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宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

本公众号每日推送一文，工作日分享宏基因组领域科研思路、分析技术干货，理论过硬实战强；周末科普专栏，寓教于乐，轻松看片涨姿势。目前经过三个月发展，分享近百篇原创文章，已有近五千小伙伴在这里一起学习了，感兴趣的赶快关注吧。

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科研经验

• 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—“宏基因组”公众号编辑招募
  目前已完成扩增子专题，马上开展宏基因组分析专题，加入编辑团队一起学习成长，好处多多

• 科研团队成长三部曲：1云笔记积累知识体系  2云协作建立共享平台 3公众号建立宣传窗口  

• Endnote X8云同步：有网随时读文献  

• 一文读懂进化树  

• 生物信息之程序学习  

• 如何优雅的提问  

• Perl语言模板及配置  

软件和数据库使用

• NCBI使用简介  

• SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析  

• 微生物组间差异分析神器-STAMP  

• 微生物扩增子数据库大全  

• 16S预测微生物群落功能  

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇查询和预测  

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

• FUNGuild：真菌功能注释  

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达  

• psRobot：植物小RNA分析系统  

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

扩增子学习三步曲

1测序分析图表解读-理解文章思路

2扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩展：宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2-把握未来分析趋势
  

  3扩增子统计绘图大全-冲击高分文章

基础知识必读综述

• 高通量测序原理  

• Microbiota,metagenome,microbiome傻傻分不清

• 研究微生物，只靠多组学根本不够  

• 中国微生物组计划—农作物微生物组  

• Annu Rev：植物微生物组—系统见解与展望  

• 微生物组学与植物病害微生物防治  

• 组学重建真菌现有分类系统  

• 微生物应用|农业废弃物资源化利用  

• 宏基因组学入门1初识  2进一步  3拼接  

• 肠道微生物与人类密切相关的方方面面

高分文章套路解读

• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定  

• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌  

• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成  

• Nature Method: 史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组 

• NC：降低微生物群落复杂度突破组装难题  

• GigaScience:MWAS-谷子产量与微生物组关联分析  

• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节  

• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法  

• Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组  

• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压  

• Microbiome：重新定义“卫生”概念  

科普视频-寓教于乐

• 岛国电影生物科普就是强—生命大跃进  

• NHK: 再造人类生命的神奇细胞

• 我从哪里来-人体奥秘Inside the Human Body  

• BBC：人体奥秘之细胞的暗战  

• 从生到死人体内旅行Inside the living body  

• 我们从那里来—NG子宫日记 Womb  

• 让尸体说话-法医密档  

• 缅怀钟扬教授，2分钟回顾植物学家钟扬贡献

重镑学习资料下载

• 生信媛养成记—实验汪自学生信之路-biostar handbook

• 价值4500元的微生物组培训资料  

• 中文扩增子分析视频教程  

生信编程基础教程

Linux Shell——分析大数据

• Shell模板和语法高亮  

• 命令运行监测和软件安装  

• Linux学习-环境变量和可执行属性  

• 管道、标准输入输出  

• 常见错误和快捷操作  

• 文件排序和FASTA文件操作  

• 文件列太多，很难识别  

• 服务器数据定期同步和备份方式

• 查看服务器配置信息

R统计绘图——可重复绘图

• 入门环境Rstudio  

• 基础概念和矩阵操作  

• PCA主成分分析  

• 热图绘制 (heatmap)  热图美化  热图简化  

• 线图绘制  线图一步法  

• 箱线图,小提琴图,区域散点图  箱线图一步法  

• 散点图绘制  富集分析泡泡图  

• 富集分析DotPlot

• 火山图  

• 柱状图  

• 韦恩图  

• 轻松绘制各种Venn图  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内几十位PI，两百多名一线科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加创始人好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务”。技术问题寻求帮助，首先阅读如何优雅的提问学习解决问题思路，仍末解决推荐生信技能树-微生物组版块(http://www.biotrainee.com/forum-88-1.html) 发贴，并转发链接入群，问题及解答方便检索，造福后人。

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