影像组学常用的一些工具(软件)
本文结合“Computational resources for radiomics”一文和经验中对影像组学涉及的工具(软件)做了一下总结;后附本文原文。
一、查看工具(勾画ROI):
1、3DSlicer(www.slicer.org) 如果没有购买商业软件或本人有代码基础,推荐使用,软件功能强大 后续会整理相关使用手册。
2、MIM software(www.mimsoftware.com)。
3、AK GE公司提供。
4、Mazda软件 提供2D、3D感兴趣区划取,以及一些简单的特征筛选方法。
5、Other software(itk-SNAP (www.itksnap.org), Definiens Lung T umor Analysis (LuTA) tool (www.definiens.com)、and the Velocity
ROI delineation tool (www.velocitymedical.com)
二、Image feature extraction/特征提取工具:
1、MaZda(http://eletel.eu/mazda):提供2D、3D感兴趣区划取,以及一些简单的特征筛选方法。
2、3D Slicer 配合插件使用。
3、Firevoxel 提供参数有限。
4、Chang-Gung Image Texture Analysis (CGITA)
5、TexRAD(www. texrad.com)
6、IBEX (Stand-aloneIBEX: http://bit.ly/IBEX_MDAnderson;Source-code version: http://bit.ly/IBEXSrc_MDAnderson)
7、In-house software(Many groups have written in-house software to extract features using MA TLAB (14,66). In many cases, this
in-house software builds on other software programs, such as CERR (18,67). Of particular note is the Insight Segmentation and Registration T oolkit, (ITK, itk.org). ITK is an open-source set of software tools for image analysis, including image pre-processing, segmentation, registration and texture calculation, which can be incorporated into
researchers’ own software.)
三、Modeling/statistical analysis/分析特征的工具:
1、R (www.r-project.org/). 应用广泛 需代码
2、Python 应用广泛 需代码
3、SPSS(www.ibm.com/software/analytics/spss).
4、Stata(www.stata.com).
5、MedCalc(www.medcalc.org).
6、Bioconductor(www.bioconductor.org).
7、Weka(www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/).(免费、入门简单)
1、头颅CT及MR解剖合集
2、头颈部解剖合集
3、胸腹部解剖合集
4、骨关节MR解剖合集
5、颈胸腰椎
6、各部位淋巴结分区
7、MR检查禁忌症
8、科研相关
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