“大家不要老想着民营经济去赚钱，不要老想着科技创新能够赚钱。科技创新是件风险非常大的事情。风投大家都知道，投十个能有一个成功就不错了。” 谈及民营企业国有企业在创新方面的对比，樊纲表示，国企是用国家的钱，因此会受到严格的监管，无法承担很大的风险。“很多情况下，评审专家们要签字，说我认为这个事有风险，谁都不敢负责这个风险，因为要终身负责的。因此要承担风险这件事上，不适合国企做。” 反观民营企业，樊纲认为，用自己的钱去投资，就可以尝试千奇百怪的“胡思乱想”，而创新就是“胡思乱想”，就是“试错”，“国家的钱不能随便那么做的，民企可以。”他强调，“我们不缺国企，我们是从国企的一统天下走过来的，我们搞市场化改革，就应该着重多搞点民企，在新的阶段上发挥创新创业的新的作用。” 但樊纲也道出了自己的担忧。由于国企的管理逐渐从管企业变为管资本，国资去收购民企股权的事情常有发生，特别是从去年纾困以来，国企接盘了一些民企股权，但随即也产生了一些矛盾现象。樊纲举例称，一个南方知名地产公司，由于被“野蛮人”入侵，最后国企接了盘，成了第一大股东，解决了当时的困难。“现在是靠着当地政府的一纸文件，宣布这个国企只持股不干涉管理、不按国企的方法来管理，现在这个企业还在正常运转。” 但是，另外一个金融机构似乎没有那么好的运气。樊纲介绍称，同样是遭遇“野蛮人”，同样是国资收购了股权，成为最大的股东，“但这个金融机构，现在据我所知，要按国企来管理了，因为可以并表了。只要上面的母公司是国企，并表之后就按照国企对待。” “国企对待意味着什么呢？高管的工资就受限了，高管请人、聘人就是另一种规则了，重大决策的审议就不是在这个机构层面上可以做的了，必须要到集团公司做了，就是把原来按民企运作的一种机构，现在要变成按国企运作了。”樊纲强调，“这是需要认真对待的问题，我们要不要把这些本来有活力的民企变成国企？我们怎么经过一些制度安排，来避免这种情况发生？”樊纲指出，政府应当有方向和原则，在国企收购民企股权的问题上，不应是把民企再变成国企，而是要利用好国资来发展国民经济，同时发展民营经济，发展科技创新。樊纲强调，应在制度上做出创新，而不是靠着前述的一纸文件来解决问题。阿里巴巴在香港上市采用的“同股不同权”制度，樊纲认为有借鉴意义。他还表示，即使政府纾困，也不应把民营企业收购成为国有企业下属的一部分。“如果国企有钱、政府有钱，我们共同建立一些股权投资基金，或者兼并重组基金，然后我用基金去收购一些股权，帮助企业进行整理，整理纾困之后，我们再把它卖出去，用市场的办法来解决问题。”
“这里面需要制度改进，这包括资本市场的规则，现代企业的规则，国企的规则，民企的规则，在股权问题上的规则。”樊纲强调，应通过一些制度改进，更好地发挥国有资本的作用。
“我们市场化的方向还是多种所有制并存，民营企业发挥优势，在科技创新问题上，使他们能够为中国经济做出更大贡献。国有资本应支持他们、帮助他们，同时不改变他们的基本体制格局。”樊纲强调。