课程3、4-NCBI的Entrez Direct和SRA toolkit的安装及使用》 by István Albert
《课程5、6-编写可重复使用的脚本》 by István Albert
《课程7、8-二代测序质控：fastqc、prinseq、trimmomatic、seqtk》 by István Albert
《课程9、10-测序文件的质控&在线序列比对》 by István Albert
《课程11、12-下载序列，建blast数据库以及本地blast》 by István Albert
《课程13、14-常用的mapping软件bwa & sam格式简介》 by István Albert
《课程15、16-samtools简介&利用readseq对GenBank文件格式转换》 by István Albert
《课程17、18-awk进行简单的编程&序列比对软件bwa和bowtie2》 by István Albert
《课程19、20-利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling》 by István Albert
《课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释》 by István Albert
《课程23、24-SNP calling》 by István Albert
《课程25、26-bedtools的安装和使用》 by István Albert
《课程27、28-RNAseq分析》 by István Albert
《课程29、30（大结局）-差异表达分析以及用ErmineJ做GO》 by István Albert
更多生信文章阅读：生信媛公众号文章目录，或关注下方二维码