让ggplot2变成Graphpad Prism样式：ggprism（01）

简介

ggprism是ggplot2的扩展包，可以让你的图形看起来像GraphPad Prism形式。使用起来非常简单，一行代码即可！支持目前Graphpad Prism的所有主题！

安装

install.packages("ggprism")

# 或使用github版
remotes::install_github("csdaw/ggprism")

主题

theme_prism()是使用最多的函数，可以让你的图形看起来像GraphPad Prims画出来的。

使用主题

默认图形：

library(ggplot2)
library(ggprism)
library(patchwork)

base <- ggplot(mpg, aes(x = displ, y = cty)) +
  geom_point(aes(colour = class))

base

theme_prism()主要通过改变以下元素使得图形看起来像GraphPad Prism风格：

• 改变字体粗细和大小
• 改变背景颜色
• 隐藏图例标题

# 使用主题
p1 <- base + theme_prism() +
  theme(legend.position = c(0.8,0.75),
        legend.key.height = unit(10,"pt"))

p2 <- base + theme_prism() +
  theme(legend.position = c(0.8,0.75),
        legend.key.height = unit(10,"pt"),
        legend.title = element_text())

p1 + p2

改变字体大小：

base <- ggplot(mpg, aes(x = displ, y = cty)) +
  geom_point(aes(colour = class), show.legend = FALSE)

p1 <- base + theme_prism(base_size = 10)
p2 <- base + theme_prism(base_size = 16)

p1 + p2

改变坐标轴粗细：

p1 <- base + theme_prism(base_size = 14)
p2 <- base + theme_prism(base_size = 14, base_line_size = 0.2)

p1 + p2

改变字体：

p1 <- base + theme_prism(base_fontface = "plain")
p2 <- base + theme_prism(base_family = "mono")

p1 + p2

改变横坐标标签方向：

p1 <- base + theme_prism(axis_text_angle = 45)
p2 <- base + theme_prism(axis_text_angle = 90)

p1 + p2

增加边框：

p1 <- base + theme_prism(border = TRUE) + 
  coord_cartesian(clip = "off") # 必须加这个函数
p2 <- base + theme_prism(border = TRUE, base_rect_size = 2) + # adjust thickness
  coord_cartesian(clip = "off")

p1 + p2

查看所有主题

names(ggprism_data$themes)
##  [1] "autumn_leaves"   "beer_and_ales"   "black_and_white" "candy_bright"   
##  [5] "candy_soft"      "colorblind_safe" "colors"          "diazo"          
##  [9] "earth_tones"     "evergreen"       "greenwash"       "muted_rainbow"  
## [13] "office"          "purple_passion"  "shades_of_gray"  "summer"         
## [17] "the_blues"       "winter_soft"     "stained_glass"   "warm_pastels"   
## [21] "flames"          "floral"          "inferno"         "magma"          
## [25] "mustard_field"   "neon"            "pastels"         "pearl"          
## [29] "plasma"          "prism_dark"      "prism_light"     "quiet"          
## [33] "spring"          "starry"          "viridis"         "waves"          
## [37] "blueprint"       "fir"             "ocean"           "sunny_garden"   
## [41] "wool_muffler"    "warm_and_sunny"  "winter_bright"   "all_null"

一共这么多主题，基本上常见的GraphPad Prism主题都有了！

使用几个试试看：

p1 <- base + theme_prism(palette = "purple_passion")
p2 <- base + theme_prism(palette = "candy_bright")

p1 + p2

可以使用preview_theme()预览主题：

preview_theme("flames")

还提供了scale_fill_prism和scale_color_prism函数，建议和theme_prism一起使用时，使用相同的主题：

p1 <- base + theme_prism(palette = "summer") + scale_color_prism(palette = "summer")
p2 <- base + theme_prism(palette = "stained_glass") + scale_color_prism(palette = "stained_glass")

p1 + p2

制作自己的主题

GraphPad Prism的大多数主题都很丑不适合发表，你也可以制作自己的主题。

theme_new <- function(base_size = 14,
                      base_family = "sans",
                      base_fontface = "bold",
                      base_line_size = base_size / 14,
                      base_rect_size = base_size / 14,
                      axis_text_angle = 0,
                      border = FALSE) {
  theme_prism(palette = "stained_glass",
              base_size = base_size,
              base_family = base_family,
              base_fontface = base_fontface,
              base_line_size = base_line_size,
              base_rect_size = base_rect_size,
              axis_text_angle = axis_text_angle,
              border = border) %+replace% 
    theme(panel.background = element_rect(fill = "white",
                                          colour = NA),
          plot.background = element_rect(fill = "red",
                                         colour = NA),
          axis.line = element_line(colour = "black"),
          axis.ticks = element_line(colour = "black"))
}

base + theme_new()

以上就是今天的内容，希望对你有帮助哦！欢迎点赞、在看、关注、转发！

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