mlr3:开篇
今天开始推送R语言机器学习相关的内容,机器学习在R语言中的发展很快,目前很多R包都很成熟了,后面将会逐渐介绍mlr3、tidymodels、caret等R包。
mlr3
简介
mlr3
包和其扩展包为R语言提供了一个统一的、面向对象的、可扩展的机器学习框架,可用于回归、分类、生存分析和其他机器学习任务。mlr3
并没有引入新的机器学习算法,而是为R中的机器学习R包通过了统一的接口,通过这个统一的接口,用户可以创建任务、选择合适的参数、进行大规模的模型比较等。原生支持多个步骤的并行化操作。
目标群体
我们希望mlr3
使用者具有基本的R语言和机器学习知识,本教程的后面一些内容将会介绍更高级的知识。mlr3
既适合复杂的大型任务,也可以用于简单的任务。
mlr3
既适合相关从业人员快速进行机器学习算法,也适合于研究人员在统一的环境中实施、测试、比较新的算法。mlr3
包是mlr
包的重写,吸收了最先进的经验,易于使用和扩展。
为什么重写?
mlr
于2013年上架CRAN,目前已逐渐落伍,许多特性已不适合目前复杂的任务需求。另外许多非常棒的R包已逐渐发展成熟,比如data.table
,因此我们希望开发一个新的R包,它可以提供统一的接口,可适应多种不同的复杂任务场景,基于最先进的机器学习经验,速度足够快!因此mlr3
诞生了,它有很多新的特性,比如R6/future/data.table
。
设计理念
后端高于前段
mlr3
包及其生态系统专注于处理和转换数据、应用机器学习模型、计算结果,不提供图形化界面,数据和结果的可视化通过其他R包实现。使用R6
获得简洁的、面向对象的设计。
使用
data.table
获得更快、更方便的数据操作。
统一容器和结果类,以
data.table
格式返回结果这一特性简化了API,允许用户轻松选择和使用split-apply-combine操作,将R6和
data.table
结合。防御式编程和类型安全
所有用户输入都通过
checkmate
检查,返回的结果都是有记录的,并且避免使用base R中的某些机制,因为这些机制会简化结果或者丢失信息。减少依赖包
mlr
的一大缺点就是需要维护大量依赖包,而mlr3
的依赖包大大减少,方便维护。
mlr3
生态
R6
:参考类对象。(不是太懂,可类比R中的S3,S4对象,但是刚用起来感觉语法很奇怪)data.table
:更快的速度!(明显感觉比tidymodels
快很多)digest
:hash digestsuuid
:唯一的字符标识lgr
:日志控制mlbench
:常用机器学习数据集
以上所有R包都是很成熟的,都是经过精心挑选的,不存在依赖性问题。对于更好的功能实现我们建议暗转以下R包:
并行化: future/future.apply
进度条: progressr
获取输出、警告和异常情况: evaluate/callr
mlr3
包只提供基础的机器学习框架,对于更多的操作和更复杂的任务,可参考以下mlr3
生态:
以上就是今天的内容,希望对你有帮助哦!欢迎点赞、在看、关注、转发!
欢迎在评论区留言或直接添加我的微信!
欢迎关注我的公众号:医学和生信笔记
“医学和生信笔记 公众号主要分享:1.医学小知识、肛肠科小知识;2.R语言和Python相关的数据分析、可视化、机器学习等;3.生物信息学学习资料和自己的学习笔记!
往期精彩内容:
R语言缺失值插补之simputation包
R语言缺失值探索的强大R包:naniar
R语言生信图表学习之网络图
R语言画好看的聚类树