如何用Diamond构建Polyhedral图

关于如何构建晶体结构，我们前期介绍了CrystalMaker这款软件。下面几期内容我们将介绍另外一款常用的晶体结构软件“ Diamond ”。本期内容将介绍如何用Diamond构建立体多边形结构（本期内容来自广州大学汤政斌同学的投稿，在此表示感谢）。

1. 导入晶胞：

    ① 把cif文件拖入diamond即可；或者open a file（直接打开）

    ② 打开后，弹出以下窗口，点击下一步，即可。

    ③ 继续点击下一步。

    ④ 当弹出picture design设置窗口时，建议把background颜色选白色（个人爱好）。

    ⑤按下一步，再按完成，即出现下图。

2. 添加与修饰多面体

    ① 点击工具栏的Build,选择Polyhedra——Add Polyhedra（添加多面体）。

    ② 选择中心原子与对应配位原子，构成多面体。(首先Al和O配位) 然后，点击Design。

    ③ a. 弹出polyhedra design 设置窗口（颜色选了turquoise，透明度调至0.6），然后点击Material。

      b. 弹出Material settings 窗口如下图（Blue 调至0.3）个人觉得此处可以把多面体调亮一点，更有光泽。

     c. 总体设置如下图。

      d. 设置完上述步骤，即可点击Apply now。

      e. Al 和O 配位的效果图如下。

    ④ 重复步骤二的① - ③，建立Lu和O的配位的多面体结构（红色、透明度：0.8；material setting——Red:0.50）。即可得到如下效果图。

     ⑤ 添加骨架，点击工具栏的picture——Polyhedral Designs——把勾去掉

添加骨架后的效果图

   ⑥设置Al和Lu原子的颜色：工具栏——picture——atom design

效果图

3. ①选择其中一个Lu原子点击鼠标右键——copy

②点击工具栏的Edit——Copy To New Picture

Copy to new picture 后的效果图如下：

③ 选中整个多面体结构，点击工具栏Build——Connect Atoms

效果图

   ④选中整个多面体，对着骨架右键，点击Add——Bond Labels

弹出设置窗口如下图

效果图如下

⑤ a.为中心原子添加标签，右键中心原子，Add——Atoms Labels

b. 点击工具栏Picture ——Atoms Designs（设置中心原子颜色）

效果图

⑥ a.选择随便其中一个原子，右键——copy；再点击工具栏Edit——copy to new picture，得到新的图如下，把所有氧原子选中（按着Ctrl键，点击鼠标左键），再点击右键——destroy——atoms.

b. 对球体进行颜色编辑

4. 导出图片。

a. 点击工具栏的picture——layout——bitmap——调成200或者300（个人喜欢，看起来更清晰）。

b.点击edit——copy，即可在PPT等中粘贴。

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