【干货】一步步教你利用Diamond画出漂亮的晶体结构

来源：催璨 ← 关注它

使用的CIF的参考文献：J.AM.Chem.Soc.2006,125,1304.

1. 获取cif文件，用Diamond打开cif。

2. 整理结构，增减原子知道做出一个完整的框架，我只做了文献Fig.1中的一个框架，做两个只是花点时间重复操作而已。图形如下：

3. 做出Zn原子的多面体：点击dimond最上方的按钮“Build-Polyhedra-Add Polyhedra”

出现如上面板，将Central atom groups 指定为Zn, Ligand atom groups 指定为O, 然后确定，就得到Zn的多面体图。

默认的多面体是白色的，可以自行调整颜色。用鼠标选中所有原子，右击鼠标点“Edit-Polyhedron Designs...” 在Fill Color处改颜色；在other里修改Ligand原子半径，改为1.

改完如下图所示：

4. 下面作出哑原子：选中任意两个处于对角线的对称原子，或者全部原子（选全部原子要求结构框架是完整的，不然哑原子不落在空穴的中心）,之后点击"Structure-Insert Atom.....", 确定后在空穴的中心出现一个哑原子。

5. 编辑哑原子：选中哑原子，右击鼠标“Edit-Atom Designs...”，先改颜色，再改半径。

将半径改为9（或者自己喜欢的其他大小），点“Apply now”， 会出现警告提示，不管他，点确定。然后点“Close”就好了！

然后调整角度，直到你自己满意为止。

6. 保存图片：目前分辨率是很低的，首先调整一下分辨率：点“Picture-Layout....”

选用Bitmap，设定Resolution为600，这样就可以提高分辨率了。再Backgroud里可以改背景，然后Save as-Save Graphic as-选TIFF格式，就可以得到一张图片。

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