相关矩阵的ggplot2版本，方便拼图

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ggcorrplot用来可视化相关矩阵，和之前介绍过的corrplot功能完全一样！可以说就是一个ggplot2版本的corrplot。

这个包的作者也是这个黑人小哥Alboukadel Kassambara，你可能不认识他，但他的很多包都很流行！比如ggpubr，rstatix,survminer,factoextra，这些都是这个小哥的杰作！而且这个小哥还专门运营了一个网站，分享各种教程！http://www.sthda.com/

继续介绍ggcorrplot。

• 安装

• 使用

• 相关系数矩阵

• P值矩阵

• 拼图

安装

# 2选1
install.packages("ggcorrplot")

if(!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/ggcorrplot")

使用

相关系数矩阵

# 相关系数矩阵
data(mtcars)
corr <- round(cor(mtcars), 1)
head(corr[, 1:6])

##       mpg  cyl disp   hp drat   wt
## mpg   1.0 -0.9 -0.8 -0.8  0.7 -0.9
## cyl  -0.9  1.0  0.9  0.8 -0.7  0.8
## disp -0.8  0.9  1.0  0.8 -0.7  0.9
## hp   -0.8  0.8  0.8  1.0 -0.4  0.7
## drat  0.7 -0.7 -0.7 -0.4  1.0 -0.7
## wt   -0.9  0.8  0.9  0.7 -0.7  1.0

# p值矩阵
library(ggcorrplot)

## Warning: 程辑包'ggcorrplot'是用R版本4.1.3 来建造的

## 载入需要的程辑包：ggplot2

p.mat <- cor_pmat(mtcars)
head(p.mat[, 1:4])

##               mpg          cyl         disp           hp
## mpg  0.000000e+00 6.112687e-10 9.380327e-10 1.787835e-07
## cyl  6.112687e-10 0.000000e+00 1.802838e-12 3.477861e-09
## disp 9.380327e-10 1.802838e-12 0.000000e+00 7.142679e-08
## hp   1.787835e-07 3.477861e-09 7.142679e-08 0.000000e+00
## drat 1.776240e-05 8.244636e-06 5.282022e-06 9.988772e-03
## wt   1.293959e-10 1.217567e-07 1.222320e-11 4.145827e-05

基本图形：

ggcorrplot(corr)

plot of chunk unnamed-chunk-4

或者使用圆形，只支持这两种类型。

ggcorrplot(corr,method = "circle",type = "lower")

## Warning: `guides(<scale> = FALSE)` is deprecated. Please use `guides(<scale> =
## "none")` instead.

plot of chunk unnamed-chunk-5

边框色：

ggcorrplot(corr, type = "upper",outline.color = "black")

plot of chunk unnamed-chunk-6

聚类：

ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE, type = "lower",outline.col = "white")

plot of chunk unnamed-chunk-7

改变主题和颜色：

ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE, type = "lower",
   outline.col = "white",
   ggtheme = ggplot2::theme_gray,
   colors = c("#6D9EC1", "white", "#E46726"))

plot of chunk unnamed-chunk-8

添加相关系数：

ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE,type = "lower",lab=T)

plot of chunk unnamed-chunk-9

P值矩阵

默认不显著的会显示×

p1 <- ggcorrplot(corr, hc.order = TRUE,type = "lower", p.mat = p.mat)
p1

plot of chunk unnamed-chunk-10

不显著的不显示：

ggcorrplot(corr, p.mat = p.mat, hc.order = TRUE,type = "lower", insig = "blank")

plot of chunk unnamed-chunk-11

拼图

使用ggplot2版本的一个好处就是可以随便拼图。

p2 <- ggplot(mtcars,aes(disp,mpg))+geom_point(aes(color=factor(cyl)))+theme_minimal()

library(patchwork)

p1 + p2

plot of chunk unnamed-chunk-13

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完

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