跟着PNAS学绘图-ggplot2绘制散点图添加渐变拟合曲线

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偶然间看到PNAS上的一幅散点图，初看十分惊艳，试着复现了一下。下面是图片和代码供大家参考；本文由RGzxs投稿，小编进行了简单的排版

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PNAS文章链接：https://www.pnas.org/content/117/21/11551/tab-figures-data

• 图里面的拟合曲线颜色为渐变色

加载R包

library(tidyverse)
library(ggpmisc)

创建数据集

df<-data.frame(x = c(1:100))
df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40)

ggplot2基本的散点图并添加拟合曲线

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=T, 
              color="black", formula = y ~ x) +
  geom_point()

将拟合曲线设置为渐变

1.添加一行预测值

df$predict<-predict(lm(y~x, data = df))

设置geom_line()

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_line(aes(x=x,y=predict,color=predict),size=2) +
  geom_point()

2.直接拟合(添加..y..)

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=T, 
              aes(color=..y..), formula = y ~ x) +
  geom_point()

设置颜色

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=T, 
              aes(color=..y..), formula = y ~ x) +
  geom_point()+
  scale_color_gradient2(low = "#FF420E",mid="#FFD320",high = "#0084D1",midpoint = 150)

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由于创建的点基本上都大于0，也可以设置为单一颜色渐变色，这样颜色随着y值的增大逐渐加深

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ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_smooth(method = "lm", se=T, 
              aes(color=..y..), formula = y ~ x) +
  geom_point()+
 scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),
colours = c('#c6dbef','#9ecae1','#6baed6','#3182bd','#08519c'))

美化

ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) +
  geom_point(size=3,alpha=1,pch=21,fill="#9ecae1",
             color="white")+
  geom_smooth(method = "lm", se=T, 
              aes(color=..y..), formula = y ~ x) +
  scale_color_gradient2(low = "#FF420E",mid="#FFD320",high = "#0084D1",midpoint = 150)+
  stat_poly_eq(formula = y~x, 
               aes(label = paste(..eq.label.., 
                                 ..rr.label.., 
                                 ..p.value.label..,
                                 sep = "~~~")), 
               parse = TRUE) +
  coord_cartesian(ylim = c(0,350),
                  xlim = c(0,105))+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  scale_y_continuous(breaks = c(0,100,200,300))+
  scale_x_continuous(breaks = c(0,25,50,75,100))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
  axis.text=element_text(color="black"),
  legend.title = element_blank())

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由于文章没有提供绘图代码，因此不知道作者是否用r语言绘制的散点图。在绘图完成之后我发现拟合的线是一截一截的，不过不影响效果。

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