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麻省理工科学家提出新冠基因可能整合入宿主染色体
麻省理工学院的一个课题组昨天在一个很有名的学术期刊《美国科学院院报》上发了一篇令人震惊的文章，题目是：
新冠核酸序列在培养细胞中可通过逆转录进入宿主基因组，并在源自病人的组织中得到表达。
我想不管是懂不懂病毒学的人，都能感受到这篇文章的题目挺吓人的。那就让我们先说一个此文传达的好消息。
在漫长的疫情中，我们也许听到所谓“新冠肺炎康复病人“复阳”的新闻，这带来了两个忧虑。首先，这是否意味着病人痊愈后又重新感染了？如果这样就预示了人在病愈后抗病性持续很短，这就让病愈后带有抗性或者是接种疫苗后的人永远放不下心来了；或者，“复阳”如果是老病毒没有清楚干净而冒头的话，那就说明这个病毒极其狡猾，会秘密躲在暗处而见机复发。这两个可能性都很让人闹心。
而此文提出了另一种解释“复阳”的机理，如果正确的话，就排除了以上的两种糟糕情况。这种机理就是我们所要说的坏消息，正如题目所指，病毒遗传序列可能整合入了宿主的遗传物质，因此一个病毒清零人也会被继续检验出新冠的核酸阳性，因为病毒的基因已经进了他自己的染色体。
这个现象的机理是，人体自身带有把病毒RNA系列转化为DNA，并且整合进入自己染色体的一种叫做“逆转录”的机制，所以新冠基因就驻下不走了。
我把此文的主要观点总结如下：
在“逆转录”活性特强的人类改造细胞中，新冠序列整合宿主的位点有63处，分布在所有的23条染色体上； 而在逆转录活性没有被特异强化的人细胞中，也有7个病毒片段被整合； 在整合入宿主染色体的病毒片段中，相当部分插入了宿主基因的编码区（也就是说对宿主蛋白功能的影响比较大）； 这些整合的宿主-病毒杂合基因，有的是有活性的，也就是能够被转录成为RNA，这些现象在体外细胞培养和病人组织中得到了确认，并非原先怀疑的实验室“噪音”所致。
这篇文章带来几个坏消息，首先就是对于新冠痊愈的病人，如果真有病毒基因整合的话，那么这些整合体就会持续释放一些携带病毒病理信息的分子，攻击人体系统，造成长效的病症。
这篇文章出来之后，遭到了各种批评，但也不乏被说服的人。一个特别的例子就是NIH的艾滋病毒整合专家Stephen Hughes, 在去年12月此文的初稿刚刚上线的时候，他曾认为宿主新冠基因的整合是一个实验室室假象。他给原作者发帖说：你们如果如此这般地补做一些分析，也许就能揭示你们在逻辑上的谬误。
没想到麻省理工的原作者们咨诹善道，察纳雅言，真把他建议的实验和分析给做了，结果反而是强化了初始的论点。所以就连最初的怀疑者Stephen Hughes也被说服了，由于他对补做的研究有重大的贡献，居然成了修改后文章的共同作者了【1】。
很多批评作者的人指责他们用一个并不成熟的研究来招徕瞩目和流量。我不赞同这样的批评，这篇文章在方法，设计和逻辑构架上还是很强大的，同时，他们在短短的篇幅中不厌其烦地强调：病毒基因固然可能整合进入人的染色体，但是这绝不意味着这样的人能够继续包装分泌出病毒颗粒和具有传染性。那么，如果有人故弄玄虚，炒作新冠病愈之后依然是活动的病毒发射机的，可以休矣。
我想此文之所以掀起轩然大波，主要是一个很多人心知肚明但是不愿意去想的一个问题：这个发现对当前拯救世界的RNA疫苗有什么影响？
目前的所有疫苗中，唯有辉瑞和Moderna两家使用了活性的病毒RNA片段。而本文揭示有害机理恰恰就是人细胞具有把RNA逆转录为DNA，并整合入人染色体。可以说是对RNA疫苗的精准打击了。这对RNA疫苗来说是个坏消息。
而且这并不是一个新的争议。
在去年12月FDA给辉瑞开的专家组评审会上[3]，匹兹堡大学的Patrick Moore教授问辉瑞，人体内的逆转录酶会不会把接种的病毒RNA转成DNA？厂方的答案是概率极低，首先病毒RNA未必是人体这种酶的合适作用对象，其次是辉瑞在实验中没有观测到疫苗RNA会进入细胞核，那么染色体整合就不会发生。所以，为了消除疑虑，当务之急是重复实验确认这个结果。
塔夫茨大学的儿童传染科主任Cody Meissner博士特别关心这个现象对胎儿的影响。因为胎儿的染色体DNA处于复制的活跃期，如果人体逆转录酶对疫苗RNA发生作用的话，会不会提高整合的概率？我没有听到辉瑞对此有明确的答复。
当时，我感到在这位儿科专家的问题太尖锐了，这样的问题会不会被反疫苗人士拿来做文章呢？但是从另一个侧面看，FDA请的所有评审专家都在职责所在而用批评性的眼光看待疫苗，他们不是来歌功颂德的。从这个意义上来说，他们人人都是vaccine hesitancy。
也许只有在这样的开诚布公之下，人们才能更加接近科学的真理。
正如此文所强调，病毒RNA的整合几率极低，在细胞水平的实验证明这个整合频率是在千分之一到十万分之一之间。但是目前世界已上亿人感染新冠，接种RNA疫苗的会是10亿人口以上，任何小几率的事件都必须得到充分重视，正如FDA/CDC因为一个百万分之一的血栓事件就暂停强生疫苗接种两个星期。
也许有人问，就算是病毒序列整合入人体染色体又怎么了？不是说人体基因组的相当比例的组分，恰恰是来自远古的病毒细菌微生物的整合吗？
应该说，疫苗哪怕是有理论上的宿主染色体整合可能，都值得非常的重视。一个鲜明的例子就是曾经被考虑用于疫苗研发的逆转录病毒载体，正是由于它能整合入人基因组的特点，而遭到了冷遇，研究的兴趣转向了不会整合人染色体的腺病毒载体【4】。这就是美国强生，英国AZ，中国康熙诺和俄国卫星疫苗的由来。
（图片来自网络）
参考资料[1] https://www.sciencemag.org/news/2021/05/further-evidence-offered-claim-genes-pandemic-coronavirus-can-integrate-human-dna[2] https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118[3] https://www.c-span.org/video/?507053-2/fda-advisory-committee-votes-recommend-pfizer-covid-19-vaccine（如果喜欢本文，请点击最下方六角形的“在看” Wow）
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