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生物小白的进阶课——细胞的siRNA转染(节一)

The following article is from 轲小基的魔药教室 Author 柯基不会飞


亲爱的粉丝朋友们,感谢你们的持续关注。当你们开始认真阅读这篇教程的时候,就有个好消息跟一个坏消息摆在了你们面前。
好消息是,恭喜你们,你们已经开始从生物的入门实验上毕业了。坏消息嘛,嗯,距离真正成为一个生物研究者,那路还漫长着呢。

    
    今天,我们要开始干预基因了。
    相信大家看过一段时间的文献,或是跟组上的师兄师姐们交流过后,很快会发现,生物实验中,为了验证某个基因或是某个通路对特定表型的作用,常常需要对这个分子进行正反验证回复验证。那么,基因的干预便是必不可少的了。siRNA便是一个很常用的用于敲减目的基因的一个工具。详细的介绍,后期小编还会有相应的文章进行介绍。

    
关于siRNA,目前我们只需要知道这是一个敲减目的基因的工具。我们在NCBI上查询了需要敲减的目的基因CDS序列或是NM号之后,提供给专业的基因公司,他们便会出一份合同,确认无误后开启项目,用不了多久,一套成品的siRNA就到了我们手上。通常来讲,我们会到手1~2管荧光标记的siRNA(用于摸索转染条件)3管不同序列的siRNA(他们的目标基因相同,但是敲减效率可能不同,我们需要选出敲减效率最好的一管,当然也有可能3管都不行,那我们还需要跟厂家进一步反馈)一管siRNA阳性对照一管siRNA阴性对照。接下来,我们只要好好用好这个工具,就可以了。
    本次教程我们主要的学习资料是siRNA及脂质体(作为我们的转染工具)的说明书。两份说明书,可以通过关注“轲小基的魔药教室”,并回复“siRNA转染”获取。
    下图是我们拿到手的RNA配套的说明书。我们需要关注里面的几个点。
  • 用DEPC 水溶解并配制成20μM液体即可直接转染细胞。
  • 贮存浓度一般为20μM,溶解后的产品分装保存-20℃~-80℃
  • 整个实验过程要求无RNA酶环境,所有耗材需要无酶处理。
  • 荧光标记的siRNA要求避光。
  • 推荐的siRNA转染浓度是50nM,可具体情况优化转染浓度,建议优化的转染梯度为100nM,50nM,20nM,10nM,5nM,1nM。
  • 推荐使用RNAiMAX Transfection Reagent(Invitrogen)进行转染。当然,也可以不接受他们的推荐。小编使用的是Lipofectamine 2000(Invitrogen)。两个试剂的价格差别还是比较大的,各课题组可以根据需求和实际经济情况做出相应的选择。

    Lipofectamine 2000的说明书,我们将节选其中需要关注的几个部分进行展示。
    如上图所示,protocal提到了要去血清、去双抗,因为它们会对细胞的转染效果、细胞状态造成影响。
如上图所示,为siRNA转染的protocal。这里有两个点需要关注:
  • 它提到了建议使用的转染专用培养基Opti-MEM。这里小编是接受了它的建议,确实除外也没有什么更好的选择。
  • 它建议转染4~6个小时之后,更换为完全培养基。这儿建议的比较委婉,用了may这个词。对此,小编还是强烈建议在6h后更换完培,因为转染专用的培养基营养成分较少,时间过长,可能对细胞造成不可挽回的损伤。


完成了这两份说明书的阅读,我们现在已经对转染的整体过程有了大致的了解了。现在我们知道,在进入正式的基因干预之前,我们还有两个重要的预实验要做。一是用荧光标记的siRNA优化转染条件;二是从3管siRNA中挑选敲减效率最高的siRNA序列。
今天的内容暂告一段落,预知后事如何,且听下回分解。

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